Не долго Шуйскому пришлось утешаться безопасностью. В Москве происходили волнения; 15 июня, в воскресенье, сделался шум и бунт. Шуйский подозревал, что это происходит от козней знатных лиц, созвал в Кремль думных людей и стал спрашивать: «Кто это из вас волнует народ? Зачем вымышляете разные коварства? Коли я вам нелюб, я оставлю престол, возьмите мой царский посох и шапку, выбирайте, кого хотите». Думные люди уверяли, что они верны в своем крестном целовании. «Так наказывайте виновных», – сказал Шуйский. Думные люди вышли на площадь и уговорили народ разойтись. Пятерых крикунов схватили, высекли кнутом и сослали.

Но то было только начало смуты. Через два месяца на юге разнесся слух, что Димитрий жив и убежал в Польшу. Вся Северская земля, Белгород, Оскол, Елец провозгласили Димитрия. Ратные люди, собранные под Ельцом прежним царем, не хотели повиноваться Шуйскому, избрали предводителем Истому Пашкова и присягнули все до единого стоять за законного царя Димитрия. В Комарницкой волости Болотников возвестил, что он сам видел Димитрия и Димитрий нарек его главным воеводой. Болотников был взят еще в детстве в плен татарами, продан туркам, освобожден венецианцами, жил несколько времени в Венеции и, возвращаясь в отечество через Польшу, виделся с Молчановым, который уверил его, что он Димитрий. Болотников, никогда не видавший царя Димитрия, действовал с полной уверенностью, что стоит за законного государя. Он начал возбуждать боярских людей против владельцев, подчиненных против начальствующих, безродных против родовитых, бедных против богатых. Его грамоты произвели мятеж, охвативший Московское государство подобно пожару. В Веневе, Туле, Кашире, Алексине, Калуге, Рузе, Можайске, Орле, Дорогобуже, в Зубцове, Ржеве, Старице провозгласили Димитрия. Дворяне Ляпуновы подняли именем Димитрия всю Рязанскую землю. Возмутился город Владимир со всей своей землей. Во многих поволжских городах и в отдаленной Астрахани провозгласили Димитрия. Только Казань и Нижний Новгород еще держались кое-как за Шуйского. В пермской земле отказали Василию давать ратных людей, служили молебны о спасении Димитрия и пили чаши за его здоровье. Новгород и Псков оставались пока верными Шуйскому, но псковские пригороды стояли за Димитрия. Если бы в это время на самом деле явился человек с именем Димитрия, то вся Русская земля пошла бы за ним. Но он не являлся, и многие сомневались в справедливости слухов об его спасении, а потому и не решались открыто отпасть от царствовавшего в Москве государя. Тем не менее к Болотникову стеклась огромная толпа. Он из Северской земли двинулся к Москве: города сдавались за городами. 2 декабря Болотников был уже в селе Коломенском. К счастью Шуйского, в полчище Болотникова сделалось раздвоение. Дворяне и дети боярские, недовольные тем, что холопы и крестьяне хотят быть равными им, не видя притом Димитрия, который бы мог разрешить между ними споры, стали убеждаться, что Болотников их обманывает, и начали отступать от него. Братья Ляпуновы первые подали этому отступлению пример, прибыли в Москву и поклонились Шуйскому, хотя не терпели его. Болотников был отбит Скопиным-Шуйским и ушел в Калугу.

Избавившись от осады, Шуйский, по совету с патриархом Гермогеном, пригласил в Москву бывшего патриарха Иова. 20 февраля 1607 года последний разрешил народ от клятвы, наложенной им за нарушение крестного целования Борису. Еще прежде того Шуйский приказал перевезти тела Бориса, его жены и сына и похоронить в Троицко-Сергиевом монастыре. Этими поступками хотел Шуйский примириться с прошлым и тем придать своей власти более законности. Но с наступлением лета силы Болотникова опять начали увеличиваться пришедшими казаками. Явился новый самозванец, родом муромец, незаконный сын «посадской женки», Илейка, ходивший прежде в бурлаках по Волге. Он назвал себя царевичем Петром, небывалым сыном царя Федора; с волжскими казаками пристал он к Болотникову. После нескольких битв Шуйский осадил Болотникова и названого Петра в Туле. Какой-то муромец Мешок Кравков сделал гать через реку Упу и наводнил всю Тулу – осажденные сдались. Шуйский, обещавши Болотникову пощаду, приказал ему выколоть глаза, а потом утопить. Названого Петра повесили; простых пленников бросали сотнями в воду, но бояр, князей Телятевского и Шаховского, бывших с Болотниковым, оставили в живых.

