2 июля 2003 года один из ближайших соратников Ходорковского, Платон Лебедев, был арестован российскими властями по обвинению в растрате в связи с приватизацией в 1994 году компании “Апатит”, производившей удобрения. Обвинение было неубедительным, поскольку приватизация оспаривалась в суде, и за год до этого спор был урегулирован. Арест ошеломил Ходорковского. Лебедев был директором “МЕНАТЕП-Груп” и одним из миллиардеров-акционеров ЮКОСа. В день ареста Лебедева рыночная капитализация ЮКОСа достигла 31 миллиарда долларов.

За арестом последовали новые рейды милиции на здания компании, были начаты расследования в отношении других основных партнеров Ходорковского. Схема использовалась та же, что и против Гусинского. Ходорковский, по-видимому, наткнулся на нечто важное, когда затронул вопрос о продаже нефтяной компании на февральской встрече с Путиным.

Ходорковский сказал, что развернутой против него кампанией руководила группа сотрудников спецслужб из окружения Путина, стремившихся изгнать его из России. Их мотивы оставались неясны, но было очевидно, что им не нравятся те, кто, как и Ходорковский, стали крупными победителями при построении нового капитализма в России. Бывшие сотрудники КГБ после развала Советского Союза и последовавшего за ним десятилетия хаоса и сумятицы оказались в числе проигравших. Им не удалось захватить имущество крупных компаний в годы правления Ельцина, и они завидовали олигархам.

Ходорковский, на протяжении многих лет служивший воплощением уверенности в себе, был выбит из колеи. Он поклялся, что не сбежит из России. Он размышлял об открытом противостоянии, но знал, что будет трудно. Ходорковский понимал, что у Путина имеются определенные убеждения, сформировавшиеся в годы службы в КГБ. Путин с презрением смотрел на наглых магнатов, в интервью газете “Нью-Йорк тайме” он выразил свое негодование: “У нас есть категория людей, ставших миллиардерами, так сказать, за один день... Государство назначило их миллиардерами. Оно раздало огромную собственность практически даром. Они сами говорили: “Меня назначили миллиардером”. Потом... они стали считать, что они — любимцы богов, что им все разрешено”.

Путин говорил о восстановлении власти государства. Он был нетерпим к любым проявлениям политического соперничества. Он добивался создания фракций в нижней палате парламента, которые механически утверждали бы решения Кремля. Он стремился ограничить полномочия избранных губернаторов, ослабил верхнюю палату парламента и к середине 2003 года ликвидировал все остававшиеся в России независимые национальные телевизионные каналы.

Как показал в те годы Ходорковский, олигархический капитализм в России эволюционировал. Перерождение делового стиля Ходорковского подняло очень важный для России вопрос: исправятся ли в конечном счете другие олигархи? Станут ли они больше напоминать американских магнатов, таких, как Карнеги и Рокфеллер? И какие силы могли бы вызвать подобные изменения?

Один ответ заключался в том, что олигархи, получая больший контроль над своими компаниями, начинали, исходя из собственных интересов, лучше управлять ими. В 1990-е годы они ожесточенно боролись за получение контрольного пакета акций; теперь, когда все принадлежало им, они больше дорожили этими компаниями. Другим признаком перемен в ЮКОСе и других компаниях стало то, что олигархи, получив контроль, начали приглашать хороших менеджеров, часто из-за границы. Они поняли, что чем лучше управляется компания, тем выше ее рыночная стоимость. Это позволяло надеяться, что через какое-то время другие тоже увидят преимущества, которые демонстрировал пример Ходорковского, и будут следовать ему.

Но атака на Ходорковского остановила процесс превращения олигархов в либеральных, просвещенных капиталистов. Когда Ходорковский сделал прозрачной всю бухгалтерию своих компаний и структуру собственности, крупные корпорации практически не последовали его примеру, и почти никто из бизнесменов не захотел защищать его публично. Открытость Ходорковского, казалось, привела к обратным результатам; другие испугались и считали более безопасными старые методы соблюдения тайны и использования принуждения.

Ожесточенные сражения между компаниями продолжались при Путине, как и при Ельцине. Новые олигархи в своем стремлении получить собственность пользовались теми же сомнительными методами: принуждением и уловками, которыми пользовались при Ельцине. Экономист Джоэл Хеллман назвал это непрекращающееся сражение за собственность “перманентным перераспределением”. Это означало, что пока магнат может получить собственность дешево, используя силу или взятки, пока государство остается слабым и не соблюдает принцип господства права, жестокая борьба за богатство и власть будет продолжаться.

25 октября 2003 года события приняли драматический поворот. Частный самолет Ходорковского приземлился в Новосибирске, где его встретили вооруженные омоновцы. Его арестовали, самолетом отправили в Москву и поместили в тюрьму по обвинению в мошенничестве и уклонении от налогов. “Я не жалею ни о чем из того, что я сделал”, — сказал он.

Арест стал для Ходорковского и его партнеров началом долгого кошмара. В 2005 году Ходорковский был осужден по обвинению в мошенничестве и уклонении от налогов, но, по мнению многих, обвинение и суд имели политическую мотивацию. По этим обвинениям его приговорили к девяти годам тюремного заключения (позже срок сократили до восьми лет).

В сентябре 2005 года его апелляция была отклонена. “Нет не то что моего участия, нет и самих этих преступлений”, — сказал Ходорковский в своем заявлении в суде. “Я признан виновным не судом, а кучкой бюрократов”.

Власти разорили ЮКОС непомерными налогами. Поскольку заплатить их он не мог, его ключевые активы были проданы государственным компаниям. ЮКОС был фактически уничтожен и ренационализирован.

Тысячный день пребывания Ходорковского в тюрьме пришелся на июль 20 о 6 года. В том же месяце принадлежащая государству нефтяная компания “Роснефть” провела первичное размещение акций на сумму более ю миллиардов долларов на открытом рынке — подобного Россия пока не знала. Акции “Роснефти” были оценены так высоко, потому что она приобрела контроль над самым прибыльным из активов ЮКОСа, “Юганскнефтегазом”. Разрушение ЮКОСа почти завершилось. Российские власти довели компанию до банкротства, лишили ее активов, пытаются отобрать активы, оставшиеся за границей, и в судебном порядке преследуют сотрудников компании.

Ходорковский, после того как прошлой весной на него напал с ножом один из заключенных, снова подвергся давлению со стороны государства. В начале года российская прокуратура наложила арест на недвижимое имущество и земельные участки лицея “Подмосковный”, школы для сирот и детей из неблагополучных семей, получавшей финансовую поддержку от Ходорковского. Кроме того, был наложен арест на счета его фонда “Открытая Россия”.

20 декабря 2006 года его перевели из тюрьмы в Краснокаменске Читинской области, где он отбывал наказание до сих пор, в Читу. На следующий день к нему присоединился Лебедев. В январе 2007 года генеральный прокурор Юрий Чайка заявил, что против них будут выдвинуты новые обвинения в отмывании денег и хищениях. По словам адвоката Ходорковского Юрия Шмидта, Ходорковский отказался отвечать на вопросы следователей по новому делу. Ходорковский сказал, что “в политическом фарсе участвовать не желает, поскольку не верит, что в сегодняшней России может получить правосудие”, — сообщил Шмидт корреспонденту газеты “Коммерсант”.