Позже Хрущев вспоминал:

«Я пришел к выводу, что если мы все сделаем тайно и если американцы узнают про это, когда ракеты уже будут стоять на месте, готовыми к бою, то перед тем, как принять решение ликвидировать их военными средствами, они должны будут призадуматься. Эти средства могут быть уничтожены США, но не все. Достаточно четверти, даже одной десятой того, что было бы поставлено, чтобы бросить на Нью-Йорк одну-две ядерные ракеты, и там мало что останется. Атомная бомба, сброшенная США на Хиросиму, имела мощность в двадцать тысяч тонн. А нашу бомбу в миллион тонн еще никто не проверил на себе. Но по нашим испытаниям было известно, что разрушения производятся колоссальные. Я не говорю, что все бы там погибли. Нет, не все бы погибли, но трудно сказать, сколько не погибло бы… Думалось, что это сможет удержать США от военных действий. Если бы сложилось так, то было бы неплохо: получилось бы в какой-то степени «равновесие страха», как Запад это сформулировал. Они окружили нас военными базами и держат под возможностью ударов нашу страну. А тут американцы сами бы испытали, что означает такое положение».

Ни один из предпринятых Хрущевым в этот период шагов не свидетельствовал так красноречиво о связи Кубы и Берлина, как строительство нефтепровода, который должен был пройти через территорию Восточной Германии. Кеннеди понял, что в случае нанесения удара по Кубе Хрущев начнет войну в Берлине. По словам Хрущева: «Они [американцы] считали, что начнется война, а на Кубе наши люди, много наших людей, и вот прольется кровь русская. На это русские ответят, но не в Америке, а в Германии. Все это пугало правительство США». Слова и действия Кеннеди в течение напряженных дней Карибского кризиса, с 18 по 29 октября, подчеркивали его мнение относительно связи кубинской и берлинской стратегий Хрущева. С самого начала президент подозревал, что кубинская стратегия в конечном итоге нацелена на завоевание Берлина. Выступая перед Объединенным комитетом начальников штабов, Кеннеди сказал:

«Я считаю, что в первую очередь мы должны понять, зачем это русским. На самом деле это довольно опасная, но и весьма полезная игра. Мы ничего не делаем, а у них там ракетная база, что даст им возможность оказывать давление на Соединенные Штаты и наш престиж. Если мы нападем на Кубу, то откроем им путь к захвату Берлина. Нас станут считать безответственными американцами, потерявшими Берлин. Союзники нас не поддержат. Это плохо отразится на отношении к нам западных немцев. И [народ решит], что мы позволили забрать Берлин, потому что не имели мужества решить кубинский вопрос. В конце концов, Куба в восьми или десяти тысячах километров от них. Им, черт побери, нет никакого дела до Кубы. На самом деле они заботятся о Берлине и о собственной безопасности».

Решение Кеннеди проводить более жесткую политику в отношении Советов по Кубе в 1962 году, чем по Берлину в 1961 году, имело под собой по крайней мере три основания. Во-первых, возросла угроза для Соединенных Штатов, поскольку Куба была значительно ближе, чем Берлин. Во-вторых, неправильная политика в отношении близкой Кубы, в отличие от далекого Берлина, могла негативным образом сказаться на выборах президента. И наконец, Кеннеди понял, что проявление слабости только поощряет Хрущева к дальнейшим проверкам его дееспособности. Советский лидер беззастенчиво обманул его, сказав, что откладывает берлинские переговоры из уважения к американскому президенту. Он просто выигрывал время, чтобы разместить свои ракеты на Кубе. Кеннеди повторил свое мнение о связи с Берлином в телеграмме британскому премьер-министру Гарольду Макмиллану, поступившей в Лондон в 22:00 21 октября, в которой сообщал о фотографиях, доказывающих наличие советских ракетных баз на Кубе. В телеграмме говорилось:

«Я полностью осознаю, что основная цель Хрущева состоит в том, чтобы увеличить возможности в Берлине, и мы тоже готовы играть там и на Карибском море главную роль. То, что является важным в этот момент высочайших испытаний, так это чтобы Хрущев понял, что если он рассчитывает на слабость или нерешительность, то он просчитался».

