Уже в 19 лет королева демонстрирует свой авторитарный стиль правления, не всегда совпадающий с курсом канцлера Оксеншерны. С. И. Улофссон пишет о её сознательной оппозиции клану Оксеншернов, обусловленной опасениями введения аристократической верхушкой республиканского правления в Швеции. Сейчас мы знаем, что клан Оксеншернов не имел никаких намерений свергать короля и вводить республику не планировал, но в то время это многим казалось вполне реальным. Королева как-то сказала, вспоминал английский посол Уайтлок, что канцлер питает надежды стать шведским Кромвелем.

Дядя королевы, адмирал К. К. Юлленъельм, по мнению Улофссона, в значительной степени влиял на её отношение и к Государственному совету, и к Оксеншернам. Вместе с Кристиной и престарелым Я. Делагарди он пытался организовать им оппозицию. Я. Делагарди потом перейдёт в лагерь оксеншернистов, но ему на смену придёт сын граф Магнус, из Германии вернётся Ю. А. Сальвиус, к ним присоединится адмирал Херман Флеминг. С этими людьми в 1650–1651 годах Кристина образует так называемую придворную партию.

В начале 1645 года Государственный совет разбирал спор между адмиралом К. К. Юлленъельмом и губернатором Стокгольмского и Упсальского ленов Тюре Оксеншерной, племянником канцлера. При наборе рекрутов в армию губернатор пытался незаконно забрать нескольких слуг адмирала. Управляющий адмиральским имением попытался защитить их от незаконной мобилизации, за что по приказанию Т. Оксеншерны был закован в колодки и подвешен в них на стену. Губернатор явно и грубо попрал закон, превысил власть и без всяких на то оснований применил жестокость и насилие по отношению к людям адмирала. По решению Государственного совета Оксеншерна должен был извиниться перед Юлленъельмом и искать примирения с пострадавшим управляющим. В противном случае он должен был пойти под суд.

На заседании 19 февраля (2 марта), на котором королева Кристина отсутствовала, Тюре Оксеншерна отказался подчиниться вердикту правительства и упорно оправдывал своё поведение. П. Брахе и Я. Делагарди попытались урезонить его, напомнив, что «Швеция — не Ливония, где с крестьянами обращаются как попало, здесь у нас закон и порядок, одинаковый и для благородных, и для подлых крестьян». Губернатор не сдавался и стоял на своём. Рассмотрение дела было перенесено на следующий день и обсуждалось уже в присутствии королевы. Кристина, разобравшись в происшедшем, постановила вызвать Тюре Оксеншерну на заседание совета и объявить ему королевское решение: либо он должен принести повинную, либо предстать перед судом.

На вопрос королевы, готов ли он пойти на примирение с адмиралом, распоясавшийся губернатор снова ответил отрицательно. Было очевидно, что он чувствовал себя уверенным в поддержке всесильного дядюшки и фактически делал вызов верховной власти в стране. И тогда королева произнесла речь, в которой заявила, что могла бы прибегнуть по отношению к губернатору к самым решительным мерам наказания, но, учитывая заслуги рода Оксеншернов перед королевством, делать этого не будет. Едва сдерживая раздражение, она говорила на повышенных тонах, и губернатор струсил и стал выражать Кристине благодарность за милость и благосклонность, оказанные ему и его семье. Но Кристина, не останавливаясь, продолжала бросать в его адрес всё новые и новые гневные обвинения, давая ему понять, что своим упрямством он оскорбил не только честь государства, но и честь королевы Швеции. Рассмотрение спора закончилось в пользу адмирала Юлленъельма на условиях, определённых Госсоветом.

Это был первый чувствительный удар, нанесённый по интересам клана Оксеншернов. Несмотря на глубокое уважение к «папе Акселю» и признание его несомненных заслуг перед страной, Кристина рассудила спорное дело не по «понятиям», а строго по закону. Это делало ей честь.

Канцлер вернулся в Стокгольм в сентябре и снова взял руководство Государственным советом в свои руки. Но Кристина по-прежнему проявляла свой нрав и высказывала своё мнение, не всегда совпадавшее с мнением членов совета, по всем принципиальным вопросам. Впрочем, она умела соблюсти меру и в конце ноября 1645 года решила подсластить горькую пилюлю Оксеншернам, возведя канцлера в графское достоинство.

А первое серьёзное столкновение королевы с «папой» произошло 14 (25) января 1647 года при обсуждении памфлета Ю. Маттиэ, касающегося внутреннего урегулирования противоречий в лютеранской церкви. Памфлет, сочинённый ещё в 1644 году, вызвал большое недовольство шведского клира. Шведская церковь обвиняла автора в кальвинизме, хотя он всего лишь призывал к веротерпимости. Королева открыто выступила в поддержку своего учителя и дала его книге положительную оценку. Аксель Оксеншерна находился в лагере наиболее рьяных критиков Маттиэ и считал, что памфлет не способствовал единению лютеран, а значит, наносил вред государству. Против этого возразить было трудно, и королева обратилась за советом к членам правительства. Возникла жаркая дискуссия, в ходе которой Кристина расплакалась, а члены Госсовета разошлись, не приняв никакого решения. Автор памфлета выступил с компромиссными заявлениями, похожими на покаяние, и разворошённый церковный «муравейник» во главе с канцлером успокоился. Было очевидно, что Кристина не хотела слишком далеко заходить в споре с канцлером и отступила, но простить ему своё поражение она не смогла.

Ещё одно столкновение с Государственным советом и риксдагом по тем же церковным вопросам закончилось уже в пользу Кристины. Двадцатилетняя королева, следуя по стопам отца, проявлявшего религиозную терпимость, решительно отклонила проект так называемого конкордата, регулировавшего формы общения шведских лютеран со своими собратьями в Европе и душившего любые проявления синкретизма. По-видимому, она в этот момент хотела, с одной стороны, продемонстрировать и консолидировать свою никому не подотчётную власть, а с другой — в затхлой обстановке воинственного и оголтелого шведского лютеранства очертить границы своей духовной независимости.

В марте следующего, 1648 года противостояние между королевой и канцлером снова обострилось. На сей раз предметом несогласия послужило предложение Кристины ввести в состав Госсовета заслуженного дипломата Ю. А. Сальвиуса. Она была заранее уверена в том, что предложение вызовет сильное сопротивление со стороны членов правительства, потому что Сальвиус был не благородного происхождения и дворянство получил за свои заслуги совсем недавно. Это её не смущало, и она решила дать своему правительству бой.

Положение усугубляло и то обстоятельство, что между Сальвиусом и сыном канцлера Юханом Оксеншерной, двумя самостоятельными и равноправными представителями Швеции на мирных переговорах в Оснабрюке, шли раздоры. Кристина же, открыто критикуя обоих представителей за медлительность, тайно поддерживала Сальвиуса, более склонного к компромиссам и скорейшему прекращению войны, нежели молодой Оксеншерна. К тому же Ю. А. Сальвиус входил в придворную партию королевы и был ярым противником клана Оксеншернов.

Для канцлера закулисная игра Кристины с Сальвиусом не была секретом, но предпринять что-либо против них он не мог. Акселя Оксеншерну весьма огорчало, что королева в частных письмах Сальвиусу критиковала его инструкции на переговорах, но когда Сальвиус по рекомендации Кристины показал адресованное ему королевское письмо французскому послу д’Аво, терпению канцлера пришёл конец и он выступил с резким протестом. Но Кристине удалось успокоить «папу», и они примирились.