Генерал-лейтенант Николай Петрович Каманин сделал запись в своем дневнике (цитирую по книге «Скрытый космос: Книга третья», 1999):

«15 февраля [1967 года].

Был у Мишина. Более четырех часов разбирались с ходом испытаний корабля 7К-ОК и подготовкой экипажей к полету. Намой вопрос о сроках пуска Василий Павлович ответил: „По нашему мнению, запускать технологические корабли больше не нужно, будем готовить полеты „Союзов“ с космонавтами на борту. До полетов надо закончить все испытания и выполнить все доработки. Короче говоря, будет очень хорошо, если первый пилотируемый полет состоится до 12 апреля“. Договорились, что выезд на полигон должен состояться 20–25 марта. В связи с тем, что до выезда остается 26–51 рабочий день, я попросил Мишина в ближайшие два-три дня выдать нам всю полетную документацию (задания, программы, инструкции) и полностью закончить оборудование ТБК-60, самолета Ту-104 и учебного космического корабля. ‹…›

Как ни печально, но меня всё чаще тревожит мысль: мы неотвратимо приближаемся к новым тяжелым происшествиям. Для завершения подготовки космонавтов требуется минимум 40 дней, при отличной и очень напряженной работе подготовку можно закончить в 32–35 дней…»

К тому времени были окончательно сформированы два экипажа для выполнения первого полета на «Союзах». Основной экипаж: Владимир Комаров, Валерий Быковский, Евгений Хрунов, Алексей Елисеев. Дублирующий экипаж: Юрий Гагарин, Андриян Николаев, Виктор Горбатко, Валерий Кубасов.

В феврале-марте 1967 года два экипажа прошли интенсивную подготовку. Владимир Комаров и Юрий Гагарин осваивали навыки сближения и стыковки кораблей на специальном тренажере «Волга», а члены экипажей отрабатывали свои действия по переходу из корабля в корабль в термобарокамере ТБК-60 и на борту самолета «Ту-104», способного имитировать кратковременную невесомость. 14–15 марта первый экипаж одолел тридцатичасовую комплексную тренировку, а 17–18 марта то же самое проделал и второй экипаж.

16 марта, в перерыве между тренировками, инженер-полковник Владимир Михайлович Комаров, который был безусловным лидером программы «Союз», отпраздновал свой сорокалетний юбилей. Некоторые отговаривали его от этого шага: есть поверье, что сорок лет отмечать нельзя – быть беде.

25 марта состоялось заседание Военно-промышленной комиссии Совета министров, на котором обсуждалась готовность кораблей и экипажей. Общий вывод был таков: техника и космонавты могут быть готовы к осуществлению группового полета «Союзов» со стыковкой в период с 20 по 28 апреля. По первенству экипажей решение не принималось, но все молча согласились, что первым будет экипаж Комарова. После заседания остался узкий круг высокопоставленных членов комиссии, и Николаю Петровичу Каманину сообщили под большим секретом, что в правительстве высказываются против возвращения Юрия Гагарина в космонавтику. Позднее Каманин запишет в своем дневнике (27 марта 1967 года): «Я сказал, что рано Гагарина превращать в музейный экспонат, – если мы отнимем у Гагарина перспективу дальнейших полетов в космос, мы погубим его. Сейчас мы держим Гагарина на режиме (меньше встреч, приемов и выпивок и больше спорта, занятий техникой и полетов) и этим сохраняем его здоровье и работоспособность. Запретить космические полеты, полеты на самолетах, парашютные прыжки… так можно дойти до запрета заниматься спортом, автомобилем и даже ходьбой (умирают и на ходу)». Выслушав взволнованную тираду в защиту интересов Юрия Гагарина, члены комиссии были вынуждены согласиться с аргументами генерал-лейтенанта.

30 марта оба экипажа сдали теоретические экзамены на отлично, а 8 апреля прибыли в Тюратам. В течение двух недель космонавты участвовали в предстартовой подготовке: обживали «Союз», меняли индивидуальные ложементы, подгоняли шлемофоны, надевали и снимали скафандры. 20 апреля состоялось заседание Госкомиссии, на котором были утверждены экипажи: основной – экипаж Владимира Комарова, дублирующий – экипаж Юрия Гагарина.

