Сото и его разведывательная группа вернулись уже после смерти Атауальпы. «Он принес весть, что никого они не видели и ничего там не было». «Они не нашли ни воинов, ни вообще каких-либо людей с оружием, и все было спокойно… Поэтому, видя, что это была уловка, низкая ложь и явное вероломство, они вернулись в Кахамарку… Когда они пришли к губернатору, они нашли его пребывающим в сильном горе; на нем была войлочная шляпа в знак траура, а глаза его были мокры от слез». Когда он услышал, что Сото ничего не обнаружил, Писарро «очень опечалился о том, что убил его; а Сото опечалился даже еще больше, ибо, как он сказал, — и он был прав, — лучше было бы отослать его в Испанию: он сам отправился бы с ним в море. Это было бы самое лучшее, что они могли бы сделать для этого индейца, так как невозможно было оставить его в той стране».

Просто удивительно, как меняется отношение испанских хронистов к смерти Атауальпы. Самые первые очевидцы — официальные секретари Франсиско де Серее и Педро Санчо, наблюдатель Мигель де Эстете, Кристобаль де Мена и члены городского совета Хаухи — все они опустили всякое упоминание о разведывательной миссии де Сото и о ее отрицательных результатах. Один Серее что-то туманно написал о двух индейцах-следопытах, которые были посланы на разведку. Эти историографы уже чувствовали некоторую неуверенность. Перед лицом возможной цензуры они сомкнули свои ряды, настаивая на реальности той угрозы, которая исходила от армии Руминьяви.

29 июля 1533 года Франсиско Писарро сам написал императору Карлу V с целью объяснить свои действия. Он написал, что казнил Атауальпу, потому что ему стало известно о «его приказе мобилизовать всех воинов с тем, чтобы они напали на [меня] и других христиан, которые присутствовали при его пленении». Точно такое же объяснение Писарро представил в письме и своему брату Эрнандо, который к этому времени был уже в Панаме. Эрнандо повторил его без комментариев: «Согласно тому, что пишет мне губернатор [Франсиско Писарро], стало известно, что Атауальпа собирал силы для начала войны с христианами; и он сообщает, что они казнили его».

Со стороны последовала быстрая и критическая реакция на казнь Атауальпы. Судья Гаспар де Эспиноза, давний губернатор Панамы, написал королю письмо, которое было отправлено на том же корабле, на котором Эрнандо Писарро путешествовал в Испанию. Реакция Эспинозы была такой же, какую дал и суд Испании, и все просвещенные люди в Европе. Он был ослеплен достижениями Писарро: «Величие и богатства Перу растут день ото дня в такой степени, что в это почти невозможно поверить „…“ это как сон». Но на него совершенно не произвели никакого впечатления те обстоятельства, которые окружали казнь Атауальпы. «Они убили касика [Инку], потому что они утверждают, что он собирал силы с целью напасть на наших испанцев. Поэтому губернатора уговорили — почти заставили — сделать это чиновники Вашего Величества своими настойчивыми просьбами и требованиями… На мой взгляд, вину Инки следовало бы сначала четко установить и доказать, прежде чем убивать человека, попавшего к ним в руки и не причинившего никакого вреда ни кому-либо из испанцев, ни кому бы то ни было». Эспиноза знал, что «жадность испанцев, принадлежащих ко всем классам, так велика, что ее невозможно насытить: чем больше дают местные вожди, тем больше испанцы пытаются убедить своих военачальников и губернаторов убивать или пытать их, чтобы те давали еще и еще… Но со мной у них это не выйдет». Эспиноза считал, что Атауальпу следовало выслать на другую оккупированную испанцами территорию. «Они могли бы выслать его сюда [в Панаму] вместе с его женами и слугами, как и приличествует его положению. У него не было недостатка в золоте, [чтобы заплатить за это]. Здесь мы оказывали бы ему все почести и уважение, как если бы он был высокородным господином из Кастилии».

Император был тронут такими решительными суждениями. Он написал Писарро холодное послание: «Мы получили ваше сообщение о казни плененного вами касика Атауальпы». Карл принял утверждение Писарро, что Инка готовил силы для нападения. «И тем не менее мы недовольны смертью Атауальпы, а особенно тем, что это было сделано именем правосудия, ведь он был монархом… После получения сведений об этом деле мы пришлем наше повеление». Король помнил о святости королевского права помазанника Божьего. А оно серьезно подрывалось действиями такого удачливого выскочки, как Писарро, который безнаказанно смог казнить одного из самых могущественных императоров в мире.

В течение сороковых годов XVI века хронисты отражали это официальное неодобрение действий Писарро в своих нападках на него. Гонсало Фернандес де Овьедо строго осудил убийство «такого великого государя», назвав его «позорным деянием» и «плохой услугой Господу и императору», «актом великой неблагодарности» и «вопиющим грехом». Паскуаль де Андагойя открыто обвинил Писарро и его чиновников в обмане: они «заставили индейских колдунов, которые были враждебно настроены по отношению к Атауальпе, объявить, что у него есть наготове армия, чтобы напасть и убить их. Атауальпа ответил, что все это ложь „…“ пусть они пошлют кого-нибудь на равнину, где, по их сведениям, собирались войска, чтобы удостовериться в этом. С этой целью из лагеря выступил капитан Сото с несколькими товарищами. Но все было подстроено так, что Писарро и его советники убили Атауальпу до возвращения Сото». Хуан Руис де Арсе в личном послании своей семье также обвинил Писарро в том, что «он сыграл на обмане конкистадоров», отправив Сото на поиски химеры.

