Столыпин знал, что если не будет применять силу (что, в свою очередь, влекло за собой неизбежные жертвы), тогда прольётся гораздо больше крови, в том числе ни в чём не повинных мирных обывателей. И здесь ему очень помогала глубокая вера, благодаря которой он сумел перенести самые тяжёлые испытания. У Столыпина были все основания написать следующие, проникнутые православным духом, строки: «Я совершенно спокоен, уповаю на Бога, который нас никогда не оставлял. Я думаю, что проливаемая кровь не падёт на меня».

А пролить крови Столыпину пришлось ещё немало… 26 апреля 1906 года он, совершенно неожиданно для всех, становится министром внутренних дел Российской империи.

Назначение состоялось следующим образом. 25 апреля 1906 года вместе с председателем Совета министров Иваном Логгиновичем Горемыкиным Столыпин находился на царской аудиенции, в ходе которой рассказал о подавлении беспорядков в губернии. На следующий день Столыпина вызвали к императору, и ему было предложено занять пост министра внутренних дел. Совершенно не ожидавший подобного предложения, он попытался отказаться, но Николай II просто приказал (ниже приведены подробности разговора в изложении самого Столыпина). Разумеется, после этого Пётр Аркадьевич возражать не мог.

Своё назначение он принял с чувством, близким к обречённости, видя, в каком катастрофическом состоянии находится страна, и не веря, что в человеческих силах что-либо изменить. Единственная надежда Столыпина была на Бога, о чём новоназначенный министр внутренних дел не стеснялся говорить прямо. Непосредственно 26 апреля он писал не только о надежде исключительно на Божью помощь, но и о том, что планирует пробыть министром не более трёх-четырёх месяцев (что вновь опровергает обвинения недоброжелателей в том, что Столыпин был, прежде всего, честолюбивым карьеристом): «Я министр внутренних дел в стране окровавленной, потрясённой, представляющей из себя шестую часть шара, и это в одну из самых трудных исторических минут, повторяющихся раз в тысячу лет. Человеческих сил тут мало, нужна глубокая вера в Бога, крепкая надежда на то, что он поддержит, вразумит меня. Господи, помоги мне.

Я чувствую, что он не оставляет меня, чувствую по тому спокойствию, которое меня не покидает…

Я задаюсь одним – пробыть министром 3–4 месяца, выдержать предстоящий шок, поставить в какую-нибудь возможность работу совместную с народными представителями и этим оказать услугу родине. Вот как прошло дело – вчера получаю приказание в 6 ч[ас]. вечера явиться в Царское. Поехал экстренным поездом с Горемыкиным. Государь принял сначала Горемыкина, потом позвали меня. Я откровенно и прямо высказал Государю все мои опасения, сказал ему, что задача непосильна, что взять накануне Думы губернатора из Саратова и противопоставить его сплочённой и организованной оппозиции в Думе – значит обречь министерство на неуспех. Говорил ему о том, что нужен человек, имеющий на Думу влияние и в Думе авторитет и который сумел бы несокрушимо сохранить порядок. Государь возразил мне, что не хочет министра из случайного думского большинства, всё сказанное мною обдумал уже со всех сторон. Я спросил его, думал ли он о том, что одно мое имя может вызвать бурю в Думе, он ответил, что и это приходило ему в голову. Я изложил тогда ему мою программу, сказал, что говорю в присутствии Горемыкина как премьера, и спросил, одобряется ли все мною предложенное, на что, после нескольких дополнительных вопросов, получил утвердительный ответ.

В конце беседы я сказал Государю, что умоляю избавить меня от ужаса нового положения, что я ему исповедовался и открыл всю мою душу, пойду только, если он, как Государь, прикажет мне, так как обязан и жизнь отдать ему и жду его приговора. Он с секунду промолчал и сказал: «Приказываю Вам, делаю это вполне сознательно, знаю, что это самоотвержение, благословляю Вас – это на пользу России». Говоря это, он обеими руками взял мою и горячо пожал. Я сказал: «Повинуюсь Вам», – и поцеловал руку Царя. У него, у Горемыкина, да, вероятно, у меня были слёзы на глазах. Жребий брошен, сумею ли я, помогут ли обстоятельства, покажет будущее. Но вся душа страшно настроена, обозлена Основными законами, изданными помимо Думы, до сформирования кабинета, и будут крупные скандалы».

В мемуаристике и позднейших исторических исследованиях назначение Столыпина вызвало много споров о том, кто именно ему способствовал при назначении, и при этом назывались разные фамилии высших сановников. Думается, что ответ здесь лежит на поверхности – царь уже ранее достаточно хорошо знал Петра Аркадьевича. Этой же точки зрения придерживался и его брат – известный журналист Аркадий Столыпин, написавший в своих воспоминаниях, что самодержец действовал «по своему личному почину». Николаю II не особенно были нужны чьи-то дополнительные рекомендации, он высоко оценивал столыпинскую энергию и личную храбрость Петра Аркадьевича при подавлении революционных выступлений в «трудной» Саратовской и в соседней Самарской губерниях. Показательно, что незадолго до назначения, в январе 1906 года, царь послал Столыпину письменную благодарность (что являлось высшей формой выражения монаршего благоволения): «Осведомившись через Министра Вн. Дел о проявленной вами примерной распорядительности, выразившейся в посылке по личной инициативе отряда войск для подавления беспорядков в пределах Новоузненского уезда Самарской губернии, и издавна ценя вашу верную службу, объявляю вам мою сердечную благодарность».

Так что спрашивается, нужна ли была после подобной монаршей благодарности Столыпину рекомендация обер-прокурора Синода князя Александра Дмитриевича Оболенского, как, например, утверждал первый биограф Петра Аркадьевича (его книга «П. А. Столыпин: Очерк жизни и деятельности» вышла уже в 1912 году) кадетский публицист Александр Соломонович Изгоев? Не более убедительны и другие построения, приписывающие лоббирование назначения Столыпина управляющему Кабинетом Его Величества князю Николаю Дмитриевичу Оболенскому или даже шурину Столыпина Дмитрию Борисовичу Нейдгардту. Последний к этому времени был смещён с должности одесского градоначальника за бездействие власти во время еврейского погрома в Одессе в октябре 1905 года (это очень ярко показывает «правдоподобность» утверждений, что погромы организовывались «по приказу из Петербурга»).

Прекрасно информированный видный думец-октябрист Аполлон Васильевич Еропкин был также абсолютно уверен, что никакая протекция не сыграла роли в назначении Столыпина министром внутренних дел. Вот его слова: «В то время, когда я путешествовал по Саратовской губернии, Пётр Аркадьевич был ещё жив и невредим. Вполне понятно, что Саратовская губерния полна рассказами о своём любимом Губернаторе, призванном прямо из Саратова на пост первого Министра Империи.

Говорят, что когда Столыпина вызвали по телеграфу в Петербург с предложением ему портфеля Министра Внутренних Дел, то он, как бы предчувствуя свою тяжёлую долю и тяжкий крест, не высказал особой радости.

«Необходимо знать, – говорил тогда Столыпин, – откуда идет это предложение: если из Совета Министров, то я постараюсь вернуться в Саратов; если же из Царского Села, тогда, конечно, я подчинюсь желанию и воле Монарха».