Советские подводные лодки тем временем атаковали преимущественно немецкие коммуникации, ведущие в Курляндию. Здесь немецкие боевые корабли и вспомогательные суда активно помогали немецким войскам, которые остались в окружении в тылу наступавшей Красной армии, но все еще оказывали сопротивление. Некоторые большие советские подлодки действовали в одиночку в районе между Риксгефтом и Борнхольмом. Немцам пока везло: советская авиация к началу эвакуации была занята поддержкой сухопутных операций и не имела возможности атаковать крупные транспорты с беженцами.

В то время как на «Вильгельме Густлофе» и на других кораблях шли приготовления к выходу в море по различным маршрутам, офицеры охранной дивизии, базировавшейся в Готенхафене и Данциге, прекрасно понимали, каким опасностям подвергаются корабли во время рейсов вдоль побережья Померании. Минная угроза ограничивала выбор маршрута, а активная противолодочная оборона была почти невозможна, так как конвои до второй половины января не имели эффективных противолодочных кораблей с современным оборудованием. Лишь после его получения две флотилии противолодочных кораблей отправились в данный район.

В таких условиях офицеры ВМС в своих штабах, расположенных вдоль побережья и укрытых мешками с песком, разрабатывали планы эвакуации на запад всего имеющегося флота. «Эта задача свалилась на нас как снег на голову и оказалась сложнее, чем мы думали», — рассказывал Хуго Гейдель, отвечавший в Свинемюнде за охрану конвоев в том самом секторе, где наиболее активно действовали русские подлодки и была велика минная опасность. В этой отчаянной ситуации ему и другим командирам удалось организовать ряд блестящих операций.

Сложности окружали со всех сторон. ВМС вынуждены были действовать на большом удалении от своей основной базы в Киле. Из-за дефицита боевых кораблей использовались все средства, имевшиеся в наличии, — все, что могло плавать и ездить по суше. Быстро иссякал запас топлива. А русские перерезали немецкие опорные пункты. Адмирал фон Бланк вынужден был перевести штаб своей 9-й дивизии из Либау обратно в Пиллау.

В конце концов, положение стало настолько угрожающим, что контр-адмиралу Энгельгардту, отвечавшему за переброску морем частей вермахта, пришлось предоставить для эвакуации дополнительно четырнадцать теплоходов водоизмещением от 9554 тонн («Убена») до 27 571 бруттотонн («Кап Арконой»). Кроме того, лицам, ответственным за эвакуацию, дополнительно были выделены двадцать три грузовых судна, каждое водоизмещением свыше 5000 тонн и большое количество малых кораблей.

План эвакуации удалось реализовать исключительно благодаря предусмотрительности адмирала Энгельгардта. Еще осенью 1944 года ему стало ясно, что недалек тот день, когда начнется эвакуация войск и беженцев морским путем, и уже тогда он выбрал корабли для этой цели. Дёниц, позиция которого в данном вопросе пока оставалась двоякой, предоставил ему свободу действий. Энгельгардт воспользовался своим авторитетом флотского адмирала, чтобы отвести упреки партийных чиновников, опасавшихся обвинений в пораженчестве, если они начнут заниматься планами эвакуации. Удалось договориться и с владельцами судов: они не желали отдавать свои корабли до тех пор, пока не решится вопрос о возмещении возможного ущерба, который мог быть нанесен в результате перевозки солдат и беженцев.

В то время как на высшем уровне началась подготовка к эвакуации, а верфи получили приказ переоборудовать определенные корабли, у отдельных партийных функционеров эта операция встретила сопротивление. Например, гауляйтер Кох отдал распоряжение своим людям регулярно выискивать на верфях и в доках хороших специалистов для удовлетворения своих личных интересов. Многие рабочие, выполнявшие важные заказы, под угрозой наказания были переключены на другую работу.

Кроме того, программа реорганизации кораблестроения сильно устарела. Ресурсы Великой Германии в течение многих лет направлялись исключительно на производство подводных лодок, тогда как строительство торговых судов было заморожено.

В этой ситуации все зависело от усилий морских офицеров, которые занимались погрузкой кораблей и координировали действия флотских служб.

Несомненно, успех всей операции стал возможен также благодаря капитану 2-го ранга Бартельсу, 55-летнему морскому офицеру, на которого были возложены не самые приятные обязанности — подготовка торговых кораблей и формирование экипажей для перевозки беженцев. Он должен был не только найти необходимые корабли, но и контролировать погрузку на борт голодных и полузамерзших людей, ожидавших эвакуации в маленьких портах между Готенхафеном и Пиллау. Его штаб находился в старинном прибрежном отеле в Готенхафене, сильно пострадавшем во время войны, а сам он официально считался оперативным офицером адмирала Теодора Бурхарди, который командовал германскими ВМС в восточной части Балтийского моря.

Бартельс был опытным военным моряком. Карьеру в торговом флоте он начал в Первую мировую войну, на которую был призван совсем молодым человеком. После войны он проходил службу в морском тыловом ведомстве, а в тридцатых годах снова перешел на службу в ВМС. Во время Второй мировой войны он участвовал в операциях в Финском заливе, был свидетелем немецкой катастрофы под Ленинградом и утраты финских опорных пунктов на побережье. Когда немецкая армия начала отступать на запад, Бартельсу поручили эвакуировать войска и военную технику. Как человек, переживший отступление из Литвы и Эстонии и эвакуацию морем из Риги и Ревеля, он, пожалуй, лучше, чем кто-либо из офицеров ВМС, разбирался в вопросах снабжения и погрузки на корабли огромного количества людей. Некоторое время он отвечал за общее снабжение армии в Курляндии. Хотя он отличался педантичностью, к нему с одинаковым уважением относились и офицеры, и матросы. «Славный парень, человек, который никогда не плюнет другому в пиво», — такую оценку ему дал один из его старых друзей.

Бартельс по поручению адмирала Бурхарди прибыл в Данциг. Комендант порта, не справившись с проблемой беженцев, впал в истерику и занимался лишь бессмысленной болтовней. Бартельс знал, как можно рационально и эффективно решить этот вопрос, и поэтому перевел свой штаб в Готенхафен. Это решение было одобрено адмиралом Бурхарди и позднее утверждено Дёницем, который приказал ему оставаться в районе Данцигской бухты и организовать эвакуацию из Восточной и Западной Пруссии, «если этого потребует необходимость».

Дёниц велел своим подводникам начать эвакуацию, когда наступил тот самый «необходимый» момент. Для ее организации требовалась большая энергия и решительность. Бартельс идеально подходил для такой работы. Первым делом он отстранил от исполнения обязанностей малоинициативных офицеров и тех, кто не справлялся с возросшими нагрузками. Казалось, ему доставляло удовольствие преодолевать сопротивление и убирать с дороги людей, мешавших ему, будь они членами нацистской партии, судовладельцами или военными. Во время погрузки одного из кораблей, когда толпа ринулась на борт, он продрался сквозь нее и сам начал наводить порядок. В этот момент на пирс прибыло очередное войсковое подразделение. Он подошел к офицерам и заявил: «Я запрещаю вам подниматься на борт. Этот корабль предназначен для раненых и беженцев. Приказываю вам оставаться здесь и продолжать сражаться с врагом».