Вскоре в стенах древнего Софийского собора закипела сосредоточенная духовная, литературная и просветительская работа. Кроме Библии здесь переводились и переписывались многочисленные богословские, агиографические (то есть жизнеописания святых), календарно-хронологические, грамматические, естественнонаучные, публицистические и художественные произведения, при этом каждый сотрудник параллельно разрабатывал какую-то свою тему.

Монах-доминиканец Вениамин по поручению архиепископа составил трактат в защиту церковного землевладения. «Слово кратко противу тех, иже в вещи священныя вступаются». Подоплека была очевидной. У Софийского дома уже отобрали более трети земель, надвигалась новая секуляризация, и Геннадий спешил вооружиться аргументами против нового ограбления властью Новгородской епархии. «Церкви в защиту даны два меча, — писал Вениамин. — Един меч есть вещественный. Той меч достоит пастырям церковным иметь, защищения церкви своя, даже и до своего кровопролития, второй меч есть духовный». Тут же звучит мысль о первородстве духовной власти над светской: «Елико от Бога духовное достоинство предположено есть, сего ради больши достоит мирской».

Дмитрий Траханиот написал в Новгороде два сочинения: «О трегубой алиллуйе» и «О летах седьмой тыщи». Николай Булев перевел сочинение марокканского еврея Самоила «Учителя Самоила Евреина на богоотступные жидове обличительно пророческими речами». Он также перевел на русский язык знаменитый лечебник под названием «Доброхотный ветроград» и медицинский трактат «Травник», который надолго станет настольной книгой русских врачей, а также астрологический альманах Штофлера.

Самым плодовитым автором был Дмитрий Герасимов, который также не ограничивался религиозной тематикой. Переведя книгу «Против иудейского безверия» Николая де Лириа, он сделал доступной для русского читателя «Троянскую историю» де Колумна, популярную на западе народную энциклопедию «Златой бисер», «Географию Помпония Мелы».

Съездив по поручению владыки Геннадия в Рим, Герасимов привез сюжет «Сказания о белом клобуке». Повесть пересказывает легенду о том, как царю Константину явились во сне святые апостолы Петр и Павел и показали ему форму, по которой должен быть сшит белый клобук папе в знак его церковного главенства; Константин велел сшить клобук и возложил его на главу папе Сильвестру, после чего, не желая царствовать в том же месте, где правит наместники Божий, он перенес свою столицу из Рима в Константинополь. Но преемники Сильвестра не почитали клобука и им пришлось переслать этот символ власти в Константинополь. Вскоре патриарху явился ночью «юноша светлый и велел отправить клобук в Великий Новгород со словами: «и да будет там носим на главе Василия архиепископа». С тех пор белый клобук утвердился на главах святых архиепископов Великого Новгорода».

«Сказание о белом клобуке» пользовалось огромной популярностью среди русских книжников, особенно у старообрядцев. Сохранилось более трехсот списков повести. Со временем белый клобук превратился в мистический символ Третьего Рима. После установления в 1589 году в России патриаршества белый клобук стали носить патриархи московские. Но в 1667 году повесть подверглась осуждению Московским поместным собором как написанная Дмитрием Толмачом «от ветра главы своея». Собор усмотрел в ней пресловутый новгородский сепаратизм, хотя на самом деле «Белый клобук» — это настоящий гимн нарождающейся России: «Ветхий Рим отпаде славы и от веры Христовой своею волею; в новом же Риме, еже есть в Константинограде насилием агарянским также христианская вера погибает. На Третьем же Риме, еже есть на русской земле, благодать святаго Духа воссияет!»

В финале повести устами папы римского Сильвестра Дмитрий Герасимов предрекает наступление времени, когда «царя русского возвеличит Господь над многими языками, и под властию его мнозии цари будут и от иноязычных, и патриаршеский великий чин от царствующего сего града такожде дан будет русской земле во времена свои, и страна та наречется светлая Россия!» (Между прочим, именно Герасимов один из первых стал называть Московию Россией.)

