Руис присоединился к Писарро и повез экспедицию на юг, чтобы исследовать побережье Эквадора. Они приплыли к необитаемому острову Исла-дель-Гальо, острову Петуха, в устье реки Тумако. Это были бесплодные, с влажным климатом берега, изобилующие гибельными мангровыми болотами. Испанцы ужасно страдали. От голода и болезней умирало в неделю по 3-4 человека. Когда экспедиция уже потеряла значительную часть людей, отчаянный вопль о помощи от тех, кто уцелел, достиг губернатора Панамы. 29 августа 1527 года он начал всестороннее расследование и распорядился, чтобы любому, пожелавшему вернуться, была предоставлена такая возможность. Экспедиция продолжалась главным образом благодаря фанатической решимости Франсиско Писарро. На песке острова он провел линию и бросил своим людям вызов: кто хочет, пусть пересечет ее и останется с ним. Тринадцать смельчаков сделали это. Они остались с Писарро на острове и обеспечили продолжение экспедиции.

На следующий год упорство Писарро было вознаграждено. Он поплыл на юг только с горсткой солдат, имея своей целью лишь исследование, а не вторжение, для чего не было взято почти никакого оружия. Экспедиция вошла в залив Гуаякиль, и взорам открылся первый город инков Тумбес. Благородный инка посетил корабль, и испанец Алонсо де Молина сошел на берег с подарками: поросятами и курами. Высокий и стремительный грек Педро де Кандия высадился вместе с ним и подтвердил описание Тумбеса Молиной как города, в котором царит установленный порядок. Здесь наконец-то искатели приключений нашли развитую цивилизацию, которую они искали с таким пылом. Кандия сильно поразил воображение местных жителей, выстрелив в цель из аркебузы, но эта первая встреча между испанцами и инками была очень сердечной.

Писарро проплыл вдоль побережья Перу до реки Санта, как она и теперь называется. Две другие высадки на берег подтвердили важность открытия и необычность этой загадочной империи. Экспедиция вернулась с доказательствами. Это были ламы, керамические и металлические сосуды, прекрасная одежда и мальчики, которых предстояло обучить испанскому языку и сделать переводчиками. Люди из экспедиции Писарро мельком увидели краешек великой цивилизации, развивавшейся в течение веков в полной изоляции от остальной части человечества.

Исследователи были возбуждены своими открытиями и масштабом возможных завоеваний, но они не смогли вызвать энтузиазма у губернатора Панамы. Они решили послать Писарро назад в Испанию, чтобы заручиться одобрением короля и достать еще денег и людей. Король Карл хорошо принял Писарро в Толедо в середине 1528 года. Писарро повезло, что его приезд совпал с возвращением Кортеса, который очаровал придворных дам щедрыми подарками из мексиканских сокровищ и был пожалован титулом маркиза и другими почестями. Кортес воодушевил Писарро; только благодаря этому бьющему через край восторгу от мыслей о будущем завоевании Мексики Писарро легко удалось завербовать жаждущих приключений молодых авантюристов в своем родном Трухильо-де-Эстремадура. Король Карл должен был покинуть Толедо, но 26 июля 1529 года королева подписала соглашение, в котором она разрешала Писарро открыть и завоевать Перу. Писарро был объявлен губернатором и генерал-капитаном Перу, Альмагро — комендантом Тумбеса, а Луке был назначен протектором индейцев, и в дальнейшем ему был обещан сан епископа Тумбесского.

Писарро отплыл из Севильи в январе 1530 года на кораблях, полных будущих завоевателей, среди которых были его единокровные братья Эрнандо, Хуан и Гонсало Писарро и Франсиско Мартин де Алькантара. В Панаме Диего де Альмагро выразил — по вполне понятной причине — решительное неудовольствие своим незавидным назначением согласно договору в Толедо. Он согласился продолжить предприятие только после того, как ему было обещано звание маршала и должность губернатора земель, лежащих за пределами владений Писарро.

Третья экспедиция Писарро отплыла из Панамы 27 декабря 1530 года, но по необъяснимой причине высадилась на побережье Эквадора, не достигнув Тумбеса. Потянулись тяжелые месяцы: утомительный поход вдоль тропического побережья, эпидемия бубонной чумы, остановка на мрачном острове Пуна в Гуаякильском заливе и многочисленные стычки с местными жителями. Самое серьезное столкновение произошло при попытке экспедиции пересечь на плотах залив от острова Пуна и высадиться на материке, на территории перуанских инков. Наконец, конкистадоры начали вторжение в империю инков, но они были еще в ее отдаленном уголке, далеко от ее сказочных городов и богатств. Тумбес, место обещанной епархии, находился в руинах, и не было видно никаких признаков присутствия там испанца, который предпочел остаться там на жительство. Местные жители сказали, что это разрушение произошло в результате междоусобной войны между инками.

Закончился 1531 год, и прошло уже несколько месяцев 1532 года с того дня, когда третья экспедиция покинула Панаму, но Писарро продвигался вперед с осторожностью. Он оставил Тумбес в мае 1532 года и отправился в район Поэчос на реке Чира. Следующие месяцы он провел в исследованиях пустынной северо-западной части Перу. Было потрачено несколько недель на то, чтобы переправить по морю часть людей из Тумбеса в Тангарару, на 120 миль к югу. Чтобы поднять дух людям Писарро, к ним приплыли корабли с подкреплением: закаленный в боях Себастьян де Беналькасар привез 30 человек из Никарагуа, а отважный Эрнандо де Сото прибыл еще с одним отрядом. Писарро убил местного вождя по имени Амотапе, очевидно, с целью запугать местных жителей этой отдаленной провинции. Затем он выбрал место для первого испанского поселения в этой чужой стране: в середине сентября небольшой церемонией было отмечено основание поселка Сан-Мигель-де-Пьюра недалеко от Тангарары. Около 60 испанцев остались жить в поселке, а Писарро стал поспешно продвигаться в глубь империи инков с крошечной армией, состоявшей из 62 всадников и 106 пеших солдат. Закончились месяцы колебаний.

24 сентября 1532 года отряд Писарро вышел из поселка Сан-Мигель. Десять дней он провел в Пьюре, ненадолго остановился в Саране (современный Серран), Мотуксе (Мотупе) и 6 ноября достиг Саньи. До сих пор испанцы оставались на прибрежной равнине, узкой пустынной полоске суши между Тихим океаном и Андами, но 8 ноября они решили повернуть в глубь страны и подняться в горы. Инки привыкли жить в горах, их легкие в ходе эволюции приобрели больший объем, чтобы можно было дышать разреженным воздухом. И хотя ими были завоеваны многие цивилизации, расположенные в жарких прибрежных долинах, настоящая империя инков лежала вдоль горных цепей Анд, и именно там любой завоеватель должён был встретиться с инками лицом к лицу.

Сопутствуемые поразительным везением, испанцы из отряда Писарро вторглись в Перу именно в тот момент, когда война за престолонаследие была в самом разгаре. Когда несколько лет назад Писарро впервые плыл по Тихому океану, империей инков безмятежно правил один, почитаемый всеми, Великий Инка Уайна-Капак. Его владения простирались почти на 3 тысячи миль вдоль Анд, от Центрального Чили до юга современной Колумбии. Это больше, чем расстояние от Западного до Восточного побережья США, и больше, чем расстояние от Атлантического побережья Европы до Каспийского моря. Тихий океан омывал границы империи инков на западе, а леса бассейна Амазонки простирались на востоке, и инки пребывали в уверенности, что их империя поглотила почти весь цивилизованный мир.