Приблизительно в то же время в Москву был послан делегат отряда особого назначения. 1 апреля 1918 года он выступил на заседании президиума ВЦИКа. Согласно принятому постановлению, предусматривалось сформировать отряд из двухсот человек для подкрепления караула и «в случае возможности» перевести всех арестованных в Москву. Пять дней спустя, в дополнение к ранее принятому постановлению, ВЦИК поручил Я. М. Свердлову снестись с Екатеринбургом и Омском, сообщить им о назначении подкрепления и о переводе арестованных на Урал. Историк Г. З. Иоффе полагал, что между двумя постановлениями состоялись какие-то переговоры центра с уральцами, и центр уступил, согласившись отправить царскую семью на Урал. Выполнить решение и должен был Яковлев.

В середине апреля Яковлев прибыл в Уфу, где в его отряд включили 15 кавалеристов, 100 пехотинцев (при четырех пулеметах), двух телеграфистов и сестру милосердия. Вскоре после его отъезда, вдогонку, из Уфы было послано подкрепление. Но рассчитывать только на силу Яковлев не мог. Ему необходимо было завоевать доверие отряда особого назначения. С поставленной задачей особоуполномоченный центра успешно справился: отряд признал его мандат. В 11 часов утра 23 апреля Яковлев посетил губернаторский дом и встретился с царем. «Он вошел, бритое лицо, улыбаясь и смущаясь, — записал в тот день Николай II, — спросил, доволен ли я охраной и помещением. Затем почти бегом зашел к Алексею, не останавливаясь, осмотрел остальные комнаты и, извиняясь за беспокойство, ушел вниз. Так же спешно он заходил к другим в остальных этажах». Александра Федоровна была еще не готова, поэтому Яковлев пришел спустя полчаса снова, представился царице, зашел в комнату цесаревича и удалился.

Через два дня он опять явился и в присутствии полковника Кобылинского объявил царю, что получил приказание увезти его из Тобольска. Решение было окончательным и не могло измениться. Поскольку цесаревич болел, то Москва разрешила Яковлеву увезти одного царя. «Протестовать не стоило», — отметил в своем дневнике Николай II. Александре Федоровне предстояло сделать нелегкий выбор: либо остаться с больным сыном, либо ехать вместе с супругом неизвестно куда. «Решила сопровождать его, — в тот день записала в дневнике царица, — т[ак] к[ак] я могу быть нужнее и слишком рискованно не знать, где и куда (мы представляли себе Москву). Ужасные страдания. Мария едет с нами. Ольга будет ухаживать за Бэби (Алексеем Николаевичем. — С. Ф.), Татьяна — по хозяйству, а Анастасия приведет все в порядок». Александра Федоровна опасалась, что ее супруга заставят подписать соглашение с немцами, тем самым «легализовав» Брестский мир. Она не могла себе представить, насколько велико презрение большевистских лидеров к «старой морали» как в жизни, так и в политике. Накануне отъезда она дала поручение старшим дочерям — Ольге и Татьяне — спрятать в одежде фамильные драгоценности, вывезенные из Царского Села (из большей части ювелирных украшений камни были вынуты и зашиты в платье и белье). Они выполнили наказ матери.

