По окончании сезона «Юнайтед» побил британский трансферный рекорд, купив у «Лидса» за 29 миллионов 100 тысяч фунтов 24-летнего защитника Рио Фердинанда. Он стал самым дорогим защитником в мире.

В сезоне 2002/2003 «Манчестер Юнайтед» вернул себе чемпионский титул, опередив на 5 очков прошлогоднего победителя, лондонский «Арсенал», хотя в начале марта «канониры» возглавляли турнирную таблицу с восьмиочковым отрывом. Чемпионы одержали наибольшее количество побед (25) и потерпели наименьшее количество поражений (5). По результативности «красных дьяволов», забивших 74 гола, опередил «Арсенал» (85), но по надежности обороны собственных ворот футболистам «Юнайтед» рвных не было – всего 34 пропущенных мяча.

В этом сезоне «Манчестер Юнайтед» провёл самую длинную беспроигрышную серию в лиге, которая составила 18 матчей. Она началась 22.12.2002 со встречи с «Блэкберном» и продлилась до конца сезона. В последних 11 матчах чемпионата «Юнайтед» одержал 10 побед и сыграл 1 матч вничью (включая победу над «Ливерпулем» со счётом 4:0 и разгром «Ньюкасла» со счётом 6:2).

Лучшим бомбардиром Премьер-лиги стал Руд ван Нистелрой, забивший 25 голов в 38 матчах чемпионата (всего в 52 официальных играх голландец провел 44 мяча). Он также повторил свой рекорд прошлого сезона, забив восемь голов в восьми стартовых матчах подряд.

В составе чемпионов играли: Уле Гуннар Сульшер (37/9), Райан Гиггз (36/8), Руд ван Нистелрой (34/25), Микаэль Сильвестр (34/1), Пол Скоулз (33/14), Джо О’Ши (32), Дэвид Бекхэм (31/6), Фабьен Бартез (30), Рио Фердинанд (28), Гари Невилл (26), Фил Невилл (25/1), Диего Форлан (25/6), Хуан Себастьян Верон (25/2), Уэс Браун (22), Рой Кин (21), Лоран Блан (19), Ники Батт (18), Рой Кэрролл (10), Квинтон Форчун (9), Киран Ричардсон (2), Дэвид Мэй (1), Люк Чадуик (1), Майкл Стюарт (1), Рикардо (1), Дэнни Пью (1), Ли Роуч (1).

В розыгрыше Кубка Футбольной лиги «Юнайтед» дошел до финала, где 02.03.2003 проиграл «Ливерпулю» со счетом 0:2. Из Кубка Англии «МЮ» выбыл в третьем раунде, уступив «Арсеналу» (0:2). В Лиге чемпионов «Юнайтед» добрался до четвертьфинала, где проиграл мадридскому «Реалу» (1:3, 4:3). В этом еврокубковом турнире свои первые матчи в составе «МЮ» провел воспитанник молодежной академии клуба Даррен Барр Флетчер (322, 24,2002–2014).

Сезон 2002/2003 стал последним в составе «красных дьяволов» для любимца всей Англии, легендарного Дэвида Бекхэма, который в июле 2003 года перешел в мадридский «Реал» за 17,25 миллионов фунтов. В «МЮ» Бекхэм дебютировал в 1992 году в возрасте 17 лет, после чего выиграл со своим клубом шесть чемпионских титулов, два Кубка Англии и Лигу чемпионов. В активе игравшего на правом фланге полузащиты Дэвида Бекхэма – одного из самых популярных футболистов в мире, непревзойденного мастера исполнения стандартов и забивания изящных голов, 394 официальных матчей за «Юнайтед» и 85 забитых голов.

Покинули команду также Хуан Себастьян Верон (82/11, 2001–2003), которого за 15 миллионов купил «Челси», и вернувшийся во Францию Фабьен Бартез (139, 2000–2003). А пришли в коллектив чемпион мира в составе сборной Бразилии Клеберсон (сумма трансфера 5,93 миллиона фунтов), голкипер сборной США Тимоти («Тим») Мэттью Ховард (2, 3 миллиона) и талантливый вингер лиссабонского «Спортинга» Криштиану Роналду, за которого заплатили 12,24 миллионов фунтов. Роналду стал первым португальским игроком в истории «Манчестер Юнайтед». По настоянию Алекса Фергюсона Роналду стал играть под номером «7», который ранее принадлежал таким легендарным игрокам «Юнайтед», как Джордж Бест, Брайан Робсон, Эрик Кантона и Дэвид Бекхэм. В зимнее трансферное окно в команду пришел французский нападающий Луи Саа, за которого «Фулхэм» получил 12,82 миллионов фунтов.

