При столкновении с советскими или правительственными войсками боевая группа авангарда завязывала бой, обеспечивая отход основных сил каравана. В том случае, если блокировался основной состав каравана, мятежники старались вывести из-под огня машины с оружием и лишь в крайнем случае взрывали их вместе с грузом. Главная задача сил сопровождения и охраны заключалась в том, чтобы обеспечить беспрепятственную доставку груза к месту назначения. В этом им оказывали содействие отряды, через территорию влияния которых проходил маршрут. Однако караваны не всегда достигали конечного пункта назначения. В ряде случаев груз захватывался отрядами другой партийной принадлежности. В этом случае между ними еще более обострялись отношения и в конечном итоге перерастали в вооруженные столкновения, которые продолжались несколько месяцев.

В ряде случаев переброска крупных партий вооружения осуществлялась на трофейных машинах и бронетранспортерах советского производства с охраной, переодетой в форму военнослужащих афганской армии при наличии соответствующих документов. Беспечность дорожных постов контроля позволяла мятежникам беспрепятственно доставлять оружие и боеприпасы в заданные районы. В чрезвычайной обстановке караваны разгружались, оружие и боеприпасы укрывались в схронах, кяризах и пещерах, раздавалось жителям на хранение. Транспортные средства отправлялись обратно либо уничтожались на месте, животных бросали или продавали населению. Сами мятежники рассредоточивались по кишлакам или уходили в безопасные районы. Когда опасность миновала, караван мог частично или полностью формироваться вновь и продолжать движение в назначенный район.

Таким образом, ограниченному контингенту советских войск в Афганистане была противопоставлена достаточно развитая тактика боевых действий вооруженных сил правительственной оппозиции. Она характеризовалась сочетанием наступательных и оборонительных боев с широкомасштабными партизанскими действиями. Причем последним как наиболее эффективным явно отдавался приоритет перед остальными видами боя.

Боевые действия советских войск в Афганистане явились серьезной проверкой рациональности существовавшей организации соединений, частей и подразделений, боевых качеств оружия и боевой техники, уровня подготовки войск и командного состава. Практика показала, что не все они отвечали требованиям ведения контрпартизанской войны в сложных физико-географических условиях.

Организационно советские войска были представлены соединениями и отдельными подразделениями. Ввиду того что война была в основном войной тактики, главная тяжесть боев ложилась на плечи подразделений, особенно мотострелковых батальонов и рот.

Мотострелковый батальон организационно состоял из трех мотострелковых рот, минометной батареи, пяти взводов (противотанкового, гранатометного и зенитно-ракетного, связи, обеспечения) и батальонного медицинского пункта.

В мотострелковой роте в среднем насчитывалось от 80 до 100 человек личного состава. Организационно она состояла из управления и трех мотострелковых взводов. Мотострелковый взвод состоял из трех мотострелковых отделений и управления взвода. Во взводе было три БМП и БТР.

Боевая практика первых лет войны в Афганистане показала, что огневой мощи батальона для ведения самостоятельных действий было недостаточно. Поэтому при выполнении боевых задач он значительно усиливался огневыми средствами. В состав сил и средств усиления могло входить до роты танков, одна-две артиллерийские батареи, взвод ЗСУ-2–4, инженерно-саперный взвод, одно-два отделения химиков. Кроме того, при выполнении особо важных задач батальон мог поддерживаться артиллерийским дивизионом, 2–3 звеньями истребителей бомбардировщиков, 2–3 звеньями боевых и транспортно-боевых вертолетов.

В ходе боевых действий в Афганистане мотострелковые подразделения оснащались или боевыми машинами пехоты (БМП-1, БМЕ-2), бронетранспортерами (БТР-60пб; БТР-70, БТР-80). Эти машины обладали мощными огневыми возможностями, высокой защищенностью, подвижностью, маневренностью и устойчивостью от оружия противника.

Бронетранспортеры в основном отвечали условиям войны. В то же время в их конструкции были вскрыты существенные недостатки. Вследствие этого бронетранспортер БТР-60пб, поступивший на вооружение советских войск в конце 1960-х годов, в ходе войны был заменен на новый бронетранспортер БТР-70. По внешнему виду, вооружению и компоновке он был аналогичен предыдущему. Обе машины предназначались для транспортировки личного состава на поле боя и для их огневой поддержки после спешивания. Они имели четыре оси и все восемь ведущих колес, благодаря чему обладали высокой проходимостью и способностью с ходу преодолевать различные препятствия. В то же время внесение в конструкцию БТР-70 ряда изменений позволило повысить его боевые характеристики. Так, улучшение качества, увеличение толщины, изменение углов наклона броневых листов повысили пулестойкость корпуса машины в среднем на 2–30 %. Габариты БТР стали несколько меньше, чем у его предшественников. В новом образце с обеих сторон между вторыми и третьими колесами были сделаны боковые десантные люки, что обеспечивало скорость и быстроту спешивания и посадки военнослужащих примерно на 14–20 %. Десант в машине, в отличие от БТР-60пб, был размещен не поперек, а вдоль бортов машины лицом наружу, что позволяло наблюдать за полем боя и вести огонь через лючки и люки в бортах и крыше корпуса. В результате установки на бронетранспортере более мощных двигателей (два двигателя мощностью по 115 л.с.) средняя скорость его движения увеличилась на 15–20 %.

Значительным конструктивным изменениям подверглась система противопожарного оборудования — она стала автоматической. Снижению возможности возникновения пожара в отделении силовой установки также способствовало размещение топливных баков в изолированных отсеках. Такие конструктивные изменения позволили более эффективно использовать бронетранспортеры БТР-70 на поле боя. Однако они все еще оставались малоприспособленными к действиям на сложной горно-пустынной местности.

В последующем с 1985 г. на вооружение войск стал поступать новый бронетранспортер БТР-80. В его конструкцию внесены существенные изменения. Бронетранспортер, который по своему внешнему виду почти не отличался от предыдущих образцов, стал несколько больше своих предшественников. Его длина увеличилась на 115 мм, ширина на 100 мм и высота на 115 мм. Увеличенные габариты позволили на новой машине вместо двух карбюраторных установить один мощный дизельный двигатель, который больше соответствовал условиям горной местности с высокой разреженностью воздуха на перевалах. В результате машина стала более подвижна и маневренна. Повысилась защищенность нового бронетранспортера. На нем была установлена дополнительная противокумулятивная защита, которая предохраняла верхнюю часть корпуса машины от пробоя кумулятивной гранатой. Был учтен отрицательный опыт подрыва машин на минах. Если БТР-60пб, БТР-70 подрывался на мине, то поражение наносилось не только самой машине, но и экипажу. Новый бронетранспортер за счет конструктивных изменений при подрыве на мине только терял колесный редуктор и колесо, а водитель и десант оставались в безопасности.