Около 1550 года акценты сместились. Теперь первых завоевателей возвели в ранг овеянных славой, почти легендарных героев. Поэтому хронисты стали искать козлов отпущения и перестали обвинять Писарро и его людей в преднамеренном обмане. Доказательствами предполагаемой вины Атауальпы послужили свидетельские показания местных жителей, допрошенных по поводу армии Руминьяви. Эти допросы были проведены через посредничество индейцев-переводчиков, которых обучили испанцы. Главный переводчик, молодой человек, весьма располагающий к себе, которого ласково называли Фелипильо, был арестован в 1536 году людьми Альмагро и задушен по обвинению в предательстве. Перед смертью он признался и в других случаях, когда он подстрекал местных жителей против испанцев. Агустин де Сарате и шовинистически настроенный Франсиско Лопес де Гомара создали историю, будто Фелипильо намеренно искажал показания местных жителей в 1533 году. А также будто бы его застали в момент прелюбодеяния с одной из жен Атауальпы, и только его ценность как переводчика спасла его от немедленной смерти за этот акт оскорбления его величества; и затем он подстроил казнь Атауальпы, чтобы спасти свою шкуру. Эта версия предлагала необходимого козла отпущения и спасала репутацию конкистадоров. Никто не принимал во внимание, что таких проницательных людей, как Серес и Санчо, вряд ли мог ввести в заблуждение диаметрально противоположный по смыслу перевод таких исключительно важных свидетельских показаний. Поэтому история с фальшивым переводчиком была с радостью принята. Она возникла в пятидесятых годах XVI века и пересказывается и по сей день.

Репутации конкистадоров были также отчасти восстановлены благодаря тому, что казнь Атауальпы состоялась в результате последовательных судебных действий, а не была просто поспешным решением руководящей верхушки. Фернандес де Овьедо непреднамеренно положил этому начало, когда написал, что «они начали судебный процесс, который был плохо организован и еще хуже записан; его главными авторами были своекорыстный, неуправляемый, бесчестный священник, аморальный и некомпетентный нотариус и люди одного с ними сорта». Лопес де Гомара, который в своем труде «Испания Виктрикс» прославлял завоевания конкистадоров, развил эту тему, добавив, что Писарро устроил суд по всем правилам — это должно было воззвать к чувствам испанцев XVI века, приверженных букве закона. Гарсиласо увидел в этом зародыш хорошего сюжета. В своих «Коментариос реалес», опубликованных в 1617 году, он утверждал, что Гомара почти не оценил по достоинству этот суд. Сам он раздул его до размеров «торжественного и весьма продолжительного» действа, в котором принимали участие двое судей, государственный обвинитель, адвокаты защиты, поверенные, много свидетелей (чьи показания были конечно же искажены при переводе). В нем содержалось расследование по двенадцати пунктам, продолжительные дебаты в зале суда, апелляции к императору Карлу V и назначение официального защитника Атауальпе. Обвинительный акт Инки теперь содержал обвинения в убийстве его брата Уаскара, уничтожении племени каньяри и других, в совершении так называемых человеческих жертвоприношений и в кровосмесительной полигамии. Гарсиласо также представил имена одиннадцати испанцев, которые якобы смело выступили в защиту Инки. Таким образом, суд, вымышленный Гомарой, чтобы обелить поведение испанцев, был использован красноречивым Гарсиласо, чтобы усилить драматизм, насмешку и ужас казни Атауальпы. «Суд» Гарсиласо выглядел чрезвычайно драматично, и с этой историей трудно расстаться. Прескотт повторил ее, но с некоторой осторожностью: озадаченный тем, что самый главный апологет инков подчеркивал законность казни Атауальпы, Прескотт заключил, что «где нет повода для обмана, как в этом примере, там, вероятно, можно поверить [Гарсиласо] на слово». Спустя некоторое время историки перестали мучиться сомнениями, повторяя эту версию. Маркхэм, Хелпс, Мине и другие негодовали по поводу этого «убийства по суду». Книга, написанная в 1963 году, даже предлагала сравнение с современностью: «Как в сталинской России нашего времени, судебное разбирательство было проведено с выставлением напоказ правильности процессуальных форм». Маркхэм уделил большое внимание одиннадцати испанцам из рассказа Гарсиласо, выступившим в защиту Инки, назвав их «немногими честными и уважаемыми людьми», чьи имена «достойны памяти». Хайэмс и Ордиш восхваляли «огромное нравственное мужество» этих «десяти процентов» испанской общины в Кахамарке за то, что «они были готовы, перед лицом большинства и истеблишмента, с риском для себя встать на защиту справедливости и милосердия». К несчастью для этого убедительного рассказа, выяснилось, что только двое из одиннадцати доблестных мужей, названных Гарсиласо, действительно находились в то время в Кахамарке. Все свидетельские отчеты на самом деле оставили совершенно другое впечатление. Самые первые хронисты подразумевали, что большинство испанцев были за то, чтобы оставить Инку в живых, или им было все равно. И только определенное меньшинство, возглавляемое Альмагро и казначеем Рикельме, силой заставили Писарро допустить трагическую казнь.