Царь Борис основал новую династию, но растерял бывших союзников и друзей и оказался в полном одиночестве. Годуновы должны были всех остерегаться, всех подозревать, за всеми следить (С. Ф. Платонов). При вступлении на трон Борис поклялся быть ко всем милостивым. «Колдовские процессы», казалось бы, не влияли на его политику. Он не спешил с наказанием, но собирал улики на своих бояр с тем, чтобы держать их в полном послушании. В случае надобности можно было извлечь обвинения на свет Божий.

В деле боярина Шестунова такая необходимость возникла, когда Годуновы предали суду братьев Романовых. Царь забыл об обещании не делать «дурна» Шестунову и прислал на его двор пристава. Если бы престарелый боярин кончил жизнь в тюрьме или изгнании, Борису непременно приписали бы еще одно убийство.

Дело Романовых началось совершенно так же, как другие «колдовские процессы». Сын боярский Второй Бартенев, служивший в казначеях у Александра Романова, подал царю извет на своего боярина. Он сообщил, будто Романов хранит у себя в казне волшебные коренья и хочет «испортить» царскую семью. Подлинные документы о ссылке Романовых подтверждают, что они стали жертвами «колдовского процесса». В них процитирована речь пристава, обращенная к закованному в железо Романову: «Вы, злодеи-изменники, хотели царство достать ведовством и кореньем». Служилый немец Конрад Буссов также отметил, что опальных Романовых обвинили в намерении извести царскую семью.

26 октября 1600 г. польские послы как очевидцы наблюдали за нападением правительственных войск на двор Романовых. По царскому приказу особая боярская комиссия во главе с Михаилом Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила в казне Александра ведовские корешки. Найденные улики были доставлены на патриарший двор, где собрались Боярская дума и высшее духовенство. В их присутствии царь велел Салтыкову раскрыть принесенные мешки и «коренье из мешков выкласти на стол».

В Боярской думе у Романовых нашлось много противников. Во время разбора дела они «аки зверие пыхаху и кричаху». Будучи в ссылке, Федор Романов с горечью говорил: «Бояре-де мне великие недруги, искали-де голов наших, а ныне-де научили на нас говорити людей наших, а я-де сам видел то не одиножды». Романовы имели все основания жаловаться на знать, верховодившую в Боярской думе. Княжеская аристократия давно выражала недовольство чрезмерным возвышением Романовых и теперь помогла Борису избавиться от них.

Борис долго колебался, не зная, как поступить с Никитичами. Опальные оставались в столице в течение нескольких месяцев. Наконец их судьба решилась. Федора Романова постригли в монахи и заточили в отдаленный северный монастырь. Его младших братьев отправили в ссылку.

Александр, Михаил, Василий Романовы умерли в изгнании. Их смерть поспешили приписать царю. На самом деле удивительна была не гибель ссыльных, а то, что некоторые из них уцелели. Осужденных кормили скудной пищей и везли за тысячи верст в Сибирь или на берег Студеного моря. Везли по бездорожью, в тяжких цепях, в лютые морозы.

Царь подверг подлинному разгрому романовскую партию в думе. Зять Федора Никитича, боярин князь Борис Черкасский, попал в тюрьму на Белоозеро. Он давно болел и умер в тюрьме довольно скоро.

Через несколько месяцев после суда Борис распорядился смягчить режим заключения опальных, вернул из ссылки Ивана Романова и нарядил следствие по поводу жестокого обращения приставов с больным Василием Романовым.

Причины гонений на Романовых нетрудно установить. К осени 1600 г. здоровье Бориса резко ухудшилось. В городе по этому поводу поднялась большая тревога. Борис велел отнести себя на носилках из дворца в церковь, чтобы показать всем, что он еще жив.

Слухи о близкой кончине Годунова возродили обстановку династического кризиса. Романовы готовились возобновить борьбу за обладание короной, для чего собрали в столице своих вооруженных людей. Малолетний наследник Бориса имел мало шансов удержать на голове корону после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного царя оставалось единственное средство ее спасения. Он постарался избавиться от претендентов на трон и отдал приказ о штурме романовского подворья.

В 1602 г. в Литве появился человек, назвавшийся именем погибшего царевича Дмитрия. Два года спустя самозванец вторгся в Россию, положив начало гражданской войне.

В России объявили, что под именем Дмитрия скрывается беглый чернец Чудова монастыря Гришка Отрепьев. В юности он вел беспутную жизнь, бражничал, бегал от отца, потом стал служить в холопах у бояр Романовых и князей Черкасских. За «воровство» (так на Руси называли политические преступления) его едва не повесили. Тогда он от «смертные казни сбежал, постригся в дальних монастырех, а назвали его в чернецах Григорием».

Отрепьев поступил на службу к Романовым совсем молодым человеком. Суд над Федором Никитичем с братьями положил конец его мирской карьере. Приняв постриг, чернец Григорий Отрепьев укрылся в провинции. Однако вскоре юноша вернулся в Москву и определился в кремлевский Чудов монастырь.

Потерпев катастрофу на службе у знатных бояр, инок Григорий преуспел на службе у патриарха Иова. Юному честолюбцу помогло выдвинуться не благочестие, а необыкновенная восприимчивость натуры. В течение месяца Григорий усваивал то, на что другие тратили жизнь.

Страшный голод побудил Отрепьева покинуть столицу. Вместе с двумя монахами — Варлаамом и Мисаилом — он перебрался в Северскую Украину, а оттуда в Литву. Находясь в имении Адама Вишневецкого, Григорий рассказал ему наивную сказку о своем чудесном спасении. «Признания» царевича доказывают, что он явился в Литву, не имея обдуманной и правдоподобной легенды, а значит, бояре Романовы непосредственного участия в подготовке самозванца не принимали.

Описывая свои литовские скитания, «царевич» в 1603 г. упомянул о пунктах, которые назвал также и его спутник Варлаам в своем «Извете» московским властям в 1606 г. Совпадение данных о странствиях Варлаама с Гришкой с показаниями самого «царевича» о скитаниях в Литве полностью изобличают его как самозванца. След реального Отрепьева теряется на пути от литовского кордона до Острога — Гощи — Брачина. И на том же самом пути в то же самое время обнаруживаются первые следы Лжедмитрия I. На этом строго очерченном отрезке пути и произошла метаморфоза — превращение бродячего монаха в «царевича».

По образному выражению В. О. Ключевского, Лжедмитрий «был только испечен в польской печке, а заквашен в Москве».

Царь Борис нимало не сомневался в том, что самозванца подготовили крамольные бояре. Однако Отрепьев добился успеха, когда за спиной у него не было могущественных покровителей: Романовы и Черкасские томились в ссылке.

По всей видимости, интрига родилась не на боярском подворье, а в стенах кремлевского Чудова монастыря, и у истоков ее стояли три монаха — Григорий, Мисаил и Варлаам.

Автор «Нового летописца» имел возможность беседовать с монахами Чудова монастыря, хорошо знавшими инока Григория Отрепьева. С их слов летописец записал: «Ото многих же чюдовских старцев слышав, яко [Григорий] в смехотворие глаголаше старцем, яко царь буду на Москве».