20 июня нарком внутренних дел СССР направил наркому обороны сообщение № 2515/б/сс, в котором отмечалось, что 19 июня в Литве «среди рабочих, а также русского населения настроение приподнятое. Комсостав наших частей приглашают домой, дарят цветы. Предлагают свои услуги по организации рабочих дружин, указывают по своей инициативе адреса полицейских, стражников. […] 19-го вечером по радио объявлено о введении в городе чрезвычайного положения, запрещено хождение по улицам с 23 до 4 часов, виновные в нарушении будут привлекаться к годичному заключению в концлагери или к 3 месяцам тюрьмы и штрафу до 5 тысяч лит.

О введении чрезвычайного положения запрашивалось мнение нашего полпредства и, несмотря на отрицательный ответ тов. Позднякова, чрезвычайное положение было введено»[1406].

Тем временем во второй половине дня 15 июня в Литву прибыл заместитель наркома иностранных дел СССР В.Г. Деканозов, который был уполномочен советской стороной на ведение переговоров по всем вопросам двусторонних отношений. Однако в связи с бегством литовского президента за границу в Каунасе возникла некоторая неразбериха относительно того, с кем советский представитель должен был вести переговоры. 16 июня в 10.40 в советское полпредство в Каунасе позвонил исполняющий обязанности министра иностранных дел Литвы и сообщил, что «сегодня утром президент Сметона выехал за границу. Добавил, что, несмотря на то, что к нему были посланы специальные люди уговорить его не покидать страну, Сметона отказался от поста президента и выехал». По разъяснению литовского дипломата, «полномочия президента, согласно Конституции, перешли к премьер-министру, то есть Меркису. Важно отметить, что Меркис подал в отставку еще утром, 15 июня, то есть за день до бегства президента, и отставка Меркиса была Сметоной принята. Т. о., на сегодня Литва не имеет президента и имеет правительство, находящееся в отставке»[1407]. В тот же день в Литве было официально объявлено, что «вчера, 15 июня, президент Республики Антанас Сметона отбыл за границу. Его отъезд при создавшихся обстоятельствах правительство считает отставкой с поста президента Республики. Обязанности президента Республики в соответствии со ст. 72 Конституции Литвы исполняет премьер-министр Антанас Меркис»[1408].

15–16 июня по всей Литве было распространено воззвание ЦК Компартии Литвы, в котором констатировалось, что действия СССР пресекли происки литовских реакционных сил и их империалистических покровителей и обеспечили защиту независимости Литвы. Были сформулированы требования к новому правительству, которое «должно будет не на словах, а на деле выполнять договор с СССР и отстаивать интересы народа. С этой целью народу должны быть возвращены демократические права; немедленно должны быть освобождены из тюрем и концлагерей все политзаключенные»; должны быть легализованы Коммунистическая партия и профсоюзы, арестованы агенты империалистических держав и запрещена партия таутининков[1409]. Уже 16 июня в Каунасе, Вильнюсе, Паневежисе и других городах прошли демонстрации и митинги населения, на которых выдвигались требования создания нового, народного правительства и освобождения политзаключенных[1410]. В тот же день в ходе контактов между советским полпредством и ЦК КПЛ о главе нового правительства была согласована кандидатура Ю. Палецкиса.

17 июня исполняющий обязанности президента Литвы А. Меркис утвердил новое правительство во главе с Ю. Палецкисом[1411]. В тот же день Меркис ушел в отставку и обязанности президента стал исполнять Палецкис, а с 24 июня исполняющим обязанности премьер-министра стал В. Креве-Мицкявичус[1412]. Правительство объявило амнистию политических заключенных. В результате, как доложил в Москву в 23.45 18 июня сотрудник советского полпредства в Литве Ф.Ф. Молочков, в 18 часов из тюрьмы в Каунасе было освобождено 104 политзаключенных. «Политзаключенные были восторженно встречены огромной толпой, заполнившей улицы города. Под приветственные возгласы, осыпаемые цветами, освобожденные прошли в специально отведенный для них особняк. Создан комитет помощи освобожденным под председательством Палецкой и Гиры. Из толпы выкрикивали приветственные лозунги по адресу Советского Союза, а также Литовского правительства. Были лозунги: “Да здравствует Советское правительство Литвы во главе с Палецкисом”. Завтра в Каунас прибывают освобожденные политзаключенные из тюрем и концлагерей»[1413]. Всего в Литве в июне – августе 1940 г. по амнистии было освобождено 516 политзаключенных[1414].

17–18 июня во всех крупных населенных пунктах Литвы состоялись массовые митинги и демонстрации в поддержку нового правительства. С 18 июня началась замена высшего звена чиновников в государственном аппарате, стала создаваться народная милиция[1415]. В тот же день было опубликовано заявление Ю. Палецкиса о политике нового правительства, в котором, в частности отмечалось, что «во внешней политике новое правительство будет поддерживать нормальные отношения со всеми государствами. Первостепенной задачей правительства будет установление подлинно сердечных и дружественных отношений с Советским Союзом, с которым у Литвы существует тесный союз на основе пакта о взаимопомощи»[1416]. 19 июня новое правительство Литвы издало закон о роспуске партии таутининков[1417].