Между тем обстановка продолжала накаляться. К концу 1997 года стало ясно, что первым регионом, который попытаются захватить ваххабиты, будет республика Дагестан. Поэтому в начале 1998 года в город Каспийск был направлен 8-й отдельный отряд специального назначения из 22-й отдельной бригады. Спустя несколько месяцев ему на смену пришел 3-й отряд. Они сменяли друг друга до августа 1999 года, когда нападение все же произошло. Бойцы спецназа вели разведку местности, изучали систему охраны границы с чеченской стороны, выявляли каналы торговли оружием и пути реализации «левых» нефтепродуктов. С началом боевых действий спецназ занимался тем, в чем и состоит его предназначение— разведкой и диверсиями в расположении боевиков. Группировка специальных войск была усилена отрядами из всех военных округов, действиями которых руководил командир 22-й отдельной бригады спецназа.

После подавления вторжения боевиков в Дагестан спецназ вместе с остальными войсками вошел в Чечню. Занимался он в основном разведкой, подменяя войсковую разведку. В последующем спецназ стал действовать как обычно — вести поиск, устраивать засады, совершать налеты на базы боевиков, досмотры с применением вертолетов, проводить операции по борьбе с мародерами. По оценкам тех, кто воевал в Чечне, в том числе и сотрудников ФСБ, доблестней спецназа ГРУ там не воюет никто. В апреле 2001 года 22-я отдельная бригада спецназа получила звание гвардейской — первая воинская часть, которой присвоено это звание после Великой Отечественной войны.

18-я отдельная рота спецназа Зб-й общевойсковой армии

33-й отдельный отряд спецназа 12-й отдельной бригады спецназа— был направлен в Чечню в середине января 1995 года;

173-й отдельный отряд спецназа (доукомплектованного личным составом 411-го отдельного отряда спецназа) 22-й отдельной бригады спецназа. Со 2 декабря 1994 года находился в Моздоке— разведорганы вели разведку в интересах войск (перед началом и во время штурма Грозного). С декабря 1994 в составе группы «Север» участвовала в уличных боях за Грозный, при проведении спецопераций высаживала десанты по всей территории Чечни. В январе 1996 года подразделения отряда под началом майора В. Недобежкина участвовали в операции по ликвидации бандформирований Радуева в с. Первомайское. Именно это подразделение приняло на себя удар прорывавшейся из кольца окружения группы боевиков общей численностью около 200 человек. Сорок пять спецназовцев отряда уничтожили в бою 85 боевиков. В ноябре 1996 года отряд был выведен из Чечни, но с марта 1998 года спецназовцы вновь начали выполнять специальные задания на территории Дагестана и Чечни;

281-й отдельный отряд спецназа 24-й отдельной бригады спецназа;

308-й отряд спецназа 14-й отдельной бригады спецназа;

370-й отдельный отряд спецназа 16-й отдельной бригады спецназа. С 13 января по 2 мая 1995 года находился на территории Чечни. Входе второй чеченской кампании военнослужащие отряда ездили в командировки на Северный Кавказ в составе других отрядов бригады;

503-й отдельный отряд спецназа 3-й отдельной бригады спецназа. В Чечне находился с января по июнь 1995 года;

584-я отдельная рота спецназа 205-й мотострелковой бригады. В Чечне находилась с мая 1995 года по декабрь 1996 года.

691-й отдельный отряд спецназа 67-й отдельной бригады спецназа. Подразделения бригады находились в Чечне с 4 декабря 1994 года по 22 октября 1996 года. С 10 августа 1999 года отряд принимал участие в боевых действиях на Северном Кавказе. В начале 2007 года отряд выведен из Чечни к месту постоянной дислокации.

700-й отдельный отряд спецназа 2-й отдельной бригады спецназа

791-я отдельная рота спецназа 41-й общевойсковой армии

793-я отдельная рота спецназа 20-й армии. Несколько офицеров и прапорщиков в июне— августе 1996 года находились на территории Чечни в составе сводной бригады Московского военного округа. В 1998 году рота была расформирована.

800-я отдельная рота спецназа 67-го армейского корпуса. Находилась в Чечне с 15 апреля по 10 октября 1996 года. В 1998 году была расформирована.

806-я отдельная рота спецназа 1-й гвардейской общевойсковой (танковой) армии.

