июля — Предстоятель Русской Православной Церкви возглавил работу Всемирного саммита религиозных лидеров, проведённого по его инициативе.

Сентябрь — 45-летие епископского служения Алексия II; пастырский визит в Калининградскую епархию.

Конец сентября — визит в Санкт-Петербург.

2007, март — на XI Всемирном Русском Народном Соборе Патриарх воззвал к властям России предпринять шаги по преодолению чудовищной бедности населения страны.

Апрель — ухудшение состояния здоровья Патриарха во время его пребывания в Германии, курс лечения в швейцарской клинике.

17 мая — в храме Христа Спасителя Патриархом Алексием II и митрополитом Лавром подписан Акт о восстановлении канонического общения с Русской Православной Церковью и Русской Православной Церковью заграницей.

Сентябрь — паломничество на Валаам.

1—4 октября — поездка во Францию, первый официальный визит Предстоятеля Православной Церкви в католическую страну после великого разделения Западной и Восточной Церквей 1054 года. Выступление на сессии Парламентской ассамблеи Совета Европы, в котором заявлено о решительном неприятии какого-либо отступления от норм морали в современном западном обществе.

Ноябрь — споры по поводу реформы школьного образования. Заявление Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II о том, что необходимо введение изучения основ культуры Православия и других традиционных религий в разных регионах России.

2008, февраль — визит в Россию митрополита Лавра.

20 февраля — открылся XII Всемирный Русский Народный Собор, посвящённый проблемам молодёжи.

15 апреля — заявление Патриарха Алексия по поводу разграбления православных святынь Косова и убийства православных жителей этого края, насильственно отторгнутого от Сербии.

24 июня — Архиерейский Собор, в котором впервые участвовали представители Зарубежной Церкви.

26—28 июля — поездка в Киев на торжества, посвящённые 1020-летию Крещения Руси.

12 сентября — освящение в Свято-Даниловом монастыре возвращённых из США колоколов.

16 сентября — Великое освящение Покровского собора Марфо-Мариинской обители милосердия.

20—23 сентября — посещение Санкт-Петербурга, Кронштадта и последнее паломничество на Валаам.

Октябрь — поездка в Константинополь (Стамбул).

23—25 октября — пастырский визит Патриарха Алексия в Белоруссию.

Конец ноября — отдых в Испании прерван из-за ухудшения здоровья Патриарха; лечение в Мюнхене.

30 ноября — в сослужении архиереев и духовенства Московского Патриархата, Сербской и Русской Зарубежной Церквей Святейший совершил литургию в мюнхенском кафедральном соборе в честь новомучеников и исповедников Российских.

1 декабря — возвращение в Москву.

2 декабря — в день памяти святителя Филарета Патриарх Алексий совершил молебен в храме Христа Спасителя.

4 декабря — литургия в Успенском соборе Московского Кремля. Последнее Святое причастие Патриарха Алексия II. После полудня — молебен у раки Патриарха Тихона в Донском монастыре. Последняя речь Предстоятеля.

5 декабря — кончина Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в загородной резиденции Переделкино.

7 декабря — Великая панихида у гроба усопшего.

9 декабря — отпевание Патриарха Алексия II в храме Христа Спасителя, захоронение в Елоховском Богоявленском кафедральном соборе.