Тому был целый ряд причин, как юридических, так и политических.

Единая система Прокуратуры РФ (в том числе и военная прокуратура) при расследовании уголовных дел руководствовалась уголовно-процессуальным законом (УПК РСФСР, в редакции 1960 г.). Проводилось расследование тех преступлений, которые предусмотрены Уголовным кодексом РСФСР, в редакции 1960 г. Но УК РСФСР не предусматривал статьи, по которой можно было бы квалифицировать расстрел поляков в 1940 г., не содержал составов таких преступлений, как преступления против мира и человечности, военные преступления, геноцид. В принципе, прокуратура в соответствии с действующим, но устаревшим УПК РСФСР могла сама признать виновными в преступлениях одновременно с прекращением уголовного дела лишь по нетяжким преступлениям (не представляющим большой общественной опасности — статья 50 УК РСФСР). В соответствии же с новой Конституцией РФ обвиняемых виновными в преступлениях может признавать только суд (статья 49). Если учитывать реальные масштабы и последствия этого преступления, следует признать, что оценку содеянному мог бы дать как минимум только суд. Но суд, как и прокуратура, не рассматривает дела в отношении умерших (статья 5 пункт 8 УПК РСФСР) и не может работать по преступлениям, которые не предусмотрены УК РСФСР (статьи 3, 7, 7-1 УК РСФСР и часть 1-2 статьи 5 УПК РСФСР).

Возникает вопрос: почему же следователь Яблоков, зная о недостаточно четком регулировании внутренним законодательством всех вопросов, связанных с Катынским делом, вынес итоговый документ-постановление о прекращении дела с признанием вины по статье 6 Устава Международного военного трибунала в Нюрнберге? Поскольку уголовное дело находилось в производстве Яблокова, в соответствии со статьями 3, 127, 208—209 УПК РСФСР, именно ему необходимо было выносить процессуальное решение о прекращении уголовного дела или направлении дела с обвинительным заключением в суд. Прекращение дела было предопределено смертью виновных (статья 5, пункт 8 УПК РСФСР) и не требовало для следователя, в соответствии с законом, согласия вышестоящих прокуроров (в других случаях, конкретно указанных в законе, такое согласие для следователя требуется). Завершение расследования дела следователем Яблоковым было вынужденным. Начиная с 1994 г. отношение руководства ГВП к Катынскому делу претерпело значительные изменения, связанные с осознанием необходимости принятия непопулярного решения о квалификации действий виновных по статье 6 Устава МВТ в Нюрнберге, о чем руководству неоднократно докладывал следователь. С подобной квалификацией во время консультаций соглашались С. Снежко и М. Журавский, но резко возражали против нее надзиравшие за расследованием дела прокуроры — генералы Н.Л. Анисимов, В.И. Купец, а затем и первый заместитель Главного военного прокурора Г.Н. Носов. Начальник Управления ГВП Н.Л. Анисимов сначала в устной, а затем и в форме 2-х письменных обязательных для исполнения указаний потребовал прекращения уголовного дела в течение месяца по статье 110 УК РСФСР, в редакции 1926 г. (за превышение власти). Следователь Яблоков был вынужден обратиться с рапортом к Главному военному прокурору В.Н. Паничеву с обоснованием необходимости продления расследования большим объемом предстоящей работы с выездом на места: для проверки версии о расстреле польских граждан в Томске, Рыбинске, Свердловской области, Потьме, Мундыбаше, Карабасе, Владивостоке, а также для получения документов из Белоруссии и Украины о расстреле там 7.305 поляков. Обращение к Паничеву позволило продлить следствие еще лишь на один месяц, но не отменило письменных указаний об окончании дела. За этот срок удалось проверить с выездом на место и проведением эксгумации лишь версию о «томском следе» катынского преступления и вынести требуемое постановление о прекращении дела. Оно было вынесено с соблюдением всех процедурных тонкостей и с дополнительным письмом с разъяснением причин и мотивов квалификации преступлений, отличающейся от предложенной в письменных указаниях. Постановление о прекращении уголовного дела и письмо были официально зарегистрированы в канцелярии ГВП. После отмены в ГВП постановления Яблокова он, в соответствии со статьей 127 УПК РСФСР, обжаловал это решение в официальном порядке Генеральному прокурору РФ, что также было зарегистрировано. Вынесенное Яблоковым постановление о прекращении уголовного дела официально действовало до его отмены в ГВП, после чего стало просто документом уголовного дела. Генеральная прокуратура РФ перепоручила проверку жалобы Яблокова заместителю Главного военного прокурора В.А. Смирнову, который подтвердил принятое в ГВП решение об отмене постановления.

Практика показала, что Главная военная прокуратура и Генеральная прокуратура РФ оказались не готовы без прямого политического решения дать последовательную оценку действиям исполнителей явно незаконных приказов в Катыни, Медном, Харькове, Западной Украине и Западной Белоруссии в 1940 г.

Кто должен принять такое политическое решение?

Учитывая, что Государственная дума РФ заменила собой Съезд народных депутатов СССР, который 24 декабря 1989 г. рассмотрел вопрос о пакте Молотова—Риббентропа и принял постановление «О политической и правовой оценке советско-германского договора о ненападении от 1939 года», логично предположить, что именно она, как высший законодательный орган, может и должна дать оценку одному из наиболее тяжких последствий этого договора. К этому же предположению подводят многочисленные публикации в средствах массовой информации как внутри страны, так и за рубежом.

Должны быть одновременно рассмотрены объединенные причинно-следственной связью сюжеты и вопросы: подписание советско-германских договоров от 1939 г. и секретных приложений к ним, причины расстрела поляков, доказанность совершения органами НКВД СССР преступлений, предусмотренных статьей 6 Устава МВТ в Нюрнберге, деятельность Специальной комиссии под руководством Бурденко, советской делегации на заседаниях МВТ в Нюрнберге и отношение к сформированной ими официальной позиции СССР. По таким вопросам ответственно и весомо может высказаться Государственная дума РФ, дав надлежащую политико-правовую и морально-политическую оценку действиям как организаторов этих злодеяний, так и исполнителей явно незаконных приказов. Следует констатировать, что было невозможно дать адекватную правовую оценку в пределах действовавших УК РФ и УПК РСФСР и принять акт реабилитации пострадавших как жертв геноцида в рамках прокуратуры или суда РФ. Новая Конституция РФ (статья 104) не предусматривает за прокуратурой права законодательной инициативы.

Предпринимались шаги по использованию прерогатив исполнительной власти, было предпринято обращение к правомочиям и законодательной инициативе Президента РФ. 18 января 1995 г. полномочный представитель Президента РФ в Федеральном собрании профессор А.М. Яковлев и эксперт ГВП профессор И.С. Яжборовская обратились с докладной запиской «К вопросу о завершении Катынского дела» к руководителю аппарата Президента РФ С.А. Филатову. В ней, в частности, констатировалось: «И заключение экспертов, и постановление прокурора основывались на нормах как внутреннего, так и международного права. Российское внутреннее законодательство, декларируя примат международного права, в ряде случаев не располагает механизмами, переводящими его на конкретно-правовой язык, не предусматривает правовой квалификации и санкции за массовые репрессии, убийства военнопленных, геноцид и т.д. Но только такого рода квалификация могла бы адекватно отразить уголовно наказуемые деяния такого рода наряду с персональной ответственностью Сталина и других членов сталинского руководства, как расстрел без суда и следствия, на основе постановления Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 марта 1940 г. около 22 тысяч польских граждан».