Собор епископов начался 17 октября 1490 года. Его открытие ознаменовалось громким скандалом. Во время службы в Архангельском соборе архиереи отказались молиться вместе с еретиком Денисом и торжественно изгнали его из храма со словами: «Изыди, человече, из алтаря, недостоин ты служить со святыми епископами!»

В качестве обвиняемых на Соборе предстали: «чернец Захарий, протопоп Софийского собора в Новгороде Гавриил, поп Архангельский Денис, поп Ивановский Максим, Василий поп Покровский, Макарий дьякон Никольский, Гридя дьячок Борисоглебский, Васюк зять Дениса, Самуха дьячок Никольский».

Светскую власть на Соборе вначале представляли знатные бояре Иван Патрикеев, Юрий Захарьин, дьяк Андрей Майко, но когда Собор начался, великий князь самолично явился в митрополичьи покои, чтобы взять ход процесса в свои руки.

Митрополит Зосима, выполняя полученные инструкции, сразу постарался представить ересь результатом недосмотра новгородского владыки Геннадия. О москвичах и уж тем более о дьяках великого князя вообще не упоминалось. После выступления свидетелей начался допрос обвиняемых. Поначалу еретики держались сплоченно и от всего отпирались. Некоторые из них симулировали умопомешательство («и быша яко в исступлении ума»). Одним из первых сломался священник Денис. Потрясенный позорным изгнанием из храма, он подал Собору покаянную грамоту, где признавался в «невоздержании языка».

Совсем по-другому вел себя монах псковского Немцова монастыря Захар. Человек неукротимого нрава, он обрушился на церковных иерархов с обвинениями в симонии, то есть в торговле церковными должностями, заявив, что раньше митрополит давал мзду царьградским патриархам, а теперь «боярам посулы дает тайно». Это задело всех, включая Зосиму. Смелость этого монаха, который публично хулил высшие церковные власти, объяснялась не только свойствами его натуры. Захар жил в Пскове, где еще сохранялись республиканские порядки, а псковичи традиционно отличались повышенной требовательностью к духовенству. Кроме того, Захар знал, что Геннадий Новгородский находится в опале у великого князя, и рассчитывал найти защиту у светской власти. Этот его расчет частично оправдался. Когда Геннадий попытался сослать Захара в глухую пустынь, государь лично отменил это наказание. Агрессивный монах был нужен великому князю, его выпады против церковных порядков ослабляли церковную верхушку, заставляли ее оправдываться.

Чувствуя поддержку с самого верха, Захар все яростнее нападал на Геннадия Новгородского. Могущественный архиепископ ничего не мог с ним поделать и только жаловался митрополиту: «Лает меня, господине, безпрестани уже третий год, а посылает грамоты в мою архиепископью, и к чернцам, и к попам семисоборским, а что по московской земли, то числа нет, а пишет в своих грамотах: послал, деи, на еретика грамоты; а яз не еретик». В свою очередь Геннадий не без оснований называл Захара стригольником. В обличениях псковского монаха явно прослеживаются главные приметы ереси, зародившейся более ста лет назад. Те же обвинения церковных властей в симонии, тот же призыв не причащаться у священников, ибо они по мзде поставлены, те же выпады против обрядов.

Соборный приговор еретикам гласил:

«Мнози от вас ругалися образу Христову и Пречистые образу, написанным на иконах. И инии от вас ругались кресту Христову, и инии от вас на многия святые иконы хульные речи глаголали, а инии от вас святые иконы щепляли и огнем сжигали, а инии от вас святые иконы в лоханю метали, да иного поругания есте много чинили над святыми образами. А инии от вас самого Господа нашего Иисуса Христа Сына Божья и на Пречистую Его Богоматерь многие хулы изрекали, а инии от вас Господа нашего Иисуса Христа Сыном Божиим не звали, а инии от вас на великих святителей и чудотворцев да и на многих святых отцов хульные речи износили, а инии от вас всю седмь соборов святых отцов похулиша, а инии от вас во все говения ели мясо и сыр и яйца и млеко. А все есте чли субботу паче воскресениа Христова. А инии от вас воскресенью Христову и Его святому вознесению не веруют».

Собор осудил еретиков за иконоборчество и поругание крестов, неверие в чудотворцев и отцов церкви, возведение хулы на Христа и Богородицы, в непризнании Христа сыном Божиим и, наконец, в праздновании субботы вместо воскресения. Кроме того, в приговоре было сказано, что еретики «пишут и учатся книги отметные», то есть запрещенные церковью, что они «похваляют отреченный Ветхий Завет и веру жидовскую хвалят», что иконы «зовут идолами» и не верят в русских святых и чудотворцев. Главный вывод обвинения звучал так: «Все то чинили по закону жидовскому, а не по вере христианской».

Смертные приговоры казались неизбежными, но за еретиков неожиданно вступились влиятельные заволжские старцы праведники Нил Сорский и Паисий Ярославлев. (Свое название иноки Белозерских и Вологодских монастырей получили оттого, что их скиты располагались за Волгой). Заволжские старцы объявили ересь расплатой за грехи церкви. Напомнив соборянам о евангельской заповеди милосердия, они предлагали лишь упорных еретиков отлучать от церкви, а раскаявшихся прощать совершенно.

Благодаря заступничеству заволжских старцев наказание было относительно мягким: собор не вынес смертных приговоров. В Испании или Португалии еретиков с таким приговором тотчас отправили бы на костер. Всех признанных виновными передали в руки новгородскому владыке для осуждения и покаяния. Исключение сделали для Дениса и Захара, двух самых заклятых врагов Геннадия. Дениса отправили в Галич. В монастырской тюрьме его рассудок помрачился, он «заблеял козлом» и через месяц умер. Захара отправили в заточение к суздальскому епископу Нифонту, который создал для еретика такие «условия проживания», что тот тоже вскоре скончался.

В Новгороде была разыграна целая мистерия, церемониал которой архиепископ Геннадий позаимствовал из рассказов иностранцев об испанской инквизиции. Владычные слуги встретили еретиков за сорок верст от города и посадили на убогих лошадей лицом к хвостам. (В Испании еретиков сажали на ослов, но в Новгороде ослов не было.) Затем на головы осужденных напялили высокие остроконечные берестяные колпаки с надписью «се есть сатанинское воинство». Когда еретиков под мерные удары колоколов везли по городу, горожане плевали на них и называли врагами Божьими и отступниками. На Духовском поле было устроено нечто вроде аутодафе. Колпаки на головах еретиков торжественно сожгли, некоторых осужденных люди наместника били кнутом. Затем еретиков заточили в монастырские тюрьмы, но стерегли их там некрепко: «А инии в Литву сбежали, а инии в Немцы».

Вся эта мрачная церемония преследовала цели устрашения, а не физического истребления еретиков. Тем не менее это был первый опыт применения на Руси инквизиционной практики, не свойственной ранее восточнохристианской церкви.