Орудия, доставленные из Ленинграда, было решено установить следующим образом: на канонерке «Нарва» – три 45-мм пушки, на «Эмбахе» и «Плюссе» – по две и на пароходе «Тарту» – одну. «Исса» стала настоящим флагманом флотилии, вооруженным двумя 76-мм и одной 45-мм пушками. Их командам выдали оружие времен Первой мировой войны, хранившееся в арсенале в Тарту.

Далее началась военная подготовка. Караваев вспоминал: «За неделю базирования в Гдове курсанты и красноармейцы, назначенные комендорами, сумели научиться стрелять из орудий по береговым и воздушным целям… Тренировки частенько прерывались воздушными налетами, и тогда начинались боевые стрельбы. Огонь по берегу отрабатывали на реальных целях».

Тем временем войска немецкой группы армий «Север» продолжали наступать и к середине июля уже продвигались по берегам Чудского озера. Незанятыми оставались лишь северный и северозападный берег. 17 июля флотилия отошла в исток реки Нарва, к поселку Васкнарва. Впрочем, где именно находится противник, никто не знал. По воспоминаниям Караваева, положение на фронте представлялось весьма туманно. Фактически моряки действовали по принципу «Увидел на берегу немца – пали!». Корабли обстреливали прибрежные дороги и деревни, хотя из-за малого количества стволов этот огонь был малозаметен. 17 и 18 июля канонерки и пароходы участвовали в эвакуации из района Гдова окруженных частей 118-й стрелковой дивизии.

19 июля кораблям пришлось отойти к эстонскому городку Муст-веэ, расположенному на северо-западном берегу озера. При этом из-за мелководья там к причалам смогли подойти только катера, все остальные же бросили якоря на рейде. 20 июля канонерские лодки «Нарва», «Эмбах» и «Исса» обстреливали прибрежное шоссе, на котором «наблюдалось оживленное движение автотранспорта противника». Проверить результаты стрельб не представлялось возможным. Другие корабли и катера в эти дни вели разведку побережья, занятого немцами, и доставляли оружие партизанам. Батальонный комиссар Караваев затем рассказывал: «Можно понять, как ценилась каждая возможность задержать продвижение противника хотя бы до того момента, пока к Луге и Кингисеппу будут выдвинуты наши войска, а на ближних подступах к Ленинграду не возведут оборонительные рубежи».

В это время Чудская военная флотилия фактически оказалась в тылу противника. Германское командование видимо обеспокоилось поступавшими от пехоты данными, что у берегов появляются какие-то уродливые корабли и палят по тыловым частям и обозам, мешают солдатам купаться. Поскольку создавать свою флотилию на озере немецкое командование не торопилось, то разделаться с русскими было поручено авиации.

Утром 22 июля над рейдом гавани Муствеэ появился самолет-разведчик, а чуть позднее три группы бомбардировщиков одна за другой атаковали корабли ЧВФ. Затем после 12.00 рейд бомбили и обстреливали шесть Bf-110F. В результате были потоплены две баржи с продовольствием, а все три канонерские лодки получили сильные повреждения. На «Иссе» и «Нарве» погибли все артиллерийские расчеты, а на «Эмбахе» полег весь комсостав. Еще на трех кораблях флотилии были убиты командиры и многие артиллеристы. По самолетам вели огонь из 45-мм пушек и винтовок, но эта пальба не причинила тем никакого вреда.

После завершения налетов командующий флотилией капитан 1-го ранга Н. Ю. Авраамов, не надеясь больше на свою слабую ПВО, приказал рассредоточить корабли в устьях речек, замаскировав их ветками и рыболовными сетями. В последующие дни налеты повторились. 23 июля были потоплены канонерская лодка «Нарва» и посыльное судно «Уку», на остальных были разбиты все палубные надстройки, повреждены рулевые устройства, борта пробиты десятками осколков. На «Иссе» после двух суток бомбардировок из 48 человек личного состава в строю остались всего семеро.

