Нетрудно понять, что большая часть еретиков уцелела. Притворно «покаявшись» (а иудейская мораль, которую они исповедывали вслед за своими наставниками, позволяет лжесвидетельствовать), многие жидовствующие оказались разосланы по всей стране, разнося свою ересь и заражая ею окружающих. После разгрома 1504 года они стали намного осторожнее. Начался латентный период этой духовной болезни. За полвека ересь разрослась и проникла в массы монашества и священства. Как и все тайные общества, ересь жидовствующих оказалась на редкость живуча (и, к слову сказать, дожила до наших дней). Во второй половине XVI века еретики решили воспользоваться политическими неурядицами и поддержали новгородских сепаратистов и партию удельных князей в их борьбе с центральной властью.

Усилился в то время и натиск иудеев на Православную Русь. Особенно активизировались еврейские «купцы» из Польши, где польский король Сигизмунд-Август отдал в аренду кагалу почти все. Однако под видом купцов приезжали в Россию пропагандисты ересей, шпионы и даже отравители. Иоанн Грозный распорядился закрыть для иудеев русскую границу.

После чего Сигизмунд прислал в Москву грамоту: «Докучают нам подданные наши, жиды, купцы государства нашего, что прежде изначала при предках твоих вольно было всем купцам нашим, христианам и жидам, в Москву и по всей земле твоей с товарами ходить и торговать; а теперь ты жидам не позволяешь с товарами в Государство свое въезжать».

В ответ на это царь Иоанн писал: «Мы к тебе не раз писали о лихих делах от жидов, как они наших людей от христианства отводили, отравные зелья к ним привозили и пакости многие нашим людям делали: так тебе бы, брату нашему, не годилось и писать о них много, слыша их такие злые дела» (Соловьев В.).

Таким образом, шестьдесят лет спустя после собора, осудившего ересь, перед Иоанном IV Грозным стояла та же задача, что и перед его дедом Иоанном III, отцом Василием III, святителем Геннадием Новгородским и преподобным Иосифом Волоцким: отрубить голову жидовствующей гидре. И для ее решения пользовался царь теми же методами.

Надо сказать, что русские святые в начале XVI века широко применяли в борьбе с ересью жидовствующих опыт католической инквизиции. Святитель Геннадий не только использовал в идеологической борьбе переводы с латыни (для чего был набран штат переводчиков и переписчиков). Даже берестяные колпаки, сожженные на головах еретиков по его приказу, были сделаны по образцу колпаков, одеваемых на осужденных инквизицией. (Кстати, именно в результате деятельности владыки Геннадия разрозненные до того книги Священного Писания на славянском языке были впервые сведены в единый кодекс — Геннадьевскую Библию, которая использовалась в Богослужении до XVIII века.)

Иван Солоневич в «Белой империи» пишет по данному поводу: «Вот, скажем, был Иван Грозный, и поступал этот царь вельми невежливо. Нужно рассказать, как именно он поступал. А тут же рядом, на той же странице, нужно рассказать, как в соответствующей исторической обстановке поступал, например, Людовик XI; только тогда Иван Грозный предстанет в своем истинном лике: не ужасный («le Terrible»), не страшный(«der Schrecklihe»), а именно Грозный… Инквизиции у нас все-таки не было. Варфоломеевская ночь у нас все-таки была невозможна. Правда, ересь жидовствующих была ликвидирована по способу, заимствованному нами из просвещенной Европы: было сожжено около десятка человек…»

Как известно, одной из причин, породивших инквизицию в Европе, был массовый формальный переход испанских иудеев (т. н. марранов) в христианство. Став христианами наружно, они оставались внутри, в душе, ярыми противниками Христа и продолжали творить свои непотребства, прикрываясь крещением как индульгенцией. Чтобы очистить зерна от плевел, и была создана инквизиция, выявившая многих тайных врагов Христа, которые, явно нося на себе крест Господень, в глубинах своей души сохраняли всю древнюю ненависть к Сыну Божию и Богородице.

И не потому ли уже много веков ненавидят инквизицию (и опричнину!) жиды и жидовствующие, что она пресекла их фарисейство в корне?

Так же, как и испанские марраны, русские жидовствующие отвергали учение о Святой Троице, отвергали Божественность Иисуса Христа, глумились над иконами и Святым Причастием, бросая святыни в отхожие места или попирая ногами. Потому неудивительно, что в следствии по делу жидовствующих широко использовался опыт католической инквизиции. Кстати, часто в подтверждение благонадежности Сильвестра ссылаются на то, что якобы он был приглашен в Москву из Новгорода самим святителем Макарием. Во-первых, Сильвестр действительно прибыл в Москву из Новгорода, города, ставшего гнездом всех ересей на Руси. А во-вторых, нет никаких доказательств того, что его пригласил в Москву сам митрополит Макарий. Примечательно и то, что именно во время правления временщиков Сильвестра и Адашева в Москве открывается целый ряд ересей.

Наиболее показателен пример ересиарха Матвея Башкина. Он был выдан в июне 1553 г. царю Иоанну самим же Сильвестром (при содействии Адашева) и отдан под суд. Следствие показало, что Башкин называл иконы «идолами» и хулил Самого Христа. Последнее доказывает, что ересь Башкина является вовсе не одной из разновидностей протестантизма (хотя и отвергающего иконы, но почитающего Иисуса Христа как Бога), а проявлением ереси жидовствующих.

Вскоре после начала следствия дьяк Иван Висковатый подал царю челобитную, из которой явствует, что сам Сильвестр был связан с Башкиным через еще одного тайного еретика — Артемия Пустынника. (В 1554 г. осужденного за ересь, отлученного от Церкви, сосланного на Соловки, но сбежавшего в Литву.) Розыск показал, что еретики были связаны со Старицким князем Владимиром Андреевичем и его дядьями по матери, княгине Ефросинии — Иваном Тимофеевым и Борисовым-Бороздиным.

Хотя Сильвестр и выдал Башкина царю, однако сделал он это только из опасения, как бы его недоносительство не повредило его положению при дворе. Было решено пожертвовать пешкой, чтобы сохранить ферзя у подножия царского трона. Впрочем, вскоре Башкин якобы сошел с ума и стал плести околесицу. Опасного свидетеля отправили в тюрьму. А от своего давнего знакомца Артемия Пустынника Сильвестр попросту отрекся. Но между тем смог повлиять на царя и добился сохранения жизни всем осужденным еретикам.

На протяжении нескольких лет шло следствие, и постепенно царь Иоанн пришел к выводу, что для борьбы с еретиками необходима специальная организация. Такой организацией и стала опричнина, созданная в 1565 г.

Первая половина 60-х годов XVI в. была временем больших военных и дипломатических побед России. Летом 1561 года шведский король Эрик XIV заключил с Иоанном перемирие на 20 лет, что позволило царю активизировать борьбу с Польшей и Крымом. Русские экспедиционные отряды высалились в Тавриде, вызвав панику при дворах турецкого султана и польского короля.

В том же году Вселенский Патриарх утвердил за Иоанном право на царский титул, позволивший русскому царю говорить на равных со всеми государями Европы. В 1563 году русские взяли важный стратегический пункт — город Полоцк, что открывало дорогу на Вильну — столицу Литовского княжества. Испуганный успехами русского оружия, крымский хан Девлет-Гирей счел за лучшее прекратить военные действия против России и в январе 1564 года присягнул на верность царю.