Одним из первых решений президента Путина стало выстраивание так называемой вертикали власти — концентрация всей политической власти в центре, а фактически в его собственных руках. Он полагал, что в основе всех российских бед — недостаток контроля из центра, что слабое руководство Ельцина привело к процветанию преступности и коррупции, сосредоточению власти в руках олигархов и переходу регионов страны на свои собственные «орбиты». Ельцин поощрял регионы «брать суверенитета столько, сколько смогут проглотить». Это привело к нежелательному эффекту. Губернаторы стали молча игнорировать, а то и просто саботировать распоряжения центра, и это уже грозило распадом федерации. Многие регионы принимали законы, противоречившие российской Конституции, утаивали от центра налоги и подписывали двусторонние соглашения с иностранными государствами. Некоторые из них вполне могли бы существовать как независимые государства. Например, та же Якутия добывает четверть всех мировых алмазов (а население ее менее полумиллиона человек); Ханты-Мансийск (население 1,5 млн) — второй в мире регион по добыче нефти.

13 мая, через шесть дней после инаугурации, Путин объявил, что 89 регионов страны переходят под управление семи «супергубернаторов», лично назначаемых президентом. Пятеро из семи путинских назначенцев были силовикам — людьми, чья карьера была связана с органами безопасности, внутренних дел или вооруженными силами. В их числе оказался и Виктор Черкесов, первый заместитель директора ФСБ, чья деятельность в прошлом заключалась в преследовании советских диссидентов.

Еще через шесть дней Путин выступил с инициативой реформы Совета Федерации. Ранее избранные губернаторы регионов и главы региональных законодательных собраний становились сенаторами ex officio. Теперь же региональных боссов должны были заменить назначенные представители, что давало возможность Кремлю заполнить Совет Федерации «лояльными» людьми.

Затем Путин занялся централизацией сбора и распределения налогов. Ранее они распределялись между центром и регионами в отношении приблизительно 50 на 50. Он предложил изменить соотношение на 70 к 30 в пользу федерального центра.

Вершиной новой вертикали власти стало не федеральное правительство, а, скорее, лично Путин. Ему удалось достичь этого назначением на ключевые посты надежных людей из органов безопасности или из его родного Санкт-Петербурга. Многим из них были предоставлены посты руководителей крупнейших государственных компаний. Тем самым политические и деловые структуры страны оказались опутаны огромной паутиной, в центре которой восседал Путин.

У Игоря Сечина — идеальная родословная. Он работал с Путиным в Санкт-Петербурге и, по некоторым сведениям, тоже был разведчиком, действовавшим под прикрытием в должности переводчика в португалоговорящих африканских странах. Сечин стал ближайшим советником Путина и в 1996 г. последовал за ним из Петербурга в Москву. Когда Путин стал и. о. президента, он оставил руководителя администрации Ельцина Александра Волошина на своем посту, но его заместителем немедленно назначил Сечина. Тот стал контролировать весь поток документов, проходивших через Волошина, и к тому же фактически руководил энергетической отраслью страны. В 2004 г. он возглавил еще и совет директоров государственной нефтяной компании «Сибнефть».

Виктор Иванов, сотрудник управления КГБ по Ленинградской области, стал заместителем руководителя администрации президента по кадровым вопросам, а также председателем совета директоров концерна ПВО «Алмаз-Антей» и компании «Аэрофлот». Сечин и Иванов считались наиболее влиятельными силовиками в окружении Путина.

Дмитрий Медведев, еще один коллега Путина по Санкт-Петербургу, переехал в Москву и стал третьим заместителем руководителя администрации президента, а также председателем совета директоров государственной газовой монополии «Газпром».

Путин позвал в Москву еще одного своего петербургского коллегу Алексея Миллера и назначил его заместителем министра энергетики, а позже — генеральным директором «Газпрома».

Два главных реформатора-экономиста, Герман Греф и Алексей Кудрин, тоже из Санкт-Петербурга. Греф работал в структуре «Газпрома». Кудрин стал председателем правления банка ВТБ и алмазодобывающей компании «Алроса».

Сергей Нарышкин, еще один ленинградец, закончивший в свое время Высшую школу КГБ, во второй срок президентства Путина назначен руководителем администрации президента, а также председателем совета директоров телевизионного «Первого канала» и заместителем председателя правления «Роснефти».

Еще один давний ленинградский коллега по КГБ Николай Патрушев стал директором ФСБ, унаследовав должность от Путина.

Рашид Нургалиев работал под началом Путина в ФСБ, после чего стал министром внутренних дел. Черкесов, упоминавшийся ранее, тоже был одним из подчиненных Путина в ФСБ.

Сергей Чемезов, разведчик, работавший с Путиным в Дрездене, был приглашен возглавить Рособоронэкспорт — единственную в стране компанию по экспорту вооружений. Еще один «чекист» Владимир Якунин был приглашен на работу в Министерство транспорта, а позже возглавил корпорацию «Российские железные дороги».

Якунина связывает с Путиным не только это. Они оба — члены-основатели дачного кооператива «Озеро» на Комсомольском озере под Петербургом. Все друзья Путина из «Озера» ныне занимают руководящие посты в правительстве, банковской сфере и средствах массовой информации.

В первые годы пребывания Путина на посту президента чеченские события бросали глубокую тень на его заявления о принятии России в «европейскую семью». Я провел несколько месяцев в Чечне во время первой войны (1994–1996 гг.) и своими глазами видел, как российские войска уничтожали республику. На мой взгляд, там было более чем достаточно доказательств серьезных военных преступлений и нарушений прав человека, которые были задокументированы мной и рядом других журналистов. Но международное сообщество — возможно, из-за чрезвычайной занятости войнами на Балканах — ничего не предпринимало по этому поводу. Полное разрушение столицы республики, города Грозного, гибель десятков тысяч гражданских лиц, чьи жилые дома были буквально стерты в порошок российской авиацией и артиллерией — все это никак нельзя было оправдать задачей уничтожения «бандитов», как стали называть местных повстанцев. Я брал интервью у выживших в российских «фильтрационных лагерях» — печально известных тюрьмах, где чеченцы подвергались пыткам. Я видел гигантские братские могилы, заполненные сотнями трупов. У некоторых из них руки были связаны за спиной. Я встречался с десятками скорбящих семей, видел убитых женщин и детей, сотни домов, уничтоженных в поселках по всей Чечне, потоки беженцев, спасавшихся от российских войск, людей, которые прятались в подвалах своих домов во время воздушных налетов. Я встречал беззащитных, лишенных крова стариков, замерзавших и умиравших от голода на руинах своих домов. Но это все было при президенте Ельцине, и Запад, одурманенный его заявленной глубокой приверженностью к демократии, выражал лишь слабое осуждение, предпочитая считать этот конфликт «внутренним делом» России.