…На следующий день, в 4 часа утра пленников вывезли из Тобольска. Вместе с бывшими венценосцами и их дочерью ехали князь В. А. Долгоруков, доктор Е. С. Боткин, горничная А. С. Демидова, камер-лакей Т. И. Чемодуров и лакей И. Д. Седнев. Везли их в обыкновенных крестьянских повозках, представлявших собой большие плетеные корзины, положенные на две длинные жерди (служившие рессорами). Дорога на Тюмень (почти 260 верст!) предстояла тяжелая: начиналась весенняя распутица. Как вспоминал сам Яковлев, в дороге царь чувствовал себя хорошо, интересовался тремя вопросами: семьей, погодой и едой. То, что Николай II с представителем большевиков мог иметь только формальное общение, Яковлеву, очевидно, не приходило в голову. Из путешествия он вынес впечатление об удивительной ограниченности последнего самодержца. Об Александре Федоровне, наоборот, он был высокого мнения, как об очень хитрой и гордой женщине, имевшей на супруга сильное влияние. Под большим влиянием матери, по мнению Яковлева, находилась и великая княжна Мария, «молодая девушка, совершенно неразвитая для своих лет» и не имевшая о жизни никакого понятия. Обсуждать и оценивать сказанное Яковлевым, полагаю, бессмысленно: не имея никакого представления о внутренней жизни царской семьи, о дружбе, согласии и любви всех ее членов, особоуполномоченный большевистской власти увидел то, что мог и, главное, захотел увидеть.

Проехав 130 верст и переправившись через Иртыш, царская семья остановилась на ночевку в селе Иевлеве. Разместились в большом чистом доме, в котором раньше был деревенский магазин. Однако и там, на полпути в Тюмень, Яковлев не сообщил пленникам, куда в конце концов они должны прибыть. На следующий день вновь отправились в путь. Реку Тобол пришлось переходить пешком: со дня на день ожидался ледоход. В селе Покровском перепрягали лошадей, «долго стояли как раз против дома Григория и видели всю его семью, глядевшую в окна». Это было своеобразное прощание с «Другом». Для Николая II и Александры Федоровны посещение Покровского имело мистический, провиденциальный смысл. Вечером того же дня Яковлев доставил царскую семью в Тюмень и посадил на поезд.

Ни царь, ни его супруга не знали тогда, что они рискуют и в любую минуту могут стать жертвами жаждавших их крови екатеринбургских большевиков. Зато Яковлев это хорошо понимал и не желал оказаться в положении «разменной монеты» и погибнуть вместе с Николаем II. Для него не было секретом, что уральские большевики готовили нападение на царя. В случае удачи в живых не осталось бы никого из сопровождавших Николая II, включая самого Яковлева. К тому же уже в пути Яковлев получил дополнительные сведения о готовившемся нападении екатеринбургских отрядов, весной 1918 года прибывших в Тобольск. Спасти жизнь Романовых тогда удалось за счет быстрой езды и бдительной охраны, доверенной уфимским красногвардейцам.

Но опасность нападения осталась и после прибытия в Тюмень: навстречу царскому поезду руководители Урала хотели выслать ряд дополнительных подразделений 1-го Уральского полка. Нападение на поезд под провокационным предлогом планировалось на пути к Екатеринбургу. Пытаясь изменить сценарий развития событий, Яковлев еще из села Иевлева направил большевистским лидерам Урала телеграмму, в которой выразил протест против действий их представителей, а в Тюмени вступил в переговоры со Свердловым и Лениным. Яковлев поставил вопрос о необходимости изменить маршрут, заявив, что «груз» (так в целях конспирации назывались перевозимые пленники) лучше доставить через Омск — Челябинск в Симский горный округ, и там ждать распоряжений. Свердлов просьбу удовлетворил.

Неудовлетворенными остались уральские большевики. Узнав на следующий день, 28 апреля, о выезде литерного поезда № 42 в Омск, они объявили Яковлева изменником революции, потребовали остановить поезд и принять самые решительные меры. Правда, в ходе начатых затем переговоров с Лениным и Свердловым уральцы выяснили, что Яковлев не своевольничает. Обвинение в измене делу революции уральцы с него сняли, но намеченный Яковлевым план отменили, добившись от центра разрешения вернуть поезд в Тюмень для дальнейшего следования в Екатеринбург. Они говорили Москве и о том, что обеспечат безопасность бывшего самодержца, но только в смысле предотвращения его похищения. В итоге Москва согласилась на передачу «груза» в Тюмени. Однако Яковлев, зная о настроениях уральцев, решил не подчиняться Москве и самостоятельно доставить царя в Екатеринбург — под охраной своего проверенного отряда.