19 июля 1941 года начальником Управления особых отделов (УОО) НКВД СССР был назначен заместитель наркома Берии комиссар госбезопасности 3-го ранга Виктор Семенович Абакумов (звание присвоено 9 июля). По постановлению ГКО СССР от 20 июля 1941 года произошло слияние НКВД с НКГБ в новую структуру – Наркомат внутренних дел СССР во главе с Л. П. Берией. Соответственно, первым заместителем Абакумова был назначен начальник Главного транспортного управления НКВД и 3-го (секретно-политического) управления НКГБ комиссар ГБ 3-го ранга С. Р. Мильнштейн[17]. Назначение на должность начальника особого отдела Северного фронта[18]получил начальник УНКГБ по г. Ленинграду и Ленинградской области комиссар ГБ 3-го ранга П. Т. Куприн[19], Северо-Западного фронта[20]– прокурор СССР генерал-майор В. М. Бочков[21](по совместительству), Западного фронта[22]– нарком НКГБ Белорусской ССР комиссар ГБ 3-го ранга Л. Ф. Цанава[23](с октября 1941 года – начальник 3-го отдела НКВД комиссар ГБ 3-го ранга А. М. Белянов[24], Юго-Западного фронта[25]– начальник 3-го управления НКО СССР комиссар 3-го ранга А. Н. Михеев, Южного фронта[26]– нарком НКГБ Молдавской ССР комиссар ГБ 3-го ранга Н. С. Сазыкин[27]. В августе – декабре 1941 года были назначены еще три заместителя В. С. Абакумова – дивизионный комиссар Ф. Я. Тутушкин, Н. А. Осетров и Л. Ф. Цанава. Всего по штатам УОО НКВД числилось 387 человек. К концу 1941 года структура Управления особы отделов имела следующий вид (флотские органы военной контрразведки остались в составе НК ВМФ):