В то же время следует отметить, что профессиональный опыт наемников был использован в попытке проведения военной реформы — введения нидерландской военной системы в России. Рассчитывая более эффективно использовать русских ополченцев, которые, по словам шведского историка XVII в. В.Ю. Видекинда, «более годились для того, чтобы ходить за плугом, а не носить пику», Делагарди выступил с инициативой реформирования русской армии. Он говорил Скопину, что «надобно их войско обучить прежде, нежели оно что-либо предпринять сможет». Скопин-Шуйский принял предложение Делагарди и попытался внедрить в русском войске сильные стороны голландской военной системы. Важную роль в освоении русскими ратными людьми военного опыта Нидерландов сыграл ветеран войны в Испании Кристер Зомме (Христиерн Сомме). Он обучал русских ратников военному искусству по нидерландскому образцу: соблюдать боевой порядок на марше и в строю, боевым порядкам, правильному обращению с копьями, мечами и дротиками, строительству и штурму полевых укреплений. Скопин высоко оценил работу Сомме, отметив, что «без Христиерна ему едва ли удалось бы удержать в повиновении множество необученных людей, ежедневно стекавшихся к нему из Ярославля, Костромы и Поморья».

В начале 1610 г. к Делагарди присоединился посланный из Швеции отряд в 1200 человек под командованием Хенрика Вильдемана, после чего он нанес поражение Сапеге под Дмитровым и двинулся на Москву. 12 марта он вместе со Скопиным-Шуйским торжественно вошел в столицу. Однако польская угроза не была устранена: от западной границы к Москве шло войско гетмана Жолкевского, и правительство Василия Шуйского вступило в переговоры с Делагарди о продолжении борьбы с поляками. Договорившись о выплате жалования наемникам, Делагарди выступил из столицы на соединение с армией Дмитрия Шуйского, стоявшего под Можайском. Здесь к ним присоединился Эверт Горн, под командованием которого было около 3000 наемников, прибывших в Выборг из Швеции. Потерпев поражение под Клушиным, Делагарди с небольшим отрядом ушел в Выборг, где комплектовал войско и откуда руководил военными операциями по взятию Ладоги и Корелы, перешедших на сторону Тушинского вора.

Летом 1611 г. Делагарди подошел к Новгороду, встал лагерем у Хутынского монастыря и вступил в переговоры с представителем Первого ополчения Василием Бутурлиным. После того как переговоры зашли в тупик, он взял Новгород штурмом и заставил новгородские власти подписать с ним договор. С этого времени он фактически возглавил управление Новгородом и Новгородскими землями, где установился оккупационный режим, который, по мнению современного исследователя А. Селина, был основан на компромиссе между шведами и той частью новгородцев, которые предпочли оккупацию анархии. Возглавивший шведскую военную администрацию Делагарди, понимая, что удержать территорию гораздо труднее, чем завоевать ее, стремился расположить к себе местное население. Неизвестно, читал ли он «Государя» Н. Макиавелли, который рекомендовал завоевателю «сохранить прежние законы и подати», но его поступки вполне соответствовали рекомендациям итальянского мыслителя. Он поселился в Новгороде, выучил русский язык и осуществлял управление оккупированной территорией на основании русских законов, опираясь на русскую администрацию. Фискальная практика шведской администрации опиралась на русские традиции.

В условиях распада государства и гражданской войны Новгород нашел в себе силы для самоорганизации и начал восстанавливать, казалось бы, давно забытые республиканские порядки. Говоря о реставрации республиканских порядков, исследователи, прежде всего, обращают внимание на институт пятиконецких старост. Их деятельность в это время заметно активизируется. В 1614 г. в ответ на требования Густава Адольфа принести присягу Шведской короне по предложению воеводы они провели в Новгороде своего рода референдум. Старосты прошли по улицам и задали жителям один вопрос: хотят ли они целовать крест Густаву Адольфу или хотят сохранить верность Карлу Филиппу. Естественно, что на сформулированный таким образом вопрос новгородцы ответили, что они хотят остаться верными прежней присяге. После этого Исидор и Одоевский просили короля не принуждать новгородцев к присяге, поскольку они «по своему крестному целованью» держатся Карла Филиппа и хотят ему верно служить. Важным моментом в истории Новгорода периода Смуты было также возрождение вечевых традиций в форме вечевых собраний. Так в одном из шведских источников говорится о присутствии Делагарди на тинге в Новгороде.

От имени новгородских сословий был заключен договор 1611 года. Тогда «утвержденную запись» дали «Исидор митрополит и архимариты (так в документе. — Г. К.), и игумены, и дети боярские, и гости, и пятиконецкие старосты, и всякие торговые и жилецкие люди». Декабрьский приговор о посольстве в Швецию также был составлен при участии дворян, дьяков, детей боярских, голов казачьих и стрелецких, пятиконецких старост и посадских людей, приложивших к нему свои руки. Можно предположить, что все они принимали участие в обсуждении приговора. В дальнейшем многие важнейшие вопросы решались с участием дьяков, дворян, гостей, пятиконецких старост и всяких чинов людей.

Несмотря на всю сложность ситуации, Новгород в Смуту в известном смысле был островком относительной стабильности, основным фактором и в то же время признаком которой была четкая работа административного аппарата и его служб — приказной избы, таможни, судной избы, монетного двора, кабаков, общественной бани. Была даже ферма по разведению лебедей. Шведская исследовательница Хагар Сюндберг считает, что «эффективная гражданская администрация действовала до конца оккупации. Сделки и купчие составлялись профессиональными городскими подьячими, приходо-расходные книги велись в различных учреждениях, и толковые дьяки продолжали работать в приказах».

Отношения новгородцев со шведами складывались не просто. Сохранились многочисленные челобитные, в которых горожане жаловались на плохое обращение шведских солдат, крестьяне — на высокие налоги и конфискации; требовали компенсацию за поврежденную или утраченную собственность. Были конфликты со шведами и на бытовой почве, хотя источники фиксируют их крайне редко. Известно, например, что в кабаке на Рогатице шведские солдаты разбили кувшин о голову целовальника. А вот конфликты на религиозной почве не зафиксированы вообще.

Известно, что в годы оккупации многие представители новгородской элиты служили шведским властям или сотрудничали с ними. Как отметил современный шведский исследователь Александр Пересветов-Мурат, «решение служить шведам могло быть вызвано несколькими мотивами: принуждение, оппортунизм и самая простая алчность, но также и убеждение… Вопрос этот очень сложный ввиду того, что в дискуссии слишком легко исходить из поздних постромантических концепций о родине и национальности и из представлений о старой Руси как об исконно однородном государстве с закономерной «конечной станцией» — Москвой. К этому надо добавить трудность четко различать службу Новгородскому государству при шведском режиме и службу шведскому королю. Шведские военачальники уговаривали влиятельных новгородцев перейти невидимую грань между той и другой». Отметим, что таких были считаные единицы (Федор Аминов, Никита Калитин, Михаил Клементьев, Мурат Пересветов).

Служивших шведам или сотрудничавших с ними новгородцев часто характеризуют как предателей или, в лучшем случае, «шведскую партию». Между тем это была скорее партия порядка или партия власти. До тех пор, пока шведские власти в Новгороде не перешли к политике присоединения Новгородских земель к Шведской короне, их интересы совпадали. Поэтому на этом этапе сотрудничество со шведами вряд ли можно поставить им в вину. За исключением нескольких человек, перешедших на шведскую службу, никто из них не присягнул шведской короне.