876-я отдельная рота спецназа 58-й общевойсковой армии. Находилась в Чечне до мая 1996 года. В основном подразделение находилось в Ханкале, их по приказу на вертолете отправляли в горы, далее пешком обрабатывали квадраты в горах, вели поиск и уничтожение непримиримых, сами, или артнаводкой, или авиацией, занимались ликвидацией нефтеперегонных заводов, поиском и освобождением пленных, пленением моджахедов. В мае 1996 года рота участвовала в штурме Бамута.

1071-й Отдельный учебный полк спецназа Ленинградского военного округа. В период Первой чеченской войны полк направил группу офицеров и сержантов во 2-ю бригаду спецназа для формирования сводного отряда, который принимал участие в уничтожении бандформирований на территории Чечни.

Начиная с 1979 года сначала советский, а затем и российский спецназ постоянно находится в зоне боевых действий. Если до 1988 года это был Афганистан, то затем география расширилась. С 1989 года по 1992 год— Средняя Азия и Закавказье. 1992–1993 годы — Таджикистан. 1993 год — Северная Осетия и Ингушетия. С 1994 года по 2010 год — Чечня. В 1997–1999 годах— Дагестан. 2008 год— Южная Осетия и Абхазия. Все это на территории бывшего СССР. А ведь была еще Югославия— 1999–2001 годы. Впрочем, в 2014 году спецназ участвовал в решение несвойственной для себя задачи — воссоединения России и Крыма.

Конец восьмидесятых — начало девяностых годов прошлого века было ознаменовано массовыми общественными беспорядками, а также вооруженными выступлениями боевиков всевозможных сепаратистских группировок.

В 1988–1989 годах три отряда 12-й бригады спецназа принимали участие в наведении конституционного порядка в Закатальском районе Азербайджана и в Тбилиси. В 1991 году— в Нагорном Карабахе и Северной Осетии.

173-й отряд спецназа 22-й бригады спецназа с апреля по июнь 1990 года и с мая по июль 1991 года 173-й принимал участие в урегулировании конфликта в Нагорном Карабахе; группы отряда, действуя на территории Армении, в районе н.п. Наямберян и Шавар Шаван, уничтожили 19 градобойных орудий, которые обстреливали населенные пункты Азербайджана. Так же он участвовал в наведении порядка в Баку и в Республике Северная Осетия во время осетино-ингушского конфликта.

По приказу Генштаба 5-я отдельная бригада спецназа почти в полном составе (805 спецназовцев) с 24 января по 3 марта 1990 года выполняла правительственное задание по стабилизации обстановки в Армянской ССР. Командовал бригадой полковник Владимир Бородач.

«В период с 24 января по 3 марта 1990 года бригада выполняла правительственное задание по стабилизации обстановки в Армянской ССР. Для этих целей привлекался личный состав в количестве 805 человек. Подразделения бригады в полном боевом снаряжении, с боеприпасами и штатным оружием, с необходимой автомобильной техникой в 12.30 загрузились на 22 самолета Ил-76 на аэродроме Мачулищи и в 14.00 покинули Белоруссию. Через три часа все самолеты благополучно приземлились в аэропорту города Еревана. В течение 40 дней личный состав бригады, располагаясь в полку связи на окраине Еревана, занимался боевой подготовкой и выполнял отдельные, поставленные старшим командованием задачи. Весть о прибытии бригады быстро облетела столицу Армении и отрезвляюще подействовала на особо ретивых "повстанцев". Во время проведения занятий по физической подготовке, тактико-специальной подготовке среди толпы наблюдателей, расположившихся на заборах и балконах близлежащих домов, частенько можно было заметить "профессиональных наблюдателей", которые высоко оценили боевую подготовку разведчиков. В результате этого все вопросы решались мирным путем, без кровопролития и обстановка в Ереване заметно стабилизировалась. Таким образом, можно сделать вывод, что одно только присутствие хорошо обученной 5-й отельной бригады спецназа сыграло важную роль в стабилизации обстановки в Армении. 3 марта 1990 года личный состав бригады в таком же порядке убыл из Армении. Ряд офицеров, прапорщиков, сержантов и солдат за образцовое выполнение служебных обязанностей были представлены к правительственным наградам, однако все представления остались нереализованными».