Проводив испанцев, похоже, уезжавших без ощущения, что достигнут желаемый успех, Екатерина Медичи сочла возможным оказать любезность Жанне д’Альбре, пригласив ее для личной встречи в Нераке, которая и состоялась в июле 1565 года. В ходе неоднократных бесед королева-мать пыталась убедить непреклонную Жанну чуть терпимее относиться к католическому культу в Беарне и уважать законы Французского королевства. Уезжая, Екатерина позволила ей на некоторое время остаться с сыном, и Жанна использовала эту возможность, чтобы свести Генриха с вождями воинствующих гугенотов, прежде всего с его дядей Конде, и на собрании в Коньяке представить его местной знати. Затем мать с сыном совместно посетили свои домены Ла-Флеш и Вандомуа, после чего в компании Конде и Рене Феррарской присоединились к путешествующему двору, который тогда сделал остановку в Блуа. Как обычно, прибытие королевы Наваррской не обошлось без скандала: она демонстративно устроила протестантскую проповедь в своих апартаментах. Заслуженный выговор со стороны королевы-матери она терпеливо снесла, дабы не лишиться возможности общения с сыном.

Продолжив путь, двор прибыл в Мулен, столь памятный для Жанны состоявшейся здесь семнадцатью годами ранее свадьбой. Для королевы-матери пребывание в Мулене, возможно, запомнилось тем, что она предприняла последнюю и, как оказалось, безрезультатную попытку примирить «господ лотарингцев» с адмиралом Колиньи. Враждующие стороны не очень-то хотели мириться, поскольку все их помыслы были о новой войне, которая, как думал каждый из них, непременно принесет ему полную и окончательную победу. В Мулене была последняя значительная остановка. Продолжив движение, королевский кортеж завершил многомесячное путешествие прибытием 1 мая 1566 года в Париж.

Жанна д’Альбре, следовавшая за путешествующим двором с одной-единственной мыслью — добиться от Екатерины Медичи позволения удалиться вместе с сыном в свои владения, провела в Париже долгих восемь месяцев. Это вынужденное пребывание в столице могло бы тянуться и дольше, если бы она не сумела хитростью вырваться на волю. Сначала она добилась от Екатерины разрешения показать юному Генриху его родовые владения в Пикардии, вокруг замка Марль. Затем последовали поездки в Бомон, Ла-Флеш, Вандом, и всякий раз Жанна возвращалась в Париж, чем усыпила бдительность королевы-матери и приставленных к ней шпионов. Основное условие для бегства было создано, и как-то раз в январе 1567 года во время охоты Жанна с сыном исчезли, 1 февраля объявившись в По. Момент для бегства был удобен еще и тем, что Екатерина Медичи тогда переживала трудное время: в Нидерландах началась война восставших протестантов с Испанией, требовавшая от французского правительства определить свою позицию в разгоравшемся конфликте. Вожди гугенотов Конде и Колиньи получили официальное разрешение покинуть Париж. Надвигались перемены, не сулившие стране ничего хорошего.

Возвратившийся в Беарн наследный принц был радушно встречен своими подданными. Все отмечали, что за прошедшие годы он сильно изменился — подрос и приобрел благородные манеры, но при этом остался таким же хорошим товарищем, каким привыкли его видеть прежние приятели из Коарраза, специально прибывшие в По, чтобы приветствовать его и поднести ему корзину его любимого местного сыра. Генриху исполнилось 13 лет — возраст, когда в те времена вступали во взрослую жизнь. Пора ученичества закончилась, что символическим образом совпало с кончиной старины Ла Гошри, с которым у Генриха сложились по-настоящему доверительные отношения. Жанна д’Альбре, критически относившаяся к педагогическим приемам прежнего наставника сына, решила заменить усопшего новым учителем. На эту должность был приглашен Флоран Кретьен, давно состоявший на службе семейства Бурбонов и имевший репутацию весьма ученого человека. Однако от него Генрих получил гораздо меньше, чем от Ла Гошри, в чем позднее признавался и сам Кретьен. Хотя принц Наваррский и уважал нового наставника за его ученость, однако держался с ним отстраненно, словно противясь его попыткам напитать ученика благотворными знаниями.

