Император Александр II, назначив графа Муравьева главным начальником шести северо-западных губерний, всегда утверждал предлагаемые им меры и выражал полное одобрение его системе управления. «Мне приятно объявить вам», пишет Государь Муравьеву в своем рескрипте от 3 августа 1863 г., «мою особую искреннюю признательность за вашу добрую и полезную службу Мне и России в нынешнее многотрудное время. Отдаю полную справедливость вашему самоотвержению и вашему (с. 57) умению вести дело, за которое вы взялись. Желаю вам здоровья и надеюсь, что Бог поможет вам скоро довершить умиротворение вверенного вам края». «Из письма вашего от 3 числа сего августа», пишет Государь в другом рескрипте от 9 ноября 1863 г., «я усматриваю, что дело умиротворения вверенного управлению вашему края быстро приближается к окончанию. Благодаря вашему верному взгляду, вашей распорядительности, настойчивости и неутомимой деятельности при исполнении предначертанного вами себе плана, это дело с самого вступления вашего на то трудное поприще, на которое вас призвало Мое к вам доверие, ни на одно мгновение не останавливалось на пути к цели и не уклонилось от этого пути». Выразив далее сожаление по поводу просьбы Муравьева об освобождении его вследствие расстроенного здоровья, от лежащих на нем обязанностей, Государь говорит: «Соболезную вам, но вместе с тем полагаюсь на самоотвержение ваше и на испытанную преданность Мне и России. Надеюсь, что эти чувства поддержат ваши силы и позволят вам, хотя бы еще на некоторое время, удержать за собою управление вверенным вам краем. Чем долее вы это будете признавать возможным, тем более принесете вы прочной пользы России и тем более приобретете право на Мою искреннюю и неизменную к вам признательность». Кроме того, Император Александр II 30 августа 1863 г., в день своего тезоименитства, пожаловал Муравьеву орден Андрея Первозванного, а 8 июля 1864 г., во время посещения Вильны, выразил ему особое благоволение. Подъехав на смотру к Пермскому пехотному полку, Государь стал перед ним, скомандовал «на караул» и, отдавая честь графу Муравьеву, поздравил его шефом этого полка. Наконец, 17 апреля 1865 г., при увольнении Муравьева от должности главного начальника Северо-Западнаго края, Государь возвел его в графское достоинство. При этом Михаил Николаевич Муравьев получил следующий милостивый рескрипт, который прекрасно характеризует его многотрудную и в высшей степени полезную деятельность в Северо-Западном крае: «Граф Михаил Николаевич! Я призвал вас к управлению северо-западными губерниями в то трудное время, когда вероломный мятеж, вспыхнувший в Царстве Польском, распространялся в их пределах и уже успел поколебать в них основные начала правительственного и гражданского порядка (с. 58). Несмотря на расстройство вашего здоровья, вследствие которого, незадолго пред тем, Я должен был снизойти на просьбу вашу об увольнении вас от одновременного управления министерством Государственных Имуществ, департаментом уделов и межевым корпусом, вы с примерным самоотвержением приняли на себя вверяемые Мною вам новые обязанности, и при исполнении их оправдали в полной мере Мои ожидания. Мятеж подавлен; сила правительственной власти восстановлена; общественное спокойствие водворено и обеспечено рядом мер, принятых с свойственными вам неутомимою деятельностию, распорядительностию, знание местных условий и непоколебимою твердостью. Вы обратили внимание на все отрасли управления во вверенном вам крае. Вы осуществили и упрочили предначертанное Мною преобразование быта крестьянского населения, в огромном большинстве верного своему долгу и ныне снова ознаменовавшего глубокое сознание древнего и неразрывного единства Западнаго края с Россией. Вы озаботились улучшением быта православного духовенства, восстановили в народной памяти вековые святыни православия, содействовали устройству и украшению православных храмов и, вместе с умножением числа народных училищ, положили начала преобразования их в духе православия и русской народности. Подвиги ваши вполне Мною оценены и приобрели вам то всеобщее сочувствие, которое столько раз и с разных сторон вам было засвидетельствовано. К крайнему Моему прискорбию, ваши непрерывные и усиленные занятия еще более расстроили здоровье ваше, и вы снова заявили Мне о невозможности долее исполнять лежащие на вас многотрудные обязанности. Снисходя к желанию вашему и с сожалением увольняя вас от занимаемых вами должностей и званий, кроме звания члена Государственного Совета, Я вместе с тем, в ознаменование Моей к вам признательности и в увековечение памяти о заслугах ваших пред Престолом и отечеством, указом, сего числа Правительствующему Сенату данным, возвел вас, с нисходящим потомством, в графское Российской империи достоинство».

У графа М. Н. Муравьева, как и у всех выдающихся государственных мужей, поставленных стечением обстоятельств в условия широкой деятельности, было немало врагов. Обвиняли его главным образом в том, что он был жесток и без всякой пощады расстреливал и вешал мятежников. Но справедливо ли это обвинение? На этот вопрос мы ответим словами известнаго писателя В. В. Комарова, сказанными им в прошлом (с. 59) году. Мнение этого почтенного деятеля особенно важно в виду того обстоятельства, что он во время польского восстания сам служил в Западном крае, был свидетелем и очевидцем происходивших там событий и, конечно, лучше других может разъяснить их, в особенности по истечении такого продолжительного времени, когда можно было совершенно спокойно все взвесить, обдумать и обсудить. «Теперь», говорит г. Комаров, «когда этот край, вследствие двухлетнего пребывания тут М. Н. Муравьева, уже 35 лет наслаждается спокойствием, мирно и спокойно живет и богатеет, трудно даже представить, что было в 1863 г. С началом 1863 г. на всем пространстве Западнаго края, от Варты и до Днепра, появились вооруженные банды мятежников. С чего они начали? Они начали с того, что вырезали несколько десятков безмятежно спавших русских солдат! Они продолжали невероятными по дерзости и нахальству предприятиями. Они бросились под Семятичами на спокойно стоявшее русское войско. Они думали, что могут взять крепость Динабург и готовились напасть на нее! Они появились в глубине Могилевской губернии и напали на Горки! При этом на всем пространстве края они водворили невыносимый террор, угрожая смертью и повешением русских и православных людей. По официальным, точно зарегистрированным данным, в 1863 году, истязав, замучили и повесили в одном Северо-Западном крае свыше 850 русских жителей и солдат! Что же было делать власти? Должна ли она обороняться? Что значит при таком состоянии края 200 или 300 казненных решениями военных судов мятежников, поднявших оружие против Государя и против русского народа? Или нельзя было расстрелять магната-графа, который забылся до того, что с вооруженною бандою шел в Динабург? Или нельзя было расстрелять ксендза фанатика, взятого во главе банды с оружием в руках? Или во имя правды можно было мятежникам истязать, жечь живыми на огне и потом вешать православных священников — мученников за русское дело и правду, а во имя той же правды нельзя казнить мятежного ксендза?»

«Дело не в том, что расстреливали и вешали, но в том, при каких обстоятельствах расстреливали и вешали. Как свидетель и очевидец этих событий, как сознательный деятель этого времени, скажу вам, что русская власть в 1863 г., в руках Михаила Николаевича Муравьева, была только на высоте своей задачи, это была власть строгая, но глубоко справедливая (с. 60); она не уронила себя жестокостью, она имела в виду одно благо, она дала жизнь, счастие и спокойствие миллионам русского народа и ни на одну минуту не переступала границ самообороны».