Воротившись в Москву, Шуйский думал, что теперь для него наступила пора успокоиться, и женился на княжне Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, с которой обручился еще при жизни названого царя Димитрия. Новые тревоги не давали ему отдохнуть: вместо повешенного названого Петра явилось несколько царевичей. В Астрахани явился царевич Август, называвший себя небывалым сыном царя Ивана Васильевича от жены Анны Колтовской; потом там же явился царевич Лаврентий, также небывалый сын убитого отцом царевича Ивана Ивановича. В украинских городах явилось восемь царевичей, называвших себя разными небывалыми сыновьями царя Федора (Федор, Ерофей, Клементий, Савелий, Семен, Василий, Таврило, Мартын). Все эти царевичи исчезли так же быстро, как появились. Но в Северской земле явился наконец долгожданный Димитрий и весной 1608 года с польской вольницей и казаками двинулся на Москву. Дело его шло успешно. Ратные люди изменяли Шуйскому и бежали с поля битвы. Новый самозванец в начале июля 1608 года заложил свой табор в Тушине, отчего и получил у противников своих название Тушинского вора, оставшееся за ним в истории. Города и земли русские одни за другими признавали его. Полчище его увеличивалось с каждым часом.

Переговоры Шуйского с Польшей должны были решить, чего нужно было Московскому государству ждать от польского правительства. Переговоры эти шли очень медленно. Задержавши в 1606 году польских послов Олесницкого и Гонсевского, Василий отправил князя Григория Волконского с объяснениями. Волконский пробыл в Польше больше года и натерпелся там всяких упреков и оскорблений. Вслед за тем в октябре 1607 года прибыли новые польские послы (Друцкий-Соколинский и Витовский) в Москву. Переговоры с ними шли до июля 1608 года и наконец кончились тем, что обе стороны заключили перемирие на три года и одиннадцать месяцев, а в продолжение этого времени Польша обязалась не помогать никаким самозванцам и запретить всем полякам поддерживать Тушинского вора. Со своей стороны, царь Василий отпускал всех задержанных поляков с условием, чтобы они не сносились с теми из своих соотечественников, которые находились в тушинском таборе; Марина не именовала бы себя царицей, а Мнишек не называл бы своим зятем Тушинского вора.

Но в противность этим условиям Мнишек с Мариной и другими поляками очутились в тушинском таборе. Марина всенародно признала вора своим мужем, большая часть русских городов и земель опять отпала от Шуйского и провозгласила Димитрия. В таких печальных обстоятельствах Шуйский обратился за помощью к шведам. Положение царя Василия в Москве было самое жалкое. Никто не уважал его. Им играли, как ребенком, по выражению современников. Шуйский то обращался к церкви и к молитвам, то призывал волшебниц и гадальщиц, то казнил изменников, но только незнатных, то объявлял москвичам: «Кто мне хочет служить, пусть служит, а кто не хочет служить – пусть идет: я никого не насилую». Москвичи уверяли своего царя в верности, а потом многие перебегали в Тушино; побывавши в Тушине, ворочались в Москву: поживши в Москве, опять бежали в Тушино; беглец, явившийся в Тушино, целовал крест Димитрию и получал от него жалованье, а вернувшись в Москву, целовал крест Василию и от него получал также жалованье. Чтобы отвадить народ от вора, Шуйский постановил давать свободу тем холопам, которые уйдут из Тушина, но выходило, что многие холопы из Москвы бежали в Тушино, чтобы после, вернувшись, получить от царя свободу. Московские торговцы без зазрения совести возили в Тушино всякие товары, разживались и копили копейку про черный день, не пускали своих денег в оборот, и от этого в Москве делался недостаток: он стал особенно чувствителен зимой, когда тушинцы отрезали путь из Рязани в Москву.