После развертывания сил и средств радиоразведки на Балтийском море, основываясь на его опыте, командование ВМС РККА приступило к ее восстановлению на других морях.

30 декабря 1937 года ВМС РККА были выделены в отдельный вид вооруженных сил — Военно-Морской Флот (далее — ВМФ) СССР. Во вновь созданном Наркомате ВМФ было организовано Управление разведки, в котором предусматривалось 7-е отделение (позже — 11-й отдел) для организации дешифровальной работы в ВМФ.

В результате МСБМ стали называться Балтийским флотом (далее — БФ), а МСЧМ — Черноморским флотом (далее — ЧФ). Во время Великой Отечественной войны произошло становление ДРС БФ, ЧФ и Наркомата ВМФ как важнейших элементов радиоразведки ВМФ.

Криптологические курсы, организованные при Академии ГШ РККА, в мае 1939 года и феврале 1941 года направили на флот свыше 40 специалистов, которые стали «ядром» морской ДРС в период войны.

Достаточно незначительная по численности, не превышавшая 150 человек, ДРС ВМФ показала огромную результативность и эффективность. Не имея на вооружении даже элементарного оборудования для механизации трудоёмких процессов, работая в прифронтовой полосе в условиях постоянного боевого воздействия противника, ДРС ВМФ беспрестанно давала достоверные разведывательные данные самого разнообразного характера, в том числе и стратегического значения.

Утро 22 июня 1941 года оказалось памятным для ветеранов ДРС ЧФ сменой всех контролируемых до этого шифровальных средств противника. Но уверенность в своих силах, целенаправленность и профессиональное мастерство помогли. После непрерывного 3-суточного «штурма» неприступная «цитадель» новых шифров противника была взята — 25 июня началось чтение их шифровок.

Наиболее важным источником информации явилась переписка румынского ГШ со своей миссией связи при фельдмаршале Эрихе фон Манштейне. В результате её чтения командование ЧФ имело исчерпывающую информацию не только о текущей боевой обстановке, но и о некоторых стратегических замыслах противника. Вот несколько примеров полученной информации от криптоаналитиков ЧФ:

— боевые приказы о штурме Одессы, Севастополя, Новороссийска;

— планировавшееся направление главного удара в районе Курска в предстоящей летней кампании 1943 года;

— подготовка покушения на глав правительств союзных держав во время предстоящей Тегеранской конференции;

— условия, при которых Турция вступит в войну с Советским Союзом;

— план вывода (или уничтожения) румынского флота, разработанный немцами в связи с наступлением советских войск.

Уже летом 1942 года Верховный главнокомандующий Йосиф Виссарионович Сталин высоко оценил работу ДРС ЧФ, заявив: «Если бы не было разведки Черноморского флота, я не знал бы обстановки на Юге».

ДРС БФ за период 1941—43 годов раскрыла 256 шифров и кодов Германии и Финляндии, благодаря чему прочитала 87362 криптограммы, а это около 100 сообщений в день.

Чтение переписки береговых постов немецкой, финской и шведской служб радиоразведки позволяло получать самые ценные данные о фарватерах, свободных для плавания, о минной, гидрографической и метеообстановке на Балтийском море, об интенсивности движения судов и системе их защиты, представлявшей первостепенный интерес для командования флота при планировании боевой деятельности ПЛ и морской авиации.

В целом, криптоаналитики ДРС БФ работали целеустремленно и эффективно, даже когда находились в блокадном Ленинграде. Основные усилия были сосредоточены на Германии (направление возглавлял капитан-лейтенант Семёнов). Накапливался опыт, появлялась возможность более углубленного анализа криптосистем, исследование которых раньше не велось из-за недостатка сил и средств. Однако начатые работы были прекращены по завершении войны, а ДРС БФ была расформирована.

Боевые задачи, которые были поставлены перед ДРС Северного флота (далее — СФ), определялись целями флота, роль которого оказалась достаточно своеобразной по сравнению с другими флотами. Кроме активной борьбы на морских коммуникациях противника СФ осуществлял защиту наших внешних морских путей с Великобританией и США в выделенной операционной зоне.

Самый немногочисленный отряд криптоаналитиков ДРС СФ (за всю войну через службу прошло всего 15 человек) справился со всеми задачами. Главным объектом ДРС СФ была авиация противника. За все годы войны было раскрыто 9 кодов и 575 их вариантов и перешифровальных средств, прочитано свыше 55 тысяч криптограмм, что позволило полностью контролировать всю «закрытую» переписку немецких ВВС.

За годы войны ДРС СФ аналитическими методами было раскрыто 26 шифров и 13 кодов, использовавшихся силами береговой обороны, аварийно-спасательной, маячной и радионавигационной службами, в результате чего прочитано около 3 тысяч криптограмм.

Советская радиоразведка так же активно работала за Полярным кругом. Радиоперехват вели специальные береговые радиостанции, морские суда, в том числе, гражданские полярные станции. Полученная информация тщательным образом анализировалась военно-морской разведкой СФ. В результате этих мер удалось установить районы действия немецких ПЛ.

Маршруты морских конвоев стали прокладывать в обход опасных участков. При невозможности обойти опасный участок туда направлялись дополнительные противолодочные силы и усиливалась охрана транспортных судов. Эти меры позволили существенно снизить потери наших судов от действий немецких подводников, а в некоторых случаях и уничтожить вражеские ПЛ.

В годы Гражданской войны и военной интервенции весь корабельный состав Сибирской флотилии РККФ был практически потерян. Часть кораблей были уведены за границу, другие пришли в негодность из-за развала промышленной и ремонтной базы.

В годы восстановления народного хозяйства в составе Морских сил Дальнего Востока (далее — МСДВ) насчитывалось лишь несколько сторожевых кораблей, катеров и судов морской пограничной охраны.

К концу 1931 года Япония захватила Маньчжурию, создала там марионеточное государство Маньчжоуго и начала подготовку к новой войне, мечтая о захвате советского Приморья, Дальнего Востока и Сибири. Обеспечение неприкосновенности морских рубежей государства на Дальнем Востоке стало актуальной задачей МСДВ.

К 1932 году в МСДВ были восстановлены, достроены и частично модернизированы все ценные в боевом отношении корабли. Началось строительство новых кораблей и боевых средств, обеспечившее появление советского флота на Тихом океане.

Развертывание радиоразведывательных подразделений на Дальнем Востоке стало насущным делом и для РККА. С 1932 года по единой комплексной программе РУ, а также поставленных задач по обеспечению боеготовности армии и флота в связи с возросшей военной угрозой начала создаваться система дальневосточной радиоразведки.

Так, по приказу начальника штаба РККА в Хабаровске был сформирован отдельный разведывательный радиовзвод, который к маю 1932-го был развернут в 8-ю отдельную тяжелую радиопеленгаторную роту.