Получив реальную власть, император Канси старался учитывать интересы всех группировок: он приостановил преследования неплательщиков налогов, восстановил стабильную работу системы экзаменов на конфуцианскую ученую степень и ввел региональные и этнические квоты в госаппарате, а также на экзаменах на степень цзюйжэнь, открывавшую путь к получению чиновничьей должности. В 1679 г. по инициативе императора были проведены еще и специальные экзамены, в ходе которых предполагалось отобрать наиболее талантливых ученых из числа тех, кто не находился на государственной службе (во многом, из-за своих антиманьчжурских настроений), и привлечь их к участию в реализации государственных проектов. Ожидания, возлагавшиеся на эти экзамены, не вполне оправдались, однако такая мера положила начало сближению власти с ученым сословием.

Для предотвращения раскола среди чиновничьей и интеллектуальной элиты император во многом полагался на неофициальную систему управления. Им был создан так называемый «Южный кабинет» (Наньшуфан) — личный секретариат, действовавший параллельно и во многом взявший на себя функции Императорского секретариата (Нэйгэ). В «Южном кабинете», противопоставленном как официальному бюрократическому аппарату, так и маньчжурской аристократии, были собраны виднейшие китайские ученые, ставшие советниками и наставниками императора, а также знаменитые каллиграфы и живописцы того времени.

Вопросы дворцового управления, ранее входившие в ведение евнухов, теперь были переданы Управлению императорского двора (Нэйуфу), которое состояло в основном из потомков китайцев, перешедших на службу маньчжурам до начала завоевания Внутреннего Китая в 1644 г. и имевших статус лично зависимых слуг императора. Эти люди зачастую свободно владели как китайским, так и маньчжурским языком, и были преданы императору, что делало их надежными посредниками. Именно они осуществляли контроль над такими ключевыми (и доходными для дворцовой казны) отраслями, как соляные монополии, императорские текстильные мануфактуры в Сучжоу и Нанкине, фарфоровое производство в Цзиндэчжэне, взимание пошлин с внутренней и иностранной торговли и т. д. Первоначально именно на основе Управления императорского дворца была введена в практику система так называемых «конфиденциальных докладов», которые доставлялись лично императору в запечатанном виде, а после прочтения им отсылались обратно с его пометками и резолюцией. Такая система позволяла императору получать информацию о положении дел на местах и фракционной борьбе при дворе и позднее была распространена на «Южный кабинет» и провинциальную администрацию, а в правление следующего императора стала одной из основ государственного устройства. Император Канси также имел обыкновение назначать для разрешения кризисных ситуаций специальных уполномоченных — часто из чиновников низших рангов или даже членов императорской гвардии. Таким образом, была создана неофициальная система государственного управления, действовавшая параллельно бюрократическому аппарату, имевшая собственные информационные каналы и подчинявшаяся непосредственно императору.

Еще одной важнейшей проблемой для Китая того периода стало преодоление экономической депрессии второй половины XVII в., ставшей результатом опустошительных войн в период маньчжурского завоевания.

Серьезный удар по экономике страны нанес и мятеж трех «князей-данников» (саньфань) — китайского военачальника У Саньгуя и потомков военачальников Шан Кэси и Гэн Чжунмина, активно участвовавших в завоевании Китая на стороне маньчжуров, за что они и их семьи получили в управление огромные территории на юге и юго-западе Китая. Позднее они выступили против цинских властей. В 1681 г. мятеж был подавлен, однако к этому времени хозяйство центральных и восточных провинций пришло в упадок, западная провинция Сычуань в значительной степени обезлюдела и начала заселяться заново только в начале XVIII в. В целях блокады государства Чжэнов на Тайване все население прибрежной полосы юго-восточных провинций было отселено в глубь страны, что негативно сказалось не только на самих переселенцах, но и на состоянии внешней торговли. Благодаря этому Китай, не имевший с позднеминского времени значительного внутреннего источника серебра и импортировавший его из Юго-Восточной Азии, Филиппин и Японии, столкнулся с резким дисбалансом серебра и меди, являвшихся основой его двусоставной денежной системы. В этих условиях выплата значительной части налогов в серебре означала для большинства населения страны существенное падение уровня доходов и, как следствие, покупательной способности. Кроме того, большие объемы серебра изымались государством из оборота для покрытия военных расходов. Все это в конечном итоге и привело к депрессии в экономике.

Одной из важнейших мер по восстановлению хозяйства в период Канси стало приведение в порядок разрушенной системы ирригационных сооружений. Исполнение ключевых проектов в этой области контролировалось самим императором. Так, в период с 1684 по 1707 г. Канси совершил шесть инспекционных поездок в регион нижнего течения Янцзы, целью которых помимо установления контактов с китайской ученой элитой Янчжоу, Сучжоу и Нанкина стал надзор за ирригационными работами на Хуанхэ и Великом канале (центральной водной артерии между Южным и Северным Китаем, по которой к столице доставляли рис, полученный в качестве налоговых поступлений). Позитивное значение для восстановления внешней торговли, финансов государства и экономики юго-восточных провинций имело снятие запрета на проживание в прибрежной полосе после капитуляции тайваньских властей и присоединения острова в 1683 г.: многие жители провинции Фуцзянь смогли вернуться к прежним занятиям морскими промыслами и торговлей.

Другой серией экономических мероприятий стали налоговые послабления для беженцев, возвращавшихся на брошенные поля. Для облегчения последствий депрессии и голода в ряде областей страны было увеличено количество зерна, выдаваемого голодающим из государственных запасов. Важнейшей экономической реформой этого периода стал указ от 1712 г., зафиксировавший взимаемую подушную подать на уровне количества населения, учтенного переписью 1711 г. Эта мера имела двоякие последствия. Она несколько уменьшила налоговую нагрузку для части подданных, однако рост населения теперь в меньшей степени ограничивался экономическими факторами, что в долгосрочной перспективе стало одной из причин демографического взрыва (за XVIII в. население Китая увеличилось по одним подсчетам в два с половиной раза, а по другим — втрое), привело к нехватке земли в восточных и центральных регионах империи и в конечном итоге к ряду социальных конфликтов.

В целом к началу XVIII в. властям удалось создать условия для стабилизации экономической обстановки, восстановить систему сельского хозяйства и торговые связи между регионами, а также значительно пополнить казну. Впрочем, после 1710 г. содержимое казны вновь уменьшилось. Одной из причин этого стали растущие финансовые злоупотребления в государственном аппарате. Балансируя между различными политическими силами при дворе (маньчжурской аристократией, северной и южной группировками китайских ученых, неофициальными доверенными лицами), Канси предпочитал без особой на то необходимости не вмешиваться в деятельность чиновников, проявляя терпимость к умеренной коррупции. Несколько состоявшихся процессов над коррупционерами, однако, выявили весьма значительные масштабы таких злоупотреблений. Ряд высших сановников через подставных лиц и под вымышленными именами имели свои доли в наиболее доходных предприятиях и торговых операциях, давали деньги в рост, вымогали подношения у местных чиновников и даже использовали государственные средства в качестве инвестиционного капитала. Коррупция на местах во многом была обусловлена тем, что окружные и уездные чиновники получали достаточно символическое