Они также увидели внизу темные массы китонских солдат, которыми когда-то командовал их пленник Чалкучима, а теперь их возглавлял Юкра-Уальпа. Но когда они спустились в долину, перед ними открылась яркая картина самоубийственного раскола, парализовавшего Перу. «Все местные жители вышли на дорогу, чтобы посмотреть на христиан, и сильно радовались их приходу, так как они думали, что для них это будет означать спасение от рабства, в котором их держала эта чужая армия». А тем временем эта «чужая армия» китонских инков готовилась оказать сопротивление. Это была первая военная акция за семнадцать месяцев со дня высадки испанцев на территории Перу и за два месяца со дня их ухода из Кахамарки. Основная часть индейской армии была сконцентрирована на дальнем берегу реки Мантаро. Но 600 воинов были посланы в Хауху, чтобы в последнюю минуту попытаться уничтожить огромные городские склады. Когда первые два испанских всадника въехали в Хауху, они встретили вооруженных индейцев, бегущих между домами. Испанцы сразу применили тактику, эффективность которой они узнали, когда завоевывали Мексику и Центральную Америку. Они немедленно атаковали. В узких улочках городка произошла стычка, а когда подскакали другие испанцы, индейцы были отброшены к реке. Они успели только поджечь тростниковую крышу одного большого склада и некоторые другие постройки. Хуан Руис де Арсе вспоминал, что они вошли в Хауху в тот момент, когда пожар в городе только начал разгораться. По воспоминаниям Педро Писарро, они доставали золотые сосуды из горячей золы на месте сожженного склада, а Мартин де Паредес и Торибио Монтаньес написали из Сан-Мигеля, что Писарро взял «300 тысяч песо горелого золота в Хаухе». Альмагро продолжил преследование, направив лошадей в реку, уровень воды в которой начал уже подниматься в связи с началом сезона дождей. Индейцы на том берегу реки не знали, что им предпринять: то ли остаться и драться, то ли бежать до позиции, выгодной для обороны. Некоторые побежали на север, в горы, другие попытались драться и были перебиты. Сражение закончилось на кукурузном поле у реки, где были заколоты перепуганные воины, пытавшиеся найти там убежище. «Осмотр места показал, что 50 из них спастись не удалось».

Должно быть, армия индейцев была деморализована этой первой жестокой встречей. Ее военачальники решили идти на юг и попытаться соединиться с армией Кискиса в Куско. Но испанцы опять действовали быстро. Дав измученным людям и лошадям для отдыха только один день, Писарро послал 80 всадников в погоню. Передвигаясь с большими трудностями, захватчики вскоре достигли лагеря индейцев, в котором еще дымили костры. Огромная колонна индейской армии двигалась вниз по широкой долине реки Мантаро в нескольких милях впереди. Солдаты шли походным маршем, «построенные в отряды по 100 человек, а женщины и слуги находились между этими отрядами». Арьергард — «отряд доблестных воинов» — попытался оказать сопротивление, но был смят, и остальное войско обратилось в бегство, пытаясь укрыться в скалистых горах, окаймляющих долину. Многие бежали слишком медленно, а испанцы не знали жалости. «Преследование продолжалось на расстояние 4 лиги [16 миль], и многие индейцы были заколоты копьями. Мы забрали всех слуг и женщин, „…“ в добычу вошло и большое количество золота и серебра». Эррера заметил, что среди пленников было «много красивых женщин, и среди них — две дочери Уайна-Капака». Франсиско Писарро оставался в Хаухе две недели, с воскресенья 12 октября по понедельник 27 октября. Спустя неделю после его появления в городе к нему присоединился Рикельме с отрядом пехоты, походным снаряжением и сокровищами. Во время этой короткой остановки в городе развернулась бурная деятельность. В порядке эксперимента Хауху решено было сделать городом с испанским самоуправлением, а затем первой христианской столицей в Перу. Восемьдесят испанцев, половина из которых имела лошадей, должны были остаться в городе в качестве его первых жителей. Были выбраны здания для размещения церкви и муниципалитета. Теперь, когда захватчики встретили организованное сопротивление, Писарро решил сократить свою армию, оставив наименее полезную ее часть охранять сокровища в Хаухе. Королевский казначей Рикельме также оставался в городе: Писарро предпочел не обременять себя его советами и быть подальше от его недреманного ока; и Рикельме не возражал находиться в тылу боевых действий. Ввиду того, что многие конкистадоры оставляли свой золотой запас в городе, они в спешке писали завещания и делали другие распоряжения перед тем, как углубиться в незавоеванную территорию Перу.

Во время остановки в Хаухе молодой Инка Тупак Уальпа умер от болезни, которая подтачивала его силы еще в Кахамарке. Испанцы были глубоко опечалены потерей такой послушной марионетки и стали искать виновника. Авторитетные жители Хаухи написали королю: «Считалось, что военачальник Чалкучима дал ему какие-то травы или питье, от которого он умер, хотя этому и не было никаких доказательств, и полной уверенности в этом тоже не было». Молодой Инка, вероятно, умер естественным путем, хотя у Чалкучимы была веская причина, чтобы убить этого члена кусковской ветви королевской фамилии, сотрудничающего с врагами. Смерть Инки привела испанцев в большое замешательство. В свое время Писарро выбрал Тупака Уальпу как человека, наиболее приемлемого для вождей Атауальпы, и теперь он не знал, кого возвысить. Он понятия не имел о том, что Перу бурлило от заговоров, целью которых было короновать других претендентов. В Кито военачальники Атауальпы рассматривали возможность возведения на престол брата Инки, Киллискачу, в то время как генерал Руминьяви собирался захватить власть для себя. Ходили слухи, что генерал Кискис в Куско предложил королевский головной убор брату Атауальпы Паулью, который симпатизировал китонцам. Писарро в спешке созвал на совет местных вождей, включая генералов Чалкучиму и Тисо. Встреча зашла в тупик, так как были выдвинуты два возможных кандидата на место Инки. Сторонники Уаскара предложили родного брата умершего Тупака Уальпы, по-видимому, того, кого звали Манко, который находился в районе Куско; китонцы же высказались в пользу юного сына Атауальпы. Писарро же постарался тайком оказать поддержку обеим сторонам. Он сказал Чалкучиме, что сделает его регентом, если тот сможет завлечь сына Атауальпы в лагерь испанцев на коронацию. Чалкучима ответил, что пошлет гонцов в Кито, чтобы те привезли мальчика. Вероятно, и тот и другой лгали друг другу, и из этого предложения ничего не вышло.

Этот торг по поводу престолонаследия показал, как низко пало величие Инки после начала гражданской войны и после всех унижений Атауальпы. Как только положение Инки потеряло свой престиж, то же самое произошло и со всей правящей кастой Перу. Другой разрушительной тенденцией стало понижение роли Куско и возрождение региональных центров и племенных столиц. В империи инков главенствующее положение занимало одно племя, один город и одна правящая династия. Поэтому Куско стал духовным и административным центром империи, какими в свое время были Рим и Византия. Здесь находилась роскошная резиденция каждого приходящего к власти Инки, пантеон мумифицированных правителей, огромная центральная площадь для церемоний, двор, посещаемый представителями всех ассимилированных племен, и административные советы при дворе Инки. Язык инков, кечуа, был обязательным для всех в империи и оказался самым долговечным наследием инков: в настоящее время более половины населения Перу говорит на нем как на родном языке.