23 апреля 1967 года в 3:35 по московскому времени стартовал пилотируемый корабль «Союз-1» («7К-ОК(А)» № 4) с Владимиром Комаровым (позывной «Рубин») на борту. 24 апреля с восстановленной 31-й площадки должен был состояться запуск корабля «Союз-2» («7К-ОК(П)» № 5). Однако сразу после выведения «Союза-1» на орбиту начались проблемы. Не раскрылась левая панель солнечных батарей. Не работала солнечно-звездная ориентация, поэтому не прошла автоматическая закрутка корабля, что, в свою очередь, привело к разрядке аккумуляторов. Владимир Комаров несколько раз пытался выполнить закрутку вручную, но безуспешно. Госкомиссия, проанализировав ситуацию, приняла решение отменить запуск «Союза-2» и посадить «Союз-1» досрочно. На шестнадцатом витке космонавту были переданы все инструкции, и он начал готовиться к спуску, однако не сработала система ионной ориентации, двигатель не включился, и посадка сорвалась. Лишь на девятнадцатом витке Комаров сумел свести корабль с орбиты.

После разделения отсеков и торможения спускаемого аппарата в высших слоях атмосферы отстрелилась крышка люка контейнера основного парашюта, тормозной парашют раскрылся, но вытянуть большой купол из контейнера не смог. Согласно логике работы в действие был введен запасной парашют, но и он не раскрылся, попав в аэродинамическую «тень» тормозного парашюта. В результате спускаемый аппарат со скоростью 50 м/с врезался в землю, разбился и загорелся от перекиси водорода из лопнувших баков. Летчик-космонавт Владимир Михайлович Комаров погиб.

Правительственная комиссия, расследовавшая катастрофу, пришла к выводу, что причиной невыхода основного парашюта явилось «зажатие» его стенками контейнера. То, что подобное не произошло во время испытаний, объяснили «вероятностным фактором». Однако после завершения работы комиссии появилась еще одна версия случившегося: спускаемые аппараты кораблей № 4 и 5, в отличие от предыдущих беспилотных, ставились в автоклав для полимеризации теплозащиты вместе с парашютными контейнерами, но, как оказалось, они не были закрыты штатными крышками – вследствие этого стенки контейнеров могли покрыться налетом смол, который резко повысил коэффициент трения. Чтобы проверить версию, на заводе был проведен эксперимент: спускаемый аппарат незапущенного корабля «Союз-2» подвесили за тормозной парашют и стали медленно поднимать, замеряя усилие, при котором произойдет выход основного парашюта, – каково же было изумление инженеров, когда они увидели, что аппарат массой примерно 2,8 тонны болтается на тормозном парашюте, как на веревке, а основной парашют из контейнера вообще не вышел. Тогда стало ясно, что в апреле 1967 года могла произойти еще более страшная катастрофа: если бы стартовал и «Союз-2», погибли бы четверо космонавтов.

Для Гагарина внезапная смерть товарища была страшным моральным ударом. Хуже того, Юрий Алексеевич прекрасно понимал, что теперь его вряд ли пустят в космос. Действительно – из состава новых экипажей, сформированных для полетов на «Союзах», первого космонавта исключили.

Николай Петрович Каманин посоветовал Гагарину сосредоточиться на учебе в академии, пока не пройдет всеобщий шок и не улягутся страсти. Юрий Алексеевич так и поступил.

О том, что члены отряда космонавтов решили получить высшее образование, стало известно почти сразу по факту их зачисления в вуз. Собственно, об этом публично сообщил сам Юрий Алексеевич Гагарин в своем небольшом очерке «Готовы к новым космическим полетам» (журнал «Авиация и космонавтика», 1962, № 4): «Неотложная нужда в знаниях привела меня и Г. Титова в аудитории Военно-воздушной инженерной академии имени проф. Н. Е. Жуковского. Для предстоящих полетов, кроме отличного здоровья, необходимы глубокие летные и инженерные знания. Космонавт должен быть и пилотом, и штурманом, и инженером, и исследователем».