В ходе войны японские лодки выполняли специальные задачи. Прежде всего к ним следует отнести ведение разведки в интересах МГШ и командования Объединенного флота. До 1944 г. для этой цели использовали самолеты, и здесь имеет смысл рассказать об истории их появления на борту японских лодок. Как уже говорилось, первый бортовой самолет для лодок появился в 1925 г. и получил обозначение "Нeinkеl" U-1 (тип 1 "Йокосука"). Он прошел испытания на минном заградителе I-121 и в 1927 г. был принят на вооружение. Этот биплан хранился в герметичном контейнере позади ограждения рубки и мог стартовать только с воды. Гидросамолет имел небольшую скорость полета и находился в воздухе не больше двух часов, что не удовлетворяло МГШ. В дальнейшем японцы разместили на лодках пневматические катаульты и в 1935 г. разработали новый гидросамолет "Ватанабэ" E9W1 тип 96, который был испытан в ходе конфликта с Китаем. Он поднимался в воздух с борта одной из лодок завесы и наводил свои корабли на суда, пытавшиеся прорвать блокаду. Как показал боевой опыт, большие патрульные лодки могли эффективно осуществлять разведку на большом удалении от пунктов базирования и успешно оперировать на торговых коммуникациях. Однако бортовой самолет тип 96 имел небольшой радиус действия и слабое вооружение. В результате серию ограничили 35 единицами и в 1941 г. разработали новую машину — "Йокосука" Е14Y1 тип 0, со скоростью полета 246 км/чac. Она могла находиться в воздухе около пяти часов и вполне удовлетворяла MГШ. До конца войны было построено 126 таких самолетов. Они активно использовались японскими большими патрульными лодками. Самолеты значительно расширяли возможности поиска противника в открытом море, вели разведку его баз и побережья. 17.08 и 6.10.1942 г. I-25 использовала бортовой самолет для бомбардировки лесов штата Орегон. Эти операции были сочтены удачными и в дальнейшем привели к созданию лодок-авианосцев типов АМ и STo. Первоначально эти корабли планировали использовать для атаки Нью-Йорка и других городов на побережье США Для них в 1944 г. был создан специальный скоростной бомбардировщик-торпедоносец "Сейран", который решили использовать для разрушения шлюзов Панамского канала. Для этой цели подготовили I-400, I-401, I-13 и I-14. Первые несли на себе по три самолета, а остальные — по два. Подготовка их пилотов затянулась из-за отсутствия топлива. Его в начале июня 1945 г. доставила I-351. Пока шло обучение экипажей самолетов в заливе Нанао на западном побережье о. Хонсю, MГШ решил использовать эти лодки для атаки американских авианосцев у атолла Улити. Она должна была быть скоординирована с нападением человекоуправляемых торпед. Однако до капитуляции Японии операция проведена не была.

Ведение разведки возлагалось на все без исключения японские лодки, выходившие в море. При этом, помимо самолетов, они использовали оптические приборы, документы с потопленных транспортов, опрос захваченных пленных, радиопеленгование и радиоперехват. В последние годы войны для разведки использовали радиолокацию. Здесь надо сказать, что радиотехническое вооружение на японские ПЛ внедрялось чрезвычайно долго и с большим трудом. Командиры кораблей быстро оценили его достоинства, но МГШ проявил удивительный консерватизм. Так, капитан 3 ранга Хасимото в феврале 1943 г., будучи командиром I-158, по собственной инициативе установил на ней один из образцов авиационной РЛС. Опыт не дал положительных результатов, и МГШ не стал разбираться в причинах. Лишь в сентябре 1943 г. на Ro-44 (капитан-лейтенант Фудзимото) смонтировали станцию обнаружения надводных целей, а внедрение станции обнаружения воздушных целей затянулось вплоть до февраля 1944 г. Объяснялось это тем, что МТД не хотел принимать на вооружение армейские образцы (как технически не приспособленные к морским условиям), а разработку своего завершил лишь в конце ноября 1943 г. Планомерное оснащение японских лодок радиотехническим вооружением началось в феврале 1944 г. Вместе с тем, МГШ и командование Шестого флота не смогли (или не захотели) разработать оперативно-тактические приемы его боевого использования. В результате, радиолакационные станции порой становились причиной гибели японских ПЛ. Показателен пример Ro-55, Ro-112 и Ro-113, которые были потоплены в течение одной недели (соответственно 7-го, 11-го и 12-го февраля 1945 г.) у о. Лусон американской ПЛ Batfish, выходившей в атаку по данным станции радиотехнической разведки (AN/APR-1). Ее успех обеспечили сами японцы, длительное время не выключавшие свои РЛС обнаружения воздушных целей. Только к концу воины МГШ ввел в действие инструкции по повседневному и боевому использованию радиотехнического вооружения, строящиеся корабли получили новые формы надстроек и ограждения рубок, снижавшие радиолакационную заметность, легкие корпуса покрывали специальным каучуковым составом, а механизмы (в том числе и вспомогательные) монтировали на двухкаскадных амортизаторах, что снижало уровень первичных аккустических полей.

Среди специальных операций Шестого флота можно выделить обеспечение летающих лодок "Каваничи" (H8K1) во время атаки Перл-Харбор. Для этой цели I-15, I-19 и I-26 оборудовали цистернами для перевозки и передачи в море авиационного топлива. 28.02.1942 г. I-15 и I-19 заняли позицию у атоллов Френч-Фригейт. Навигационное обеспечение операции осуществляли: I-26, патрулировавшая в 200 милях к юго-западу; Ro-61 и Ro-62, занявшие позицию между атоллами Вотье и Френч-Фригейт. 3.03.1942 г. летающие лодки дозаправились с I-15 и I-19. 4.03.1942 г. они нанесли удар по Перл-Харбор. Подобный рейд планировали повторить в рамках операции по захвату атолла Мидуэй, но американцы узнали о планах МГШ и заранее развернули у атоллов Френч-Фригейт свои противолодочные корабли. Сама идея использовать ПЛ для обеспечения летающих лодок в открытом океане нашла продожение в создании специальных кораблей типа SH. Боевые лодки для этой цели использовались лишь в конце 1942 г., когда I-21 у Соломоновых о-вов дважды передавала топливо на летающие лодки "Каваничи" (H8K1), ведшие разведку в районе о-вов Фиджи и Самоа.

Лодки привлекались для спасения экипажей погибших кораблей и самолетов. В отличие от американцев, японцы не смогли организовать надежную систему спасения. Подобные операции проводились без достаточной подготовки и не согласовывались с другими силами флота. Так, 3.03.1943 г. I-17 и I-26 направили из Рабаула в море Бисмарка для спасения экипажей судов и кораблей, разгромленного противником конвоя. Одновременно сюда пришли несколько эсминцев, командиры которых не знали о присутствии лодок. Лишь благодаря случайности японские офицеры раэобрались в обстановке. 4.03.1943 г. I-17 и I-26 подобрали с воды 350 человек, которых доставили 5.03.1943 г. в Рабаул. Ранее упоминавшиеся Ro-55, Ro-112 и Ro-113 вышли в море для спасения экипажей сбитых самолетов. Их действия не были согласованы с авиационным командованием и командиры были вынуждены все время использовать радиолакационные станции для определения местоположения своих самолетов.

Японские лодки высаживали на побережье противника агентов армейской разведки, готовились к высадке достаточно крупных десантов, имевших на вооружении даже танки. Для решения последней задачи привлекались "стандартные" крейсерские лодки и разрабатывались специальные транспортные корабли.