И все же боевая практика показала, что и новый бронетранспортер не был лишен ряда недостатков, и в первую очередь он оставался легко уязвимым от огня крупнокалиберных пулеметов и противотанковых боеприпасов кумулятивного действия. Поэтому в войсках постоянно велись работы по созданию дополнительных средств защиты личного состава и самой машины. С этой целью на бортах устанавливались решетчатые экраны из листов автомобильных рессор, между колесами навешивался экран из прорезиненной ленты, а на башне укладывалось запасное колесо. В ряде случаев для защиты экипажа использовались баки с водой (термосы), маслом или ящики (мешки) с песком. Однако широкого внедрения самодельные защитные устройства так и не получили, главным образом из-за резкого увеличения веса машины.

В целом же бронетранспортеры, особенно последний образец, выполняли поставленные задачи с достаточно большой эффективностью в условиях высокогорья, большой запыленностью и высокой температуры воздуха.

Боевые машины пехоты в Афганистане были представлены двумя образцами: БМП-1 и БМП-2. Боевая машина пехоты первой модификации, состоявшая на оснащении советских войск с середины 1960-х годов, хорошо зарекомендовала себя в первом периоде войны в Афганистане. Вооруженная 73-мм гладкоствольным орудием, спаренным с ним 7,62-мм пулеметом и пусковой установкой ПТУР, а также располагая стрелковым вооружением перевозимого десанта, она могла успешно с места или в движении выполнять различные огневые задачи. Броня БМП-1 в целом обеспечивала противопульную защиту перевозимого личного состава.

В то же время данная боевая машина не была лишена серьезных недостатков. Она имела большое количество легкоуязвимых мест, о которых хорошо знал противник. Боевая практика выявила недостатки орудия БМП: малая дальность стрельбы, низкая начальная скорость полета снаряда, его высокая подверженность воздействиям внешней среды (бокового ветра, температуры воздуха и т. п.), недостаточный угол возвышения орудия отрицательно влияли на эффективность огня боевой машины в условиях гор.

С целью устранения отдельных недостатков непосредственно в части практиковалось введение некоторых конструктивных изменений: усиление днища под отделением управления и моторно-трансмиссионным отделением; замена жесткой связки сиденья механика-водителя с днищем; дополнительное внешнее бронирование бортов корпуса и башни за счет установки стальных экранов и др. Однако все эти конструктивные дополнения не могли в полной мере решить проблему. Поэтому в ходе войны БМП-1 постепенно были заменены БМП-2.

Новая боевая машина пехоты (БМП-2), поступившая на вооружение с 1985 г., по своему внешнему виду незначительно отличалась от своей предшественницы. Но изменение в вооружении значительно повысило ее боевые возможности. В БМП-2 взамен 73-мм орудия была установлена новая 30-мм автоматическая пушка с двухленточным питанием и большим углом возвышения, стабилизированная в двух плоскостях (что полностью отсутствовало в предыдущем образце). Кроме того, пусковая установка новой конструкции позволяла производить запуск ПТУР как изнутри машины, так и извне. Путем более рационального размещения экипажа в машине и конструктивных изменений из орудия и спаренного пулемета мог вести огонь не только наводчик-оператор, но и командир экипажа. Эти изменения давали возможность эффективно использовать боевую машину как на равнине, так и при ведении боевых действий в горах.

В составе мотострелковых войск зачастую действовали подразделения зенитных артиллерийских установок ЗСУ-2–4 «Шилка». Эти установки, оснащенные счетверенной 23-мм автоматической зенитной пушкой, обладавшей высокой точностью и скорострельностью, достаточным могуществом боеприпасов, большими углами вертикального наведения, высокой надежностью работы, были эффективным средством борьбы с наземным противником в условиях горно-пустынной местности на дальностях до 2500 м.

Личный состав мотострелковых подразделений, участвовавших в боевых действиях в Афганистане, был вооружен различными образцами индивидуального и группового стрелкового оружия: 7,62-мм автоматами АКМ и АКМС; 5,45-мм автоматами АК-74, АКС-74, и АКС-74У, ручными пулеметами 7,62-мм РПК; 5,45-мм — РПК-74, и 7,62-мм пулеметом ПМК. Основным оружием снайперов была 7,62-мм винтовка ОВД. Кроме того, мотострелковые подразделения в отдельных случаях оснащались крупнокалиберными 12,7-мм пулеметами НСВ, ДШК и 14,5-мм КПВТ. В качестве личного оружия офицеры, прапорщики, водители и другие категории военнослужащих вооружались 9-мм пистолетом ПМ.

7,62-мм автомат Калашникова, состоявший на вооружении в начальном периоде войны, показал себя надежным во всех отношениях автоматическим оружием. Он отличался высокой точностью стрельбы, сравнительно небольшим весом, неприхотливостью и простотой в обращении. В то же время он был не лишен недостатков, основной из которых заключается в большой силе отдачи оружия при ведении огня очередями, что приводило к большому разбросу пуль. Поэтому в середине 1980-х годов на смену 7,62-мм автомату пришел автомат калибра 5,45-мм АК-74. Несмотря на то что оба образца, созданные знаменитым советским оружейником М. Калашниковым, и были очень похожи друг на друга, новый автомат был надежнее в работе, проще в обращении. Его малокалиберная пуля, имея высокую начальную скорость и большую поперечную нагрузку, обеспечивала лучшую настильность траектории, обладала хорошей пробивной способностью и убойной силой. Слабая отдача при стрельбе малокалиберными патронами хорошо сказывалась на меткости и кучности стрельбы, в особенности при ведении автоматического огня, кроме того, уменьшение массы патрона позволило увеличить носимый боекомплект. Этот автомат пользовался большой любовью среди воинов-афганцев. Противник также высоко ценил его боевые качества и старался захватить в качестве трофея в бою.

Укороченный автомат АКС-74У, предназначавшийся главным образом для вооружения десантников, имел складывающийся приклад и короткий ствол. Последнее значительно снижало его боевые характеристики: дальность стрельбы уменьшалась в два раза, а разброс пуль значительно увеличился. Несмотря на это, автомат оставался достаточно эффективным видом стрелкового оружия и был незаменим в ближнем бою.

Незначительная часть мотострелков вооружалась 7,62-мм снайперской винтовкой Драгунова (СДП), состоящей на вооружении сухопутных войск с 1963 г. Эта винтовка, оснащенная оптическим прицелом, позволяла вести прицельный огонь на дальность до 1300 м и представляла собой серьезную опасность для скрывавшихся в горах снайперов-душманов.

В качестве личного оружия офицеров, прапорщиков и некоторых категорий сержантов и солдат использовался 9-мм пистолет Макарова, который применялся преимущественно для самозащиты.

Групповое стрелковое оружие, состоявшее на вооружении ограниченного контингента советских войск в Афганистане, было представлено ручным, ротным и крупнокалиберными пулеметами, а также различными гранатометами.