В ходе Гражданской войны шел непрерывный поиск наиболее целесообразной организационной структуры военного руководства армией и флотом. В феврале 1918 года Морской генеральный штаб претерпел существенные изменения, из его состава были удалены нежелательные элементы и саботировавшие его работу чиновники и военнослужащие. Сменившие их адмиралы и офицеры императорского российского флота, сочувствующие революционным идеям, сыграли важную роль в создании морских сил республики и в руководстве боевыми действиями флота в первом периоде Гражданской войны.

В апреле были учреждены должности начальников морских сил и образовано всероссийское бюро военных комиссаров, которое проводило идеологическую работу на кораблях вместе с их судовыми комитетами.

2 сентября 1918 года вместо Высшего военного совета постановлением ВЦИК был образован Революционный Военный Совет Республики (РВСР), на который была возложена вся полнота ответственности за вооруженную защиту страны. Одновременно учреждается и должность Главнокомандующего всеми вооруженными силами Республики.

15 октября 1918 года решением РВСР была введена должность командующего морскими и речными силами (КО-МОРСИ), который являлся помощником главнокомандующего по морской части и отвечал за организационно-боевую подготовку сил флота, планирование и проведение боевых действий на морях, реках и озерах.

В декабре упразднили Коллегию Народного комиссариата по морским делам, а ее функции передали созданному при РВСР Морскому отделу, при котором в марте 1919 года была создана Высшая военно-морская инспекция.

В июне этого же года был упразднен Морской отдел и создан Штаб командующего морскими силами (состоял из оперативного управления, флагманских специалистов, службы связи и канцелярии), в ведении которого находились действующие силы флота и морские крепости. Штаб решал следующие задачи:

— подготовка и организация всех морских сил республики;

— планирование и руководство боевыми действиями флотов и флотилий согласно распоряжениям Полевого штаба РВСР;

— подготовка данных для принятия решений по флоту главнокомандующему вооруженными силами.

Таким образом, к этому созданному новому органу перешли все важнейшие функции Морского генерального штаба, в ведении которого остались только организационно-мобилизационные, уставные, научные и правовые вопросы, не связанные с боевой деятельностью флота.

Морской генеральный штаб, органы тыла, хозяйственные и административные учреждения флота перешли в подчинение управляющего морскими делами Наркомата.

В марте 1920 года была проведена реорганизация Управления морской авиации, которая была непосредственно подчинена Главному управлению РККВФ, оставаясь в оперативном подчинении командующего морскими силами.

Все эти многочисленные изменения и переподчинения, большое количество руководящих органов флота негативно влияли на управление и руководство боевыми действиями. Революционный Военный Совет вынужден был упорядочить подчиненность флота и его управление. 3 июля 1920 года Штаб командующего морскими силами был преобразован в Штаб всех морских сил Республики, на который возлагались следующие задачи:

— подготовка и организация всех сил флота;

— разработка планов его боевого применения;

— сбор и анализ данных об обстановке на морских театрах.

Эти органы и руководили флотом до окончания Гражданской войны.

После окончания Гражданской войны и иностранной военной интервенции российский флот представлял собой жалкое зрелище. На Черном море часть кораблей была затоплена под Новороссийском, а другая часть в 1920 году уведена белогвардейцами или затоплена в бухтах Севастополя при их отходе. Всего 23 подводные лодки остались на Балтике, Черном и Каспийском морях (в строю — 10, в постройке, сборке и ремонте — 6, в резерве — 7).

Почти не осталось кораблей на Севере и Дальнем Востоке. Только на Тихом океане в иностранные порты было уведено свыше 300 кораблей и судов.

Существовал только Балтийский флот, корабли которого безжизненно застыли в гаванях Петрограда и Кронштадта, проведя в 1919 году на последних запасах угля и мазута бой с английской эскадрой, пытавшейся прорваться в Финский залив. Но и эти корабли требовали капитального ремонта, снабжения материально-техническими запасами, топливом.

Плохо обстояло дело и с личным составом, часть которого ушла на сухопутные фронты, не прошла проверки после кронштадского восстания или была демобилизована после окончания войны, в результате чего флот сократился за 1921 год с 180 000 до 39 859 человек[23].

Не лучше выглядела и береговая оборона страны. На Севере, Дальнем Востоке и Черном море береговую оборону пришлось после окончания войны создавать почти заново. Только Балтийский флот обладал значительной артиллерийской мощью, где на фортах Кронштадской крепости Красная Горка и Серая Лошадь стояли орудия новейших в то время образцов.

После окончания Гражданской войны произошло значительное сокращение морской авиации, в которой были расформированы четыре гидродивизиона, пять разведывательных и два истребительных авиаотряда. Оставшиеся части были переформированы в 1-й и 2-й разведывательные и 1-й истребительный авиаотряды на Балтийском море, в 3-й и 4-й разведывательные и 2-й истребительный отряды на Черном море. Состав морской авиации к концу 1921 года включал 622 человека и 36 аэропланов.

Давая оценку состояния флота в это время, М.В. Фрунзе писал: «В общем ходе революции и случайностях Гражданской войны на долю морского флота выпали особенно тяжкие удары. В результате их мы лишились больщей и лучшей части его материального состава, лишились огромного большинства опытных и знающих командиров, игравших в жизни и работе флота еще большую роль, чем во всех других родах оружия, потеряли целый ряд морских баз и, наконец, потеряли основное ядро их рядового краснофлотского состава. В сумме все это означало, что флота у нас нет»[24].

Необходимо было принимать срочные меры по восстановлению морского могущества государства, но голод, разруха в стране и промышленности не позволяли сделать этого в полную силу и в короткое время. Было принято решение провести ряд следующих мероприятий:

— выработать научно обоснованное определение роли и места флота в системе Вооруженных Сил страны;

— восстановить материально-техническую базу и корабельный состав;

— в соответствии с экономическими возможностями страны определить наиболее рациональный состав флота;

— подготовить преданный революционным идеям личный состав флота;

— найти наиболее эффективные способы решения боевых задач ограниченными силами флота.