9 августа в Мелкую губу прибыл и Циволька.

«Новая Земля», выйдя за бар, был встречен штилями, очень медленно продвигался вперед. 2 июля, когда он находился на параллели мыса Городецкого, поднявшийся северо–западный ветер, вскоре усилившийся до шторма, заставил его повернуть обратно и укрыться у Трех островов. Первый же шторм показал низкие морские качества новой шхуны. Вот как о том пишет сам Циволька: «… при первом же крепком ветре увидели мы дурные качества нашего судна, худой ход бейдвинд, около двух узлов, дрейф величайший и валкость, сверх того, приводили нас много раз в самое затруднительное и опасное положение; купеческие суда и лодьи, и даже лодки обходили нас, как будто стоящих на якоре, несмотря, что подняты все паруса и даже сделаны из брезентов и клетневой парусины лисели». Отсюда понятно, как трудно и даже невозможно было бороться Цивольке со штормом. С этого времени и начались у команды «Новой Земли» мытарства, которые преследовали ее до самого прихода в Мелкую губу.

Выйдя из Трех островов 5 июля с попутным юго–восточным ветром, к полудню следующего дня Циволька достиг Святого Носа и вознамерился идти к острову Нокуев, чтобы исследовать и ограничить здесь предполагаемую банку. Однако сильный северозападный ветер заставил его повернуть к Канину Носу, куда он пришел 8 августа. Неожиданно для русских путешественников шторм стих и перешел в полный штиль, периодически сменяемый легким ветерком с разных румбов. Такая погода продолжалась до 17–го числа, когда задувший от запада ветер принес шхуну на параллель мыса Бритвина (Новая Земля). Отсюда до места встречи с Моисеевым, то есть до Мелкой губы, осталось около 90 миль (примерно 157 верст), но в этот же день начавшийся сильный северный ветер заставил Цивольку повернуть на обратный курс Он попробовал лавировать, но «судно стало заливать; один вал поддал столько воды, что «Новая Земля» не стала больше подыматься; фальшборты прорубленные едва успевали спускать воду с палубы; видя невозможность держаться, спустились на S, прямо по ветру, в намерении итти к Колгуеву; положение наше было немногим лучше. 19–го к полудню ветер перешел на NW и стал стихать; мы легли к Новой Земле на NNO; к полуночи стало (опять) столь свежо, что принуждены (были) спустить стеньги на найтовы, а реи в ростры, чтобы держаться к ветру под подрифленными всеми рифами фок–стакселем и гротом Пополудни 20 числа сделался почти шторм; (мы) снова (были) принуждены спуститься по ветру на ONО и О, имея брифок аршина на два поднят. Волнение заливало нас со всех сторон, от помп не отходили. В 10 часов увидели южный Гусиный Нос на ONО; в полночь ветер перешел на NW, и, как волнение стало гораздо крупнее, но зато и правильнее, то после каждого шквала придерживались понемногу к NO; в исходе первого часа зашли в Костин Шар, а вначале второго часа утра июля 21 легли на якорь за островом Ярцовым, в закрытии от ветра. Запаслись водою и дровами. 22 числа вышли при свежем ветре от SO, но, пройдя остров Подрезов, он перешел к WNW с туманом и принудил нас идти обратно в Шар; в пасмурности нас нанесло на гребнеобразный камень у острова Подрезова; стало бить сильно; но, как тотчас выбросили за борт балласт, бочки с водою, пушки и прочее, бывшие на палубе, то судно столько облегчило, что перекинуло его через камень; течь (была) незначительна. Отошел верст пять, по причине легкого тумана легли на даглист (левый якорь. — Авт.). Пополудни 23 прояснилось, и мы стали держаться под парусами около средины устья Шара при маловетриях с разных сторон. К вечеру за штилем стали на верп (легкий завозной якорь. — Авт.) а к полуночи задул NW и заставил нас снова спуститься за остров Ярцов». Встретив здесь промышленников, возвращающихся в Архангельск, Циволька послал с ними почту, простояв за Ярцовом несколько дней, пережидая шторм Он вышел из Костина Шара и 9 августа был уже в Мелкой губе. Придя в губу, команда «Новой Земли» немедленно разгрузила шхуну и, вытащив ее на берег, стала здесь на зимовку.

