Царь Иван послал писцов в Новгородскую землю сразу после заключения перемирия с поляками. Писцы приступили к составлению новгородских писцовых книг в 1582 г., но смогли завершить перепись и утвердить книги в приказе лишь в 1584 г. при Федоре. Новгород был описан в первую очередь не только потому, что подвергся наибольшему разорению в ходе войны. Еще более важным обстоятельством было то, что в Новгороде государственная собственность образовала громадный цельный массив, составлявший ядро поместного фонда страны.

Основная перепись земель действительно была проведена при царе Федоре. Если новгородское описание носило традиционный характер, то последующее общее описание стало базой для режима «заповедных лет». За землевладельцами закреплялись те крестьяне, которые были за ними записаны в писцовых книгах.

Описание царя Федора длилось много лет. Нередко крупные уезды описывали по частям. Так, Московский уезд был описан в три приема. Были составлены писцовые книги по Пскову, Туле, Вязьме, Рязани, Костроме и др.

Однако в Ярославском, Суздальском, Шуйском и Ростовском уездах валовое описание вообще не было проведено. Этот факт дает ключ к объяснению загадки закрепощения. В названных уездах до конца XVI в. сохранилось значительное количество княжеских вотчин, а поместный фонд был ограниченным. Государство проявляло заботу прежде всего о поддержании фонда государственной земельной собственности. К концу века этот фонд пришел в упадок. Государство ввело крепостнические меры, чтобы предотвратить полное запустение поместного фонда.

Крепостнические меры не получили поддержки в среде городского населения и отмерли сами собой. Однако дворяне оценили выгоды «заповедного» режима и употребили все средства, чтобы превратить систему сугубо временных лет в постоянное узаконение.

Режим «заповедных лет» оказался недостаточно гибким. Он перестал соответствовать цели, ради которой был создан. Многие крестьяне, ушедшие из старых поместий в «заповедные лета», успели провести льготный срок у новых землевладельцев и превратились в исправных налогоплательщиков. Вторично срывать их с тяглого надела и переселять на прежнее место жительства значило нанести ущерб казне и государственной военно-служилой системе. Чем продолжительнее оказывались сроки «заповедных лет», тем менее способен был приказной аппарат распутать клубок помещичьих тяжб из-за крестьян. Власти нашли выход из положения, ограничив срок сыска беглых крестьян. В мае 1594 г. Поместный приказ прислал в Новгород грамоту с предписанием тамошним судьям «старее пяти лет суда и управы в крестьянском вывозе и во владенье челобитчиком не давати и им отказывати». Так в ходе длительной судебной практики была выработана новая юридическая норма, ограничившая срок подачи исков о крестьянах пятью «урочными годами».

Введение в Новгородской земле «урочных лет» в 1594 г. знаменовало решительный поворот в процессе закрепощения. В 1595 г. старцы Пантелеймоновского монастыря в Деревской пятине смогли сослаться на указ Федора, воспрещавший выход крестьянам и бобылям. Их слова отразили перелом в правосознании современников, связанный с многолетней практикой возвращения крестьян землевладельцам в рамках режима сначала «заповедных», а потом «урочных лет».

Чем значительнее историческое явление, тем больше вероятность того, что оно отразится в источниках. Предположение, будто указ об отмене Юрьева дня был потерян, кажется маловероятным.

Разыскиваемый 200 лет указ, по-видимому, никогда не был издан. Крепостной режим был введен в России в результате частных судебных распоряжений и решений. Понятно, что боярин князь Василий Шуйский и его братья не несли ответственности за частные распоряжения, тем более что в решающие годы — при утверждении режима «заповеди» — Шуйские оказались в опале.

На протяжении столетий описи земель в Московском государстве относились к разряду юридической документации, подтверждавшей права дворян на землю и регулировавшей налоговое обложение. Введение «заповедных» и «урочных лет» при царе Федоре изменило их значение. Писцовые книги превратились в средство прикрепления крестьян к земле. Крепостнический режим сформировался в Новгородской земле, а затем, по мере описания главнейших уездов государства, распространился на всю территорию страны. К 1593–1597 гг. власти завершили общее описание главнейших уездов государства, и лишь после этого возникла необходимость в издании общероссийского закона о крестьянах. В 1597 г. правительство издало указ, не содержавший формального пункта о запрещении крестьянских выходов, но предоставлявший всем помещикам право разыскивать бежавших от них крестьян и возвращать их в поместье со всем имуществом в течение пяти «урочных лет».

Издание закона 1597 г. означало, что система мер по упорядочению финансов окончательно переродилась в систему прикрепления к земле. Таким был механизм закрепощения многомиллионного русского крестьянства.

Василий Шуйский удачно провел розыск о событиях в Угличе, что немедленно сказалось на его карьере. Летом 1591 г. правитель направил его в Новгород Великий ввиду угрозы нападения шведов на новгородские земли. В следующем году князь Василий получил назначение главнокомандующего в рати, которая должна была отразить новые нападения шведов.

К 1596 г. братья Шуйские вновь числились старшими боярами думы, формально уступая одному Мстиславскому. Большой ратью, посланной против татар, командовали Мстиславский в большом полку, Василий Шуйский — в полку правой руки, Дмитрий Шуйский — в передовом полку.

Царь Федор умер в ночь с 6 на 7 января 1598 г. Древнюю корону — шапку Мономаха — надел на себя Борис Годунов, одержавший победу в борьбе за власть. Он не был узурпатором, так как его избрал на трон Земский собор.

Царь Федор Иванович не оставил после себя завещания. Неясно, помешал ли ему правитель или по своему умственному убожеству он и сам не настаивал на необходимости «совершить» духовную. В ходе избирательной борьбы возникли различные версии насчет его последней воли. Носились слухи, будто Федор назвал в качестве преемника Федора Романова, одного из своих братьев. Патриарх просил умирающего государя отдать «жезл царствия» Борису, но тот, «мало помолчав, рече: "Брат Федор"».

По сведениям, полученным литовской разведкой 5 февраля 1598 г., государь перед смертью сказал шурину: «Ты не можешь быть царем из-за своего низкого происхождения, разве только если тебя выберут по общему соглашению». После того он «указал на Федора Романовича, предполагая, что скорее изберут его». Как видно, царь Федор допускал возможность соборного избрания Годунова. Привыкнув во всем повиноваться правителю, умирающий заклинал Федора Никитича, чтобы тот держал Бориса подле себя и «без его совета ничего не делал, убеждая его, что Годунов умнее».

Официальная летопись, составленная при дворе Филарета, в миру Федора Романова, непременно упомянула бы об этом эпизоде, если бы таковой имел место. Однако летописец изложил эпизод иначе. Патриарх Иов спросил у царя Федора: «Кому сие царство и нас, сирых, приказываешь и свою царицу?» Монарх ответил ему: «…в сем моем царстве и в вас волен создавшей нас Бог».