Во время Московской битвы и последующей зимней кампании Жигарев и его штаб координировали действия ВВС намного эффективней, чем это делалось во время предыдущих оборонительных операций. Тем не менее, когда вермахт в середине октября угрожал Москве, Ставка разделила все управляющие структуры ВВС на два эшелона. Первый, включая военный совет УВВС, оставался в Москве, в то время как второй эшелон эвакуировали в безопасный Куйбышев{124}. По окончании Московской битвы Ставка 26 апреля 1942 года вновь назначила Жигарева командовать ВВС Дальневосточного фронта, а взамен него командующим ВВС стал генерал-лейтенант А. А. Новикова, занимавший этот пост до конца войны и добившийся больших успехов.

По рекомендациям Новикова НКО в марте 1942 года продолжил реорганизацию ВВС, выведя из-под управления фронтов дальнебомбардировочную авиацию (ДБА), переименовав ее в авиацию дальнего действия (АДД) и передав под управление Ставки. Начальником АДД стал генерал-лейтенант авиации А. Е. Голованов{125}. 38-летний Голованов уже имел внушительный послужной список в дальнебомбардировочной авиации: с февраля по август 1941 года он командовал 212-м полком дальнебомбардировочной авиации, а с августа и до своего назначения начальником ДБА/АДД — недавно сформированной 81-й дивизией дальнебомбардировочной авиации. Головокружительный карьерный взлет Голованова от подполковника в июне 1941 года до главного маршала авиации в 1944 году прервался в декабре 1944 года его назначением командующим 18-й воздушной армией{126}.

Под руководством Новикова на протяжении 1942–1943 годов организационная структура ВВС постоянно улучшилась, а боевая эффективность авиации значительно возросла. Например, в мае 1942 году НКО начал по рекомендации Новикова формировать самостоятельные воздушные армии для поддержки действующих фронтов и отдельные авиакорпуса для резерва В ГК, создав к концу года 17 первых и 13 последних. В тот же период Новиков разработал и применил на практике концепцию воздушного наступления. Эти и другие организационные и оперативные меры позволили ВВС добиться к середине лета 1943 года воздушного превосходства над Люфтваффе.

ВВС располагало внушительной сетью учебных заведений, высшим из них на протяжении всей войны была Военно-воздушная академия командного и штурманского состава, располагавшаяся в Москве и Оренбурге. Выпускники военного времени этой академии составляли более 70 процентов пилотов и штурманов ВВС и большинство их старших командиров{127}.

Накануне войны Главное управление ПВО страны (ГУПВО страны) управляло и руководило всеми противовоздушными силами Красной Армии, а также службами раннего предупреждения. Начальником его был генерал-полковник Г. Н. Штерн, который в марте 1941 года заменил на этом посту первого начальника ПВО, генерал-майора Д. Т. Козлова{128}. Хотя войска ПВО находились под оперативным управлением Генштаба, ГУ ПВО страны отвечало за планирование противовоздушной обороны страны, руководило боевой подготовкой и боевым применением всех сил ПВО, а в случае войны должно было готовить для противовоздушной обороны театр военных действий{129}.

Когда началась война, силы Красной Армии, предназначенные для противовоздушной обороны страны (ПВО страны[66]) находились в самом разгаре реорганизации, вызванной сокрушительной эффективности Люфтваффе во время покорения немцами Западной Европы и невысокой боевой отдачей собственной противовоздушной обороны во время советско-финской войны{130}. 14 февраля 1941 года ЦК ВКП(б) и Совет Народных Комиссаров приняли постановление, предписывающее НКО реорганизовать противовоздушную оборону страны и систему раннего предупреждения{131}.

В последующие три месяца НКО реорганизовал ПВО страны, разделив ее на зоны ПВО, которые соответствовали военным округам и оборонялись недавно сформированными корпусами и дивизиями ПВО. Эти зоны, в свою очередь, подразделялись на районы и пункты ПВО, в которых только что образованные отдельные бригады ПВО обеспечивали защитой крупные города и важные политические и экономические объекты. Все воздушные и наземные войска ПВО, хотя и подчинявшиеся ПВО страны, действовали в этих зонах и подчинялись заместителям командующих военными округами по противовоздушной обороне — за исключением частей истребительной авиации, которые напрямую подчинялись ВВС округов, и зенитных войск, входящих в полевые войска этих округов{132}. При такой организации командующие зонами ПВО отвечали за защиту всех потенциальных целей вражеских налетов в своих зонах, а командиры корпусов, дивизий и бригад ПВО отвечали за оборону своих районов ПВО{133}.

Помимо реорганизации ПВО страны в целом, постановление 1941 года также реорганизовало и систему воздушного наблюдения, оповещения и связи (ВНОС), укомплектованную специально для этого созданными полками, батальонами и ротами ВНОС и радио-батальонами ВНОС. Как правило, они действовали под руководством ПВО страны, но в некоторых случаях подчинялись полевым войскам Красной Армии (фронтам военного времени, армиям, корпусам и дивизиям мирного времени){134}. В оперативном отношении эти силы ВНОС отвечали за наблюдение, обнаружение и оповещение о приближении вражеских самолетов, используя для этого сложную систему наблюдательных постов и радиолокационных станций (РЛС)[67]. В июне 1941 года система ВНОС включала в себя густую сеть постов визуального наблюдения за воздухом, развернутую у границ страны на глубину в 150–250 километров и от 20 до 120 километров вокруг важных объектов в глубине страны. Обслуживалась эта система шестью полками ВНОС, 35 отдельными батальонами ВНОС, пятью ротами ВНОС и четырьмя отдельными радио-батальонами ВНОС. Из них один полк ВНОС, 19 отдельных батальонов и три роты обслуживали посты ВНОС в западных военных округах{135}.

Исключая подчиненные ей структуры ВНОС, ПВО страны в июне 1941 года включала в себя 13 зон ПВО, три корпуса ПВО, две дивизии ПВО, девять отдельных бригад ПВО, 28 отдельных зенитно-артиллерийских полков, 109 зенитно-артиллерийских дивизионов и другие части меньшей численности{136}. Вместе с силами ВНОС войска ПВО имели 182 000 человек, 3329 зенитных орудий среднего калибра и 330 орудий малого калибра, 650 зенитных пулеметов, 1500 зенитных прожекторов, 850 заградительных аэростатов и до 45 станций обнаружения. Эти силы поддерживались 40 полками истребительной авиации, оснащенными примерно полутора тысячами боевых самолетов{137}.