В течение многих лет Уайна-Капак стоял во главе профессиональной армии империи, которая воевала с племенами на ее северных границах, в Пасто и Попаяне в Колумбии. Борьба была упорной, и военная кампания затягивалась. Инка и его приближенные давно уже не жили в Куско, столице империи, и Уайна-Капак подумывал о том, чтобы создать вторую столицу на севере, в Кито или Томебамбе. Именно во время этой военной кампании Уайна-Капаку впервые донесли о появлении высоких чужестранцев с моря. Но ему не было суждено увидеть европейцев. Его армию и двор внезапно охватила сильная эпидемия, и Уайна-Капак умер в горячечном бреду в период между 1525-м и 1527 годом. Возможно, болезнью была малярия, но могла быть и оспа. Испанцы привезли с собой оспу из Европы, и она неудержимо распространилась по Карибскому бассейну среди народов, не имевших к ней иммунитета. Она легко могла передаваться от племени к племени по всей Колумбии и настичь армию инков задолго до того, как сами испанцы приплыли к побережью. Эпидемия скосила большую часть приближенных Инки. В их число попал и вероятный наследник Уайна-Капака Нинан Куйучи. «Умерло и простого народа без счета».

Преждевременная смерть Великого Инки Уайна-Капака и его наследника создала неопределенную ситуацию. Наиболее вероятным преемником был сын Инки Уаскар, который принял бразды правления в столице Куско. Другой сын, Атауальпа, остался во главе имперской армии в Кито. Вероятно, он исполнял обязанности губернатора этой провинции от имени своего брата, хотя некоторые летописцы отметили, что умирающий Инка решил разделить огромную империю на две части, одну со столицей в Куско, а другую — в Кито. Мы никогда не узнаем правду о том, каким в действительности было завещание Инки. Известно лишь, что после нескольких лет спокойной жизни между двумя братьями вспыхнула междоусобная война. Некоторые испанцы вели в этом походе путевые заметки и дали различные объяснения причин этого конфликта в зависимости от личных симпатий тех местных жителей, которые их информировали. Будучи европейцами, испанцы изо всех сил старались доискаться, притязания кого из братьев, Уаскара или Атауальпы, на трон были самыми «законными». Но это было бесполезно, так как для инков право первородства не имело значения. Для них было важно только, чтобы новый Инка был королевской крови и мог править. Если старший или любимый сын, назначенный наследником, оказывался слабым или неспособным к управлению государством, то в ходе междоусобной войны или дворцового переворота его вскоре смещал более агрессивный брат. Большинство из 11 Инков, которые правили страной до этого времени, пришли к власти только после некоторой борьбы, в результате чего выдающиеся правители сменяли один другого.

Когда началась междоусобная война, Атауальпа обладал профессиональной армией, которая все еще вела бои на севере под командованием полководцев Чалкучимы, Кискиса и Руминьяви. Уаскару осталась верна большая часть его подданных. Всего за несколько лет отношения между двумя братьями развились в открытый конфликт. Народное ополчение Уаскара предприняло попытку вторгнуться в Кито, но после начального успеха было отброшено на юг, через Анды, закаленными в боях регулярными частями, верными Атауальпе. Серия сокрушительных побед китонцев завершилась поражением и взятием в плен Уаскара в генеральном сражении у Куско. Многие народы империи считали одерживающих победы китонцев врагами и захватчиками, и профессионалы отвечали им жестокостью, которой они научились во время походов на север. Атауальпа подвергнул опустошению провинцию, где жило племя каньяри, в наказание за интриги его вождя. Полководец Кискис, захвативший Куско, вознамерился истребить всех членов семьи Уаскара, чтобы избавиться от любых других претендентов. Он отослал пленного Инку на север под сильной охраной. Чалкучима, верховный главнокомандующий Атауальпы, удерживал район в центральных Андах вместе с еще одной армией, находившейся в Хаухе, в то время как полководец Руминьяви был оставлен командовать войсками в Кито. Сам Атауальпа совершал триумфальное шествие на юг вслед за своими военачальниками.