Во второй телеграмме Макмиллану, отправленной на следующий день, всего за несколько часов до своего исторического телевизионного обращения к американцам об угрозе, требовании к Москве убрать ракеты с Кубы и введении морской блокады, Кеннеди вновь высказал мнение о связи Кубы и Берлина – «эти тайные, опасные действия со стороны Хрущева имеют отношение к Берлину».

В 1962 году Кеннеди отверг предложение так называемых «слюнтяев». Посол Томпсон, который, вернувшись из Москвы, занял пост специального советника по советским проблемам в Государственном департаменте, предложил приостановить военные действия в Берлине во время урегулирования кубинского вопроса, чтобы не провоцировать Кремль, но Кеннеди отверг его предложение. Советник по вопросам национальной безопасности Банди сказал, что, может, удастся добиться соглашения, обменяв Берлин на ракеты. Кеннеди отверг и его предложение, заявив, что не желает быть президентом, потерявшим Берлин.

При этом Кеннеди выступал против предложения нанести удар по кубинским базам, опасаясь, что Советы тут же нанесут ответный удар в Берлине. Кертис Лемей, начальник штаба ВВС США, в ответ на нежелание Кеннеди атаковать Кубу, заявил: «Если мы не предпримем никаких действий в отношении Кубы, то они продолжат давление в Берлине и нам будет трудно справиться с ними, поскольку они опережают нас. Отказ от военных действий приведет к таким же плачевным результатам, как мюнхенская политика умиротворения».

Кеннеди сказал членам исполнительного комитета Совета национальной безопасности, что Советы ответят на блокаду Кубы блокадой Берлина. Президент создал подкомиссию исполкома для решения вопросов, связанных с Берлином, под председательством Пола Нитце. Он даже предложил вернуть в Берлин генерала Люсиуса Клея, если возникнет необходимость в координации действий США.

22 октября в обращении к нации Кеннеди публично предупредил Хрущева: «Любая враждебная акция в любой точке мира, направленная против безопасности и свободы народов, наших союзников, в первую очередь это касается мужественных жителей Западного Берлина, будет встречена любыми, самыми необходимыми в данной ситуации, ответными мерами».

С этого момента Берлинский кризис Кеннеди перекинулся на Кубу.

Во время встречи с американским послом в Лондоне Дэвидом Брюсом вечером того дня, когда Кеннеди выступил с обращением к нации, Макмиллан с тревогой спросил: «Хрущев действительно хочет обменять Кубу на Берлин? Если он будет остановлен, с потерей престижа, на Кубе, не возникнет ли у него желание отыграться на Берлине? Может, он именно на это и рассчитывает – выдвинуть одну пешку, чтобы обменять ее на другую?» В свою очередь, Кеннеди беспокоился, о чем сообщил Макмиллану, что Хрущев может нанести упреждающий удар в Берлине, который потребует соответствующего ответа США на Кубе. «У нас нет иного выхода. Если Хрущев захватит Берлин, нам придется захватить Кубу».

Вместо этого Хрущев отступил перед решимостью Кеннеди, как предсказывал год назад генерал Клей относительно Берлина. Когда заместитель министра иностранных дел Василий Кузнецов предложил в ответ на блокаду Кубы военно-морскими силами США предпринять ответные меры против Западного Берлина, Хрущев на повышенных тонах заявил, что ему не нужна «еще одна авантюра»: «Мы не знаем, как выйти из одного затруднительного положения, а вы хотите втянуть нас в другое?» Хрущев отверг и предложение посла Добрынина сделать «первый шаг» в направлении закрытия наземных доступов к Берлину. «Отец считал, что крайне опасно предпринимать любые действия в Берлине», – вспоминал сын Хрущева Сергей, настаивая на том, что Хрущев никогда не собирался наносить упреждающий удар по Соединенным Штатам. После выступления Кеннеди Хрущев начал отзывать советские войска с западногерманской границы, а это свидетельствовало о том, что он не собирается наращивать конфликт.