Таким образом, «новгородские попики», как снисходительно называли поздние исследователи Геннадиеву дружину, внесли огромный вклад в развитие русской религиозной и светской мысли. В противовес еретикам они сумели соединить веру и разум, достижения науки и христианские догматы.

В этом блестящем окружении с неожиданной стороны раскрылся и сам архиепископ Геннадий, о котором у многих историков сложилось мнение, что он был человеком чисто практического склада. Владыке не давали покоя разговоры о «несостоявшемся светопреставлении», и он задумал сочинение, в котором собирался дать ответ еретикам от лица Русской православной церкви. Непосредственным толчком для этого труда стала книга «Диалог жизни со смертью», которую привез с собой в Новгород Бартоломей Готан. «Диалог» был переведен в Геннадиевом кружке и вскоре стал здесь одним из наиболее читаемых произведений.

В 1495 году из-под пера Гонзова вышло «Сказание о седьмой тысяче лет». В этом труде он предстает не «князем церкви», но глубоким философом-богословом, способным побеждать своих оппонентов силой мысли. Геннадий точно уловил главный посыл еретиков. Отрицание ими кончины мира означало и отрицание его начала. Вселенная была и будет всегда, утверждали Федор Курицын и его единомышленники. Мир нескончаем, ибо он является неизменным: «Мир сей недвижим пребывает. С тех пор как стали умирать отцы, от начала творения все остается так же».

Эти рассуждения Геннадий характеризовал как «плотское мудрование», то есть грубый материализм. При этом он ссылался на слова апостола Павла: «Те, кто утверждает незыблемость мира — не веруют в Бога и Божественный промысел, управляющий Вселенной». Действительно, извечность Вселенной делает Бога просто лишним.

Никто не ведает сроков конца мира, утверждал Геннадий, и тем не менее мир конечен, ибо он меняется. Тайну своего промысла Бог скрыл от «ругателей» — еретиков, поскольку они «не боголюбезной совестью ищут благочестия, но величавою мыслью некасаемых касаются». В определении «величавою мыслию» звучит насмешка над теми, кто возомнил себя способным понять промысел Божий. О «Шестокрыле», который еретики выдвигали своим главным аргументом, Геннадий пишет, что «оный взят от астрономии, как капля от моря».

Православный владыка оказался глубже и прозорливее своих прозападных оппонентов. Современная наука вновь возвращается к признанию конечности Вселенной, в чем всегда была убеждена религия. Прозрения святых отцов получают подтверждение астрофизиков, изучающих Вселенную с помощью космических телескопов. Теория Большого Взрыва подтверждает вывод о том, что у Вселенной было начало и, следовательно, будет конец. Человечество тревожно ищет признаки надвигающегося Апокалипсиса в угрозах ядерной войны и необратимых изменениях климата.

Тем временем работа над славянской Библией близилась к финалу, и в 1499 году этот выдающийся труд был завершен. Были впервые переведены две книги Паралипоменон, три книги Ездры, Ниэмии, Товита, Юдифь, Соломонова премудрость, Притчи, Маккавейские книги. Русская паства получила первый полный свод библейских книг.

По своему исполнению Геннадиева Библия представляла собой настоящий шедевр рукописной книги. Она написана полууставом на 1002 листах высококачественной бумаги форматом 33 × 23,5 см и украшена искуснейшими мастерами-орнаменталистами. Писцами книги были новгородские дьяки Василий Иерусалимский, Гридя Исповедницкий и Климент Архангельский, а также выдающийся каллиграф Тимофей Вениаминов. Новгородский купец Демьян Фрязин обеспечивал книжников высокосортной бумагой. Через 80 лет с появлением книгопечатания именно Геннадиева Библия была издана в Остроге (1580–1582 гг.) как первопечатная церковнославянская Библия, опередившая этим своим появлением весь православный Восток.