Затем Запорожской Сечи пришлось отдать все силы участию в труднейшей освободительной войне 1648—1654 гг., что привело к полному прекращению морских походов сечевиков. Таким образом, Войско Запорожское было вынуждено выйти из Босфорской войны и больше уже в ней не участвовало, даже и по завершении войны с Польшей. Как отмечает Ю.А. Мыцык, тяжелые войны, протекавшие на территории Украины во второй половине XVII в., и распри между различными группировками казацкой старшины значительно ограничили возможности совершения крупных военно-морских походов украинского казачества. После 1654 г. запорожские действия на море осуществлялись гораздо реже, чем до начала освободительной войны, и не имели своей целью нападения на Босфор.

Отдельные запорожцы и их группы, конечно, продолжали принимать участие в Босфорской войне, но уже исключительно в составе донских флотилий, выходивших в море из Черкасска. К донцам не просто перешла руководящая роль в войне — Войску Донскому пришлось продолжать ее одному, без своего сильного союзника, Войска Запорожского, которое, надо заметить, вообще оставалось союзником и не участвуя в набегах к Босфору. С учетом предшествующей роли, которую играло в Босфорской войне Запорожье — ее зачинатель, первоначальный организатор и гораздо более многочисленный участник, становятся понятными последствия такого развития событий для хода войны в целом, для мощи, разрушительности и регулярности ударов по Босфору.

Тем более что в 1640-х гг. Войско Донское оказалось в критическом положении. Великая Азовская эпопея привела к гибели подавляющей части донского флота, а также к уничтожению леса, приготовленного для строительства судов (Мустафа Найма замечал, что при осаде Азова турки это «заготовленное… дерево и предместья, которые были такими же деревянными, совсем сожгли… иначе казаки, сделав двести либо триста чаек… пришли бы на море и ограбили прибрежные края»).

Но самое трагическое для донцов заключалось в безвозвратной потере огромного числа товарищей. При взятии Азова в 1637 г. погибли 1,1 тыс. казаков из 5,5 тыс. участвовавших в штурме, т.е. пятая часть. В осадном сидении 1641 г., согласно сведениям Войска Донского, из 5367 казаков было полностью потеряно 3 тыс., или 56% оборонявшихся; остальные оказались «все переранены», «увечные», неспособные к «промыслам и бою». Если считают, что в 1638 г. донцов-воинов насчитывалось около 10 тыс., а после 1641 г. 4 тыс., то, следовательно, за время Азовской эпопеи Войско Донское утратило 60% своего боевого состава. Главнейшее участие в этой эпопее принимали низовые казаки, составлявшие основу донского флота, и их потери оказались, соответственно, очень большими, что затем не могло не сказаться на военно-морских действиях казачества[592].

Приток беглых людей на Дон не мог немедленно исправить положение, так как, во-первых, он стал многочисленным только с конца 1650-х гг., а во-вторых, это была вовсе не адекватная замена. Пришлые не имели никакого морского опыта, и теперь, с сокращением выходов казачьего флота за пределы Азовского моря, приобрести новые навыки стало для новоявленных казаков затруднительно.

Воспользовавшись резким ослаблением Войска, Турция попыталась выбить казаков с Нижнего Дона, служившего исходным пунктом морских набегов. В 1643 г. «Главное войско», «сбитое с куреней» на Монастырском острове, было вынуждено отступить в Раздоры, и при этом, как отмечает П.П. Сахаров, «пал цвет старожилого казачества». В 1644 г. казакам удалось вернуться на Нижний Дон, восстановив «Главное войско» в Черкасске, но все это делалось на пределе сил, которые далее продолжали заметно истощаться в боях второй половины 1640-х гг.

Ослабевшее Войско Донское оказалось вынужденным обращаться за непосредственной военной помощью к Московскому государству, которое в 1646 и 1648 гг. впервые посылало на Дон свои воинские подразделения. С этого времени началось «все прогрессирующее подчинение» Войска царскому правительству. А оно, видя своего главного противника на западе в лице Польши, как и в предшествовавшие десятилетия, не желало осложнений на юге и потому пыталось мешать осуществлению казачьих морских походов, тем более к Стамбулу.

Донцов подстерегала еще одна беда «естественного» свойства. Казачьи морские суда имели в своем основании так называемую струговую трубу — цельнодеревое днище в виде выдолбленного ствола дерева, и уже к трубе с боков прибивались ошивины. От размера трубы зависели длина судна и другие главные размерения. Для черноморских походов требовались большие струги и, соответственно, огромные, редко встречавшиеся, вековые деревья, которых к середине XVII в. на землях собственно Дона уже не находили. В поисках подходящих деревьев казакам приходилось ездить на Северский Донец и покупать трубы у русских торговых людей.

Войску Донскому пришлось просить трубы у Москвы. Хотя Ю.П. Тушин утверждает, что они нередко включались в царское жалованье казакам, в действительности московское правительство присылало трубы на Дон лишь три раза — 25 штук в 1673 г. и по 10 в 1692 и 1693 гг., т.е. во всех случаях уже после завершения Босфорской войны. Строительство казачьих больших морских стругов постепенно сокращалось, что наносило ощутимый ущерб донскому мореходству.

Это было тем более печально для казаков, что с 1640-х гг. они наблюдали усиление османского флота и на протяжении второй половины XVII в. не имели возможности угнаться за Турцией в развитии технических средств военно-морских сил[593]. Как уже говорилось, историки по-разному оценивают тогдашнее состояние и силу османского флота, но для ослабевшего Войска Донского он стал гораздо более страшным врагом, чем раньше, и вместе с армией получил значительно большие возможности предотвратить широкомасштабные действия казаков против Анатолии.