Политические партии, бурно нарождавшиеся в 1905–1906 годах, в своих программных документах и на страницах партийной прессы фиксировали неразрешенность «религиозного вопроса», наличие «стеснений» и «несвободы» в вопросах веры, предлагали свое видение разрешения этого вопроса. В зависимости от политических целей, которые они ставили перед собой, мы можем разделить их на три группы. К первой относятся те из них, кто выступал за сохранение в России абсолютной монархии, ко второй — выступавшие за конституционную монархию, к третьей — за демократическую республику. Большинство партий выступало за равенство граждан вне зависимости от их вероисповедной или сословной принадлежности, за свободу совести и вероисповеданий. Достаточно распространенным было требование конфискации или выкупа монастырских и церковных земель, что отражало настроение, господствующее среди крестьянства. Лишь незначительная часть партий, ориентирующихся на сохранение в России самодержавия, выступала за незыблемость союза между православной церковью и государством, сохранение за церковью всех ее прав, привилегий и первенствующего положения.

Программные положения партий в вопросах свободы совести в основе своей ориентировались на изменение церковной политики государства: отказ от традиционного союза с православной церковью, уравнение в правах всех вероисповеданий и равные их отношения с государством. В целом они укладывались в буржуазную модель вероисповедной государственной политики. Более радикальные требования — отделение церкви от государства и школы от церкви — включались в программы социалистических партий. К ним примыкали партии: радикальная, умеренно-прогрессивная, свободомыслящих.

В ходе выборов в Государственную думу все партии, выставлявшие своих кандидатов, обещали разрешить безотлагательно и вопрос о свободе вероисповеданий. Все они обнародовали свои предложения и программы по этому вопросу, стремясь тем самым привлечь избирателей. К примеру, в разделе об основных правах граждан программы кадетов, одной из популярных на тот момент партий, говорилось:

27 апреля 1906 года открылись заседания первой в истории России Думы. Среди ее 499 членов 18 представляли Русскую церковь — 16 священников и два епископа. Уже 12 мая представители кадетской фракции внесли для обсуждения законопроект о свободе совести. Это был первый партийный документ, предложенный в качестве законопроекта.

В Объяснительной записке к законопроекту лидеры партии убедительно доказывали, что и в прошлом, и в настоящем Россия жила и живет «под режимом несвободы совести». Попытки царского правительства в предшествующие несколько лет устранить из религиозно-церковной жизни наиболее нетерпимые «стеснения» и «ограничения» и реализовать на практике положения указа от 17 апреля и манифеста от 17 октября 1905 года не принесли положительного результата. А потому для народных избранников делом первостепенной важности должна быть борьба за обеспечение принципа свободы совести в жизни российского общества.

По мнению кадетов, следовало бы принять закон как своего рода манифест о свободе совести, определяющий принципы государственной церковной политики, и лишь затем на его основе рассматривать и принимать законы, регулирующие те или иные конкретные практические стороны деятельности религиозных организаций различных конфессий.

Но была и другая позиция. Министерство внутренних дел, которому правительством было поручено проведение реформ в вероисповедных вопросах, не видело необходимости в издании общего закона о свободе совести, а предполагало рассматривать законопроекты по отдельным конкретным сторонам религиозного законодательства. На первый взгляд такой прагматизм мог показаться предпочтительным. Однако на самом деле он был губительным для всяких попыток реформирования отжившего законодательства и преодоления административной практики, поскольку не имел ясной, понятной и принимаемой всеми (государством и обществом) цели.

Государство не случайно не желало концептуального обсуждения смысла, принципов и целей предлагаемых вероисповедных реформ, так как при этом тотчас же становились бы очевидными противоположные векторы намерений государства и демократического общества. Правительство, при всех обещаниях расширить и утвердить свободу совести, на самом деле стремилось всеми силами сохранить статус-кво в государственно-церковных отношениях, отказаться лишь от наиболее одиозных пережитков религиозного законодательства. Содержание термина «свобода совести» по-прежнему сводилось исключительно к «веротерпимости», то есть к сохранению государственной церкви и покровительству ей, при обещании некоторого смягчения политики в отношении иных религиозных объединений.

Совсем иное содержание вкладывалось в термин «свобода совести» ведущей на тот момент оппозиционной партией — конституционно-демократической. Один из ее идеологов А. К. Дживилегов писал: «Свобода совести есть дальнейшее развитие принципа веротерпимости, который непременно предполагает существование государственной церкви, пользующейся особым покровительством (запрещение менять религию господствующей церкви и проч.), причем остальные религии только не преследуются. Свобода совести предполагает признание государством следующих положений: каждый имеет право свободно выбрать себе религию, основать новую религию, переходить из одного вероисповедания в другое; каждый имеет право публично отправлять богослужение и говорить проповеди в духе исповедуемой им религии; никто не подвергается ограничениям политических и гражданских прав за принадлежность к той или иной религии. В этом виде свобода совести осуществлена во всех конституционных государствах. Высшее выражение свободы совести — это отделение церкви от государства, существующее в Соединенных Штатах, Мексике и некоторых швейцарских кантонах, подготовляющееся во Франции и осуществленное с некоторыми ограничениями в Голландии и Бельгии». К слову, такое понимание свободы совести было свойственно и абсолютному большинству других оппозиционных партий.

И хотя Первая Государственная дума, проработавшая всего лишь 73 дня и распущенная царем, так и не успела приступить к рассмотрению вероисповедных законопроектов, все же тема религиозной свободы прозвучала на ее пленарных заседаниях.

5 июня на пленарном заседании Думы обсуждалось предложение о принятии законов о гражданском равенстве. От имени кадетской партии выступил Ф. Кокошкин, который настойчиво требовал устранить привилегии одних сословий и ограничения других в правовой, национальной и вероисповедной сферах, обеспечить равенство полов. При этом он подчеркивал, что в России до сих пор «существует средневековый варварский пережиток — ограничение прав отдельных национальностей или лиц отдельного вероисповедания».