Продолжилось и воспитание «по-беарнски», которым на сей раз занялась сама Жанна д’Альбре. На смену пышности двора Валуа пришла суровая простота: незамысловатая, но здоровая пища деревенских жителей и шестичасовой сон на грубом матрасе. Под стать этому спартанскому воспитанию было развлечение, которое Генрих полюбил больше всего на свете, — охота, развивавшая в юноше ловкость, выносливость и смелость, качества, без которых немыслимо было уцелеть, а тем более победить в борьбе, в которую ему вскоре предстояло ввязаться. В Пиренеях он охотился на традиционную в тех краях дичь — медведей, кабанов и серн. Для закалки организма и характера сына Жанна отправляла его в горы в любую погоду — в зимнюю стужу и летнюю грозу, давая ему какое-нибудь задание. Так, однажды она во время проливного дождя послала Генриха разнимать двоих ее подданных, которые, как ей будто бы стало известно, затеяли дуэль в горной долине у охотничьего домика. Проездив верхом на коне несколько часов в ужасную непогоду, тот вернулся ни с чем, весь в грязи и промокший до нитки. В другой раз его изобретательная мамаша придумывала что-нибудь новенькое, так что Генрих, заметив приближение грозы, не без юмора задавался риторическим вопросом: куда его теперь погонят? Однако он любил мать, не обижался на нее и не подавал виду, что давно раскусил ее хитрости, тем более что скоро у них появились заботы поважнее.

Возвращение в 1567 году Жанны д’Альбре от королевского двора в родной Беарн совпало с возобновлением смуты во Франции. Более того, ее несанкционированный отъезд, фактически побег, послужил гугенотам сигналом к началу новой войны. Адмирал Колиньи, скомпрометировавший себя в глазах единоверцев тем, что в Мулене поддался на уговоры Екатерины Медичи и согласился примириться, пусть и притворно, с Гизами, стремился любой ценой реабилитировать себя. Не придумав ничего лучшего, решили повторить неудавшуюся авантюру семилетней давности в Амбуазе. Конде, главный военный предводитель гугенотов, должен был провести захват Карла IX и всего двора, находившегося в Мо. Эта попытка, предпринятая в сентябре 1567 года и получившая позднее название «заварушки в Мо», провалилась столь же бесславно, как и Амбуазский заговор. Екатерина Медичи, заблаговременно предупрежденная информаторами, действовала быстро и решительно, прежде всего обеспечив безопасность королю, которого под надежной охраной швейцарских гвардейцев доставили в Париж.

Королева-мать, воспринявшая происшедшее как личное унижение, была вне себя от ярости. Ситуация усугублялась тем, что во многих провинциях происходило избиение католиков, и это позволяет предполагать наличие у гугенотов единого плана действий. Особую известность получила резня католиков в Ниме 1 октября 1567 года, в ночь после Дня святого Михаила, когда протестанты убили и сбросили в колодец 80 католических нотаблей. Эта «Михайловская ночь» в известном смысле явилась прообразом Варфоломеевской ночи. Протестанты требовали созыва Генеральных штатов, однако король отказывался пойти навстречу их требованиям. Тогда Конде и Колиньи осадили Париж, но и тут ничего не добились. Единственным утешением для них могло служить то, что при попытке снятия осады главнокомандующий королевскими войсками коннетабль де Монморанси 10 ноября 1567 года был смертельно ранен в ходе боя в пригороде Парижа Сен-Дени. Впрочем, следует заметить, что Екатерина Медичи не слишком огорчилась, потеряв престарелого коннетабля, который давно уже был для нее не столько помощником в управлении королевством, сколько тягостной обузой. 23 марта 1568 года по ее инициативе был подписан мир в Лонжюмо, завершивший вторую Религиозную войну и подтвердивший положения Амбуазского эдикта.