Сезоне 2003/2004 «Манчестер Юнайтед» начал с победы в Суперкубке Англии, переиграв 10.08.2003 «Арсенал». Счёт в матче на 15-й минуте открыл Микаэль Сильвестр, а пять минут спустя Тьерри Анри его сравнял. Основное время матча завершилось со счётом 1:1, а в серии послематчевых пенальти победу одержал «Манчестер Юнайтед» со счётом 4:3.

За победителей играли: Тим Ховард, Фил Невилл (Диего Форлан), Рио Фердинанд, Рой Кин (капитан), Микаэль Сильвестр, Уле Гуннар Сульшер, Ники Батт (Эрик Джемба-Джемба), Квинтон Форчун (Джон О’Ши), Райан Гиггз, Пол Скоулз, Руд ван Нистелрой.

В чемпионате Англии «Юнайтед» стал только третьим, уступив чемпионство «Арсеналу», который в турнире не потерпел ни одного поражения. От чемпионов «Юнайтед» отстал на 15 очков, а от занявшего второе место «Челси», который купил Роман Абрамович, – на 4 очка.

В розыгрыше Кубка Футбольной лиги «МЮ» вылетел после второго тура, проиграв со счетом 0:2 «Вест Брому», а участие в Лиге чемпионов закончилось на стадии 1/8 финала, где красный уступили «Порту» (1:2, 1:1). При этом манкунианцы великолепно выступили в розыгрыше Кубка Англии, в 11-й раз (национальный рекорд) выиграв старейший в мире футбольный трофей.

По пути к финалу Кубка ФА «Юнайтед» победил клубы «Астон Вилла» (2:1), «Нортгемптон Таун» (3:0), «Манчестер Сити» (4:2), «Фулхэм» (2:1) и «Арсенал» (1:0). В решающем матче, который состоялся на стадионе «Миллениум» в Кардиффе («Уэмбли» всё ещё находился в процессе реконструкции), «красные дьяволы» встретились с клубом «Миллуолл» и одержали победу со счетом 3:0 благодаря голу Криштиану Роналду и «дублю» Руда ван Нистелроя.

Вот, кто выиграл для «МЮ» заветный кубковый трофей: Тим Ховард (Рой Кэрролл), Гари Невилл, Уэс Браун, Микаэль Сильвестр, Джон О’Ши, Криштиану Роналду (Ники Батт), Даррен Флетчер (Уле Гуннар Сульшер), Рой Кин (капитан), Райан Гиггз, Пол Скоулз, Руд ван Нистелрой.

Перед началом сезона 2004/2005 в клуб из «Эвертона» за 27 миллионов фунтов перешел английский нападающий Уэйн Руни, ставший самым дорогим тинейджером-футболистом, а из Пари Сен-Жермен приехал аргентинский защитник Габриэль Хайнце (сумма трансфера составила 6,9 миллионов). В «Лидсе» за 7 миллионов купили 23-летнего нападающего молодежной сборной Англии Алана Смита. Покинули Ники Батт (387/26, 1992–2004) и Диего Форлан (98/17, 2002–2004).

В чемпионате команда вновь заняла лишь третье место, во-многом из-за травмы Руда ван Нистелроя, пропустившего большую часть сезона. От чемпиона, которым стал «Челси», манкунианцы отстали на 18 очков, а от «Арсенала» – на 5 очков.

В клубных турнирах команда выступила неудачно, выбыв в полуфинале из Кубка Футбольной лиги («Челси» победил со счетом 2:1), в 1/8 финала – из Лиги чемпионов (два проигрыша «Милану» с одинаковым счетом 0:1) и проиграв в финале Кубка Англии «Арсеналу» в серии пенальти (0:0, пенальти 4:5). Проиграла команда «Арсеналу» и в матче за Суперкубок Англии (1:3). Очень удачный сезон провел Уэйн Руни, который стал лучшим бомбардиром клуба (17 голов в 43 матчах) и обладателем награды «Молодой игрок года по версии ПФА».

13.05.2005 американский бизнесмен Малкольм Глейзер получил контрольный пакет акций клуба стоимостью около 1,47 миллиардов долларов. 16 мая он увеличил свою долю до 75 %, необходимых для получения полного контроля над клубом. Это событие вызвало бурные протесты со стороны болельщиков.

В сезоне 2005/2006 «Манчестер Юнайтед» поднялся в турнирной таблице на 2-е место, отстав от чемпиона на 8 очков. В Кубке Англии команда дошла лишь до пятого раунда, но еще хуже сложились дела в еврокубках – «МЮ», впервые с сезона 1993/1994, не смог выйти в плей-офф Лиги чемпионов УЕФА. Реабилитироваться перед своими болельщиками «Юнайтед» смог в розыгрыше Кубка Футбольной лиги, в финальном матче которого 26.02.2006 со счетом 4:0 был переигран «Уиган Атлетик». Голы забили Луи Саа и Криштиану Роналду, а Уэйн Руни оформил «дубль».