Писарро начал свой поход вдоль перуанского побережья как раз тогда, когда эта яростная гражданская война подходила к концу. Его люди увидели достаточно свидетельств недавних боев. Тумбес был разрушен. Когда Эрнандо де Сото отправился в глубь страны на разведку, он достиг города Кахаса, «пребывавшего в руинах после сражений, которые вел Атауальпа. В горах на деревьях во множестве висели тела индейцев, потому что они не согласились сдаться: ведь все эти деревни изначально принадлежали Куско [Уаскару], которого они признавали своим господином и которому они платили дань».

Когда Писарро узнал о междоусобице, он тут же понял, как полезна она ему может оказаться. Двенадцатью годами раньше Кортес блестяще сыграл на сопернических разногласиях во время завоевания Мексики. Писарро надеялся сделать то же самое.

Другим исключительным совпадением было то, что лагерь победителя — Атауальпы — случайно оказался в горах у Кахамарки, недалеко от линии движения Писарро. Донесения достигли Атауальпы, как только испанцы высадились на материке. В них сообщалось, что они занимаются грабежами и жестоко обращаются с населением. Но Атауальпа был слишком поглощен междоусобной войной, чтобы особенно беспокоиться о передвижениях 150 чужестранцев. Он был полностью занят делами своей армии, оккупированием вновь завоеванной империи, планированием своей поездки в Куско и ожиданием донесений от своих военачальников с юга. Когда Писарро со своими людьми вышел из поселка Сан-Мигель, Атауальпа еще не знал, выиграл или проиграл полководец Кискис сражение за Куско. Но он послал одного из своих близких советников все разузнать про чужестранцев. Этот благородный инка прибыл в Кахас в то время, когда там находился разведывательный отряд Сото, и сразу же произвел на испанцев впечатление своей, властью. Они отметили, что местный вождь «сильно испугался и встал, так как он не смел сидеть в его присутствии». А когда посланник прибыл в лагерь Писарро, «он вошел так непринужденно, как будто он воспитывался и всю жизнь провел среди испанцев. Выполнив свою дипломатическую миссию, он с охотою пробыл с нами два или три дня». В качестве подарков посланец Атауальпы привез фаршированных уток и два керамических сосуда в форме крепостей. Недоверчивые испанцы заподозрили, что утки, с которых была снята кожа, символизировали ту участь, которая ожидала захватчиков, а сосуды в виде крепостей должны были указать им на то, что впереди они увидят еще много крепостей на своем пути.

У посланника был также приказ доложить о численности и вооружении отряда Писарро. В течение двух дней он находился среди испанцев, ходил по лагерю, осматривая каждую деталь их вооружения, лошадей и ведя счет. Он попросил испанцев показать ему их мечи. «С этой целью он подошел к одному испанцу и коснулся рукой его бороды. Тот испанец ударил инку несколько раз. Когда дон Франсиско Писарро услышал об этом, он заявил, что никто не должен трогать этого индейца, что бы он ни делал». Посланник пригласил Писарро проследовать в Кахамарку для встречи с Атауальпой. Писарро принял приглашение и послал Инке в подарок прекрасную голландскую рубашку и два кубка из венецианского стекла.

Небольшой отряд захватчиков повернул в глубь страны и, поднимаясь в Анды, оставил позади Тихий океан. Вероятно, испанцы шли по дороге инков, двигаясь вверх по течению реки Чонгойяпе. От песков прибрежной пустыни они дошли до плантаций сахарного тростника и хлопка. По мере того как они поднимались по предгорьям Анд, долина сузилась в каньон, склоны которого были покрыты полями и террасами. У истока реки Чанкай отряд Писарро, вероятно, повернул на юг и двинулся вдоль водораздела, пересекая безлесую саванну на высоте около 13 500 футов. Испанцы испытывали тревогу, возбужденные быстрой сменой высоты; вид укреплений и сторожевых башен инков, лежащих на их пути, лишал их покоя. Но Атауальпа решил позволить чужестранцам проникнуть в горы, и его воины не предпринимали ничего, чтобы задержать их продвижение.