Продвижение германских войск и налеты авиации заставили командование флотилии принять решение о затоплении вспомогательных судов и плавсредств и отходе остатков основных сил из Муствеэ. Канонерки «Исса» и «Эмбах», а также плавбаза «Плюсса» на буксире перешли на 20 км к северо-западу к устью реки Ранна-Пунгерн. Кроме них, в составе флотилии еще оставались два буксира, баржа с бензином и несколько катеров.

Уже на новой стоянке суда были снова атакованы самолетами Люфтваффе, и «Плюсса» получила тяжелые повреждения. 1 августа все оставшиеся были затоплены своими командами на мелководье. С плавбазы «Плюсса» и канонерки «Исса» сняли пушки и передали их частям 8-й армии. На сем история ЧВФ могла бы и закончиться…

Однако через несколько дней советское армейское командование спохватилось, что несколько поспешило с затоплением кораблей флотилии. Морякам пришлось поднять с грунта и снова ввести в строй канонерскую лодку «Эмбах» и несколько катеров. На них снова поставили вооружение!

12 августа отряд в составе канонерки и четырех катеров выполнил новое задание, выйдя в Чудское озеро и высадив южнее Гдова 60 разведчиков. Они должны были установить связь с окруженными частями. При отходе от берега произошел бой между кораблями флотилии и немецкими дозорными катерами. По донесениям сторон, в ночном бою они взаимно «потопили» друг друга.

На самом деле утром 13 августа «эскадра» вернулась в устье реки Ала-Йиги, где «Эмбах» и прочие суда» вторично затопили, а корабельное имущество спрятали в дюнах. 76-мм орудия с крейсера «Аврора» закопали в песке. Из личного состава был организован береговой отряд, который 20 августа в составе 189 человек прибыл в Ленинград.

27 августа 1941 г. Чудская военная флотилия, от которой остались одни моряки, была официально расформирована приказом командующего МОЛИОР.

Любопытно, что затопленные суда затем снова плавали по Чудскому озеру, но, правда, уже под немецким флагом. В сентябре того же года немецкие саперы подняли канонерки «Исса» и «Нарва», а также плавбазу «Плюсса», которые после ремонта были соответственно переименованы в «Ванемуйне» («Vanemuine»), «Хайматланд» («Heimatland») и «Ильтамар» («Ilmatar»). Затем в октябре настала очередь канонерки «Эмбах», получившей название «Балтенланд» («Baltenland»).

Все четыре многострадальных судна затем 26 августа 1944 г. снова подверглись удару с воздуха и снова были потоплены, но теперь уже советской авиацией. После войны их уже в который раз подняли. Три бывшие канонерки сразу отправились на слом, а «Ильтамар», которому вернули прежнее название «Плюсса», передали Чудскому пароходству и переоборудовали в несамоходную баржу. Она прослужила до 1950 г., после чего тоже была сдана на слом.

С начала XVIII в. основной базой российского флота на Балтийском море был Кронштадт, что в переводе с немецкого означает «Коронный город», основанный в 1710 г. императором Петром I на мрачных и неприветливых берегах острова Котлин в восточной части Финского залива. Здесь были выстроены мощные форты, береговые батареи, склады, причалы и судоремонтные верфи. Массивный Морской собор на долгие годы стал символом города-крепости, сохранившимся затем и в разрушительные годы Советской власти.

Расположение Кронштадта оказалось очень удачным. С одной стороны, он стал надежным укрытием для кораблей, а с другой – позволял надежно прикрыть столицу Российской империи от вражеских десантов и обстрелов. За два с половиной столетия Кронштадт повидал многое, это были и успехи и поражения флота и процветание и запустение. История военно-морской базы тесно переплелась с событиями Первой мировой войны и двух революций 1917 г., а потом и Гражданской войны. Петровские бастионы повидали и торпедные атаки британских катеров, и германские бомбардировки, и Кронштадтский мятеж матросов. Именно здесь нашел свой конец флот царский, а потом зародился флот советский.