На берегу губы уже были выстроены 2 жилые избы. В большей избе разместился Циволька с командой. А в меньшей — его помощник прапорщик С. Моисеев и два кондуктора (Рогачев и Кернер), которым было поручено проведение метеорологических наблюдений. Становые избы экспедиции были просторны. Большая изба имела по длине 5 саженей, по ширине — 3,5 сажени и внутреннюю высоту 8 футов, с крутой крышей и с русской печью посредине. Вторая изба, где жила группа Моисеева, была длиною и шириною по 2,5 сажени, при высоте 7 футов и также с русской печкою, но только в углу. Стены внутри изб были выбелены. Пространство между домами, забранное частью досками, частью рангоутом со шхун, служило сенями, где помещались собаки, из которых по четыре, посменно, выпускались на свободу, чтобы в случае прихода медведей они давали знать об этом своим лаем. Устроив зимовье, экспедиция приступила к работам по описи берегов.

Сам Циволька решил идти на карбасе вдоль западных берегов Новой Земли и, обогнув ее с севера, вернуться вдоль восточных берегов к Маточкину Шару. Моисееву же приказал он пойти на шхуне в Крестовую губу и, оставив здесь судно в безопасном месте, пройти на шлюпке по предполагаемому здесь проливу на восточный берег острова. А затем — начать подъем на север до встречи с группой Цивольки. На случай если бы предполагаемый Крестовый пролив был забит льдом или бы вообще не существовал, то пройти на восточный берег пешком и, оставить здесь, у приметного места, возможно больше провизии, возвратиться в Крестовую губу и описать ее.

20 августа Циволька с командой из 6 человек вышел на карбасе на север, но, дойдя до мыса Прокофьева, был задержан дурной погодой здесь на два дня. Внезапно сильно заболев, Циволька был вынужден вернуться к зимовью, где успел застать команду прапорщика Моисеева. В этих условиях он изменил задачу второй группе и обязал ее только описать Крестовую губу.

Через неделю, 27 августа, Моисеев вышел на шхуне в открытое море, но, в тумане и при снежной погоде пройдя мимо Крестовой губы, на следующий день вошел в северную Сульменеву губу и приступил к ее описи. 8 сентября, окончив эти работы, он пошел к Крестовой губе, где долго не задержался и через трое суток вернулся к зимовью.

20 октября Мелкая туба покрылась льдом, а 4 ноября наступила полярная ночь. Помимо повседневных работ, главным образом заключавшихся в разделке дров и добывании воды из снега, команды занимались ловлей песцов и охотой на медведей, иногда посещавших зимовье. Баня топилась еженедельно, причем каждый раз перед ней производился осмотр моряков фельдшером Чтобы избавиться от ежедневной околки льда около шхуны «Шпицберген», судно было вытащено на лед и поставлено на опоры.

Первая половина зимы прошла для участников экспедиций благополучно, хотя уже в декабре месяце обнаружились первые признаки заболевания среди команд. Зима прошла в трудных условиях: в застойном воздухе дома и при отсутствии свежих продуктов цинга быстро нашла свои жертвы. Ни тщательный уход за больными, ни лекарства не помогали.

Сначала, 14 февраля 1839 года, умер первый матрос — Федор Тараканов, который «с самого выхода из Архангельска был хвор». Затем 16 (28) марта скончался сам Август Циволька, вслед за ним, потеряв надежду на возвращение, один за другим, еще 7 матросов (Андрей Михайлов. Василий Хабаров, Гавриил Воронов, Гавриил Гладкий, Анатолий Листов, Алексей Замятин и Мина Косков). В конце апреля здоровых членов экспедиции насчитывалось лишь три человека. Выживших спас прапорщик корпуса флотских штурманов С. Моисеев, который в тяжелейших условиях привел обе шхуны к материку, не забыв при этом закончить экспедиционную программу.