В 1943 году Бояринова переводят в войска НКВД по охране тыла. Теперь он — пограничник, начальник резервной заставы. На его счету поиск и ликвидация фашистских агентов и диверсионно-разведывательных групп, рейды в тыл противника с целью захвата и обезвреживания наиболее опасных диверсантов и предателей. Здесь потребовалось не только воинское мастерство, но и умение быстро устанавливать контакты с местным населением, приобретать из его числа надежных помощников. Иначе говоря, постигать азы чекистской науки.

В начале 1944 года началось формирование пограничных частей вновь создаваемого Северо-Западного пограничного округа. В это время в семье Бояриновых появился первенец — сын Игорь. Глава семейства служил теперь командиром заставы на полуострове Порккала в Финляндии, где была создана советская военная база, а затем начальником штаба 106-го (Таллинского) пограничного полка. Главной его задачей была охрана морского участка государственной границы от прорыва «лесных братьев» из Эстонии в Финляндию. Подобные случаи участились, когда Финский залив замерз. При этом нарушители использовали специальные сани (подкури), позволяющие очень быстро передвигаться по льду. Однажды в холодный зимний день капитан Бояринов вышел с контрольными функциями в наряд с молодым бойцом. Передвигаясь на лыжах, они внезапно увидели на снегу следы, ведущие в сторону залива. Григорий Иванович отправил солдата на погранзаставу, а сам бросился преследовать нарушителей, сбросив полушубок. Вскоре с заставы прилетел легкомоторный самолет, который обнаружил вооруженных людей и приземлился рядом с Бояриновым на лед. Тот, не раздумывая, взобрался на крыло и прицепился к кабине ремнем. Через несколько минут летчик снова посадил самолет на лед с некоторым опережением на пути следования нарушителей и улетел докладывать обстановку. Григорий Иванович дождался их в торосах, выскочил вперед и громко скомандовал: «Стой! Бросай оружие!» Сработал эффект неожиданности, и нарушители, побросав оружие, подняли руки. Он вынул затворы, а оружие вернул — сняв при этом с одного из нарушителей полушубок, а с другого — валенки. Когда подоспела помощь на аэросанях, Григорий Иванович конвоировал группу по направлению к берегу. Этот случай вошел в историю советских погранвойск как первый пример взаимодействия пограничного наряда и авиации при задержании нарушителей.

В 1953 году Григорий Иванович оканчивает Институт МГБ, где он был старостой группы и учился вместе со многими ставшими затем известными чекистами, среди которых майор Владимир Николаевич Андрианов, впоследствии генерал-майор, заместитель начальника Управления кадров КГБ СССР, один из инициаторов создания КУОС. Окончив институт с отличием, Григорий Иванович был оставлен в нем преподавателем. Илья Григорьевич Старинов предложил ему тему диссертации по тактике партизанских действий в современной войне, и с сентября 1956 года Григорий Иванович — адъюнкт Военной академии им. М.В. Фрунзе. Ему только 34 года, а он уже полковник.

Диссертационный совет по достоинству оценил научный труд Григория Ивановича и единодушно проголосовал за присуждение ему ученой степени кандидата военных наук. Газета «Фрунзевец» 14 ноября 1959 года писала: «Работа полковника Бояринова — это результат глубокого исследования, базирующегося на большом историческом и документальном материале, личном опыте диссертанта. В нем обобщается многосторонний опыт героической борьбы партизанских формирований в тылах немецко-фашистских захватчиков в период Великой Отечественной войны. Особый интерес и целостность работы заключается в том, что это первый труд в области научного анализа методов формирования партизанских отрядов, принципов их организации, решаемых ими задач, методов их выполнения, средств, использующихся ими при ведении разведывательно-диверсионных и боевых действий, методов организации взаимодействия с регулярными войсками».

В 1961 году полковник Бояринов становится преподавателем Высшей Краснознамённой школы КГБ СССР имени Ф.Э. Дзержинского — ныне Академия ФСБ. Как вспоминает Андрей, родившийся в 1956 году, «в это время мы жили на углу Автозаводской и Велозаводской в кэгэбэшном доме с одним длинным коридором, кухня и туалет — общие, вода холодная и только в туалете. Поэтому каждую неделю мы с папой ходили в Автозаводские бани. В нашей комнате помимо родителей жили еще бабушка и мы с братом — спали мы за тоненькой перегородкой. Каждое утро мы вместе с папой шли пешком до станции метро “Автозаводская”, выходили на “Маяковской”, где он отводил меня в детский сад КГБ на углу улицы Горького (ныне Тверская) и Фучика, а сам шел пешком до здания Высшей школы КГБ на Ленинградке. Мама работала врачом в 101-й разведшколе, а после выхода в отставку — сначала районным терапевтом, а потом заместителем заведующего райздравотделом Пролетарского района. И именно маме райздравотдел выделил в 1966 году отдельную квартиру на Симоновском валу, где мы жили до 1978 года. В 1969 году папа стал начальником КУОС в Балашихе. Он вставал в 5 утра и шел пешком 5 км до платформы “Серп и молот”, куда приезжал автобус. А обратно из Балашихи его привозил “газик”. И так до 1978 года — таковы были будни начальника сверхсекретного объекта самого крутого спецназа в мире. Ходил он всегда в форме — сначала лётной, потом ВДВ. И в доме, поскольку он приезжал на “газике”, все знали, что здесь живет крутой полковник. И нужно сказать, что положение КУОС в иерархии КГБ было особым. Начать с того, что созданы они были постановлением Совмина. В принципе выпускники КУОС — это наследники 4-го Управления НКВД Судоплатова, и Павел Анатольевич, освободившись в 1968 году из Владимирского централа, принимал участие в создании КУОС, бывал на встречах с преподавателями и слушателями. Григория Ивановича тоже знали все, кто поступал в Высшую школу КГБ. Потому что первое, с чего начиналась учеба — это сборы на базе “объекта” в Балашихе. Но только считаным единицам было известно, что под “объект” законспирированы курсы спецназа внешней разведки — ПГУ КГБ СССР и что в случае войны на базе “объекта” будет развернута бригада особого назначения — аналог ОМСБОН. Отец и Старинова привлек к работе, и Ботяна. Человек дышал всем этим. Огромную роль занимала физическая подготовка. Меня он с 6 лет приучал к лыжам. Зимой через воскресенье мы садились на трамвай и ехали в Зюзино. Естественно, что перед этим мы, по всем правилам, с лампой и мастикой готовили лыжи. На лыжне он ставил меня вперед, а когда я начинал уставать, то обгонял, чтобы я тянулся за ним. Когда я совсем отставал, уже где-то в районе Ясенево, он останавливался, доставал рюкзачок с чаем и сальцем. А когда на обратном пути я снова уставал, папа вынимал веревку и брал меня на буксир. Запомнилась также поездка в Вышний Волочек, где отец воевал в подразделении Судоплатова. Приехали мы туда вместе с мамой, разбили палатку.