В июне 1941 года на вершине советской военной иерархии находился маршал Советского Союза Семен Константинович Тимошенко, который 8 мая 1940 года сменил бездарного К.Е. Ворошилова на посту народного комиссара обороны. Свои звезду Наркома Обороны (и героя Советского Союза) Тимошенко заслужил во время бесславной Финской войны. Как организатор наступления в феврале 1940 году, выбившего финнов из войны, он частично восстановил поблекшую репутацию Красной Армии. Бывший кавалерист и приятель Сталина во время Гражданской войны, Тимошенко получил пугающую своей сложностью задачу вновь укрепить Красную Армию накануне войны. Он попытался провести реформы, которые с тех пор носят его имя, и сделать это посреди парализующих его работу чисток, сильнейшей неопределенности международного положения, донимаемый личными предубеждениями Сталина.

Г.К. Жуков, тогдашний начальник Генерального штаба Красной Армии, позже защищал Тимошенко как старого и опытного военачальника, упрямого, наделенного сильной волей и хорошо разбирающегося в тактических и оперативных вопросах. «Как нарком обороны он был, — говорил Жуков, — намного лучше Ворошилова, и за короткое время, которое он занимал этот пост, армия начала меняться к лучшему»[72]. Жуков добавлял, что Тимошенко никогда не заискивал перед Сталиным, и несмотря на серию поражений, которые Тимошенко потерпел позже в 1941 году и в мае 1942 года под Харьковом, он все же уцелел и в конце войны получил орден «Победы» за заслуги перед Отечеством.

Тимошенко помогал заместитель наркома обороны Борис Михайлович Шапошников. Этот бывший офицер царской армии, хорошо известный своим талантом военного теоретика и независимостью, сыграл первейшую роль в создании после Гражданской войны Красной Армии и вступил в конфликт с Тухачевским по поводу интерпретации неудачной кампании последнего на Висле в 1920 году. Это, вкупе с его репутацией «военачальника высшей марки… не знающего равных по части эрудиции, профессионального мастерства и интеллектуального развития», да еще его любовь к кавалерии обеспечил его выживание в разгар чисток и назначение весной 1937 года на высокую должность начальника Генерального штаба Красной Армии — пост который он с короткими перерывами занимал вплоть до августа 1940 года. В 1930 году Шапошников был принят в коммунистическую партию, и XVII съезд партии избрал его кандидатом в члены ЦК КПСС[73]. Фундаментальный научный труд Шапошникова «Мозг Армии» подтолкнул к созданию в 1935 году Генерального штаба Красной Армии. Всегда далекий от идеологии (в партию его приняли в 1939 году)[74], Шапошников часто не соглашался со Сталиным в отношении советской оборонной стратегии, в том числе и по вопросам предвоенного планирования советской обороны. Тем не менее он все же уцелел — вероятно, потому, что Сталин не боялся этого эрудированного штабного офицера и даже уважал его за подобную неугрожающую прямоту. У Шапошникова сложились странные отношения со Сталиным: он был одним из немногих, к кому Сталин обращался по имени и отчеству.

Шапошников вернулся на пост начальника Генштаба в июле 1941 года, и после этого, вплоть до своей замены по болезни в мае 1942 года, служил архитектором заново организованного Генштаба, который обеспечил победу в войне. Во время войны он оказывал умеренное влияние на Сталина, и хотя его имя связывалось с катастрофой под Киевом в сентябре 1941 года, именно влияние Шапошникова в конечном итоге побудило Сталина считаться в руководстве войной с мнением Генерального штаба.

В июне 1941 года начальником Генштаба Красной Армии был генерал армии Георгий Константинович Жуков — кавалерийский офицер, ветеран Мировой и Гражданской войн, бывший командующий Киевским особым военным округом, где у него служил начальником штаба Ватутин, и герой сражения с японцами на Халхин-Голе в августе 1939 года. После 1937 года Жуков резко поднялся в высший командный состав, несмотря на контакты с такими попавшими под чистку командирами, как Уборевич и Егоров, под началом которых он служил. В июне 1940 года Жуков стал командующим Киевским особым военным округом и в январе 1941 года сыграл значительную роль в московских военных играх. Благодаря энергичным и умелым действиям в ходе этих игр по их завершении он сменил К.А. Мерецкова на посту начальника Генштаба. После этого назначения Жуков, под внимательным присмотром Шапошникова и в тесном сотрудничестве со своими заместителями Н.Ф. Ватутиным, Г.К. Маландиным и А.М. Василевским, первым заместителем начальника оперативного управления, работал над созданием более согласованных военных и мобилизационных планов. Несмотря на угрожающий пример чисток, Жуков обращался к Сталину с максимально возможной настойчивостью, и именно благодаря его побуждениям Сталин провел перед войной тайную частичную мобилизацию. Очевидно, Жуков призывал и к более активным мерам — но их Сталин отверг.

Командующим Жуков был энергичным, но упрямым. Он подходил к войне с упрямой решительностью. Его сила воли, иной раз с примесью безжалостности и полнейшего нежелания считаться с потерями, провела советские войска через тяжелые испытания в начальный период войны и в конечном итоге привела их к победе. Подобно американскому генералу Гранту, он понимал страшную природу современной войны и был психологически готов вести ее. Он требовал и добивался абсолютного повиновения приказам, распознавал и защищал военные таланты среди своих подчиненных и временами даже противостоял Сталину, навлекая на себя его гнев. Его операции не отличались особым хитроумием, но он умело пользовался Красной Армией как дубиной. Его характер идеально подходил к природе войны на советско-германском фронте, и Сталин это знал — ведь лишь поэтому он и вся Красная Армия, несмотря на громадные потери, вышли из войны победителями.

Первым заместителем Жукова был Н. Ф. Ватутин — представитель из ускоренного выпуска Академии Генштаба в 1937 год; бывший начальник штаба Киевского особого военного округа бывший начальник оперативного управления Генерального штаба. Описываемый своими современниками как человек, являющийся квинтэссенцией штабного офицера, Ватутин втайне горячо желал командовать войсками. Именно энергичный Ватутин составил в сентябре 1939 года план вторжения в Польшу, а июне 1940 года — в румынскую Бессарабию: Благодаря свое блестящей службе он был затем переведен в Генштаб, где сыграл видную роль в составлении под руководством Жукова, Тимошенко и Шапошникова военных и мобилизационных планов и переработке уставов Красной Армии. Когда разразилась война, Сталин, невзирая на протесты Ватутина, использовал его качестве своего личного представителя на тех ключевых участках фронта, где положение становилось угрожающим.