Фактически с 1815 г. берет свое начало период развала существующей стройной системы агентурной разведки, который продолжался 48 лет — до 1863 г. К этому приложился и отличившийся в войне с Наполеоном А. Чернышев, с 1827 по 1852 г. занимавший должности, непосредственно влияющие на состояние всех видов боевого обеспечения войск.

Первыми руководителями военной разведки и контрразведки империи были: с 29 сентября 1810 г. — флигель-адъютант полковник А.В. Воейков, с 19 марта 1812 г. — полковник А.А. Закревский, с 10 января 1813 г. — полковник П.А. Чуйкевич.

В 1832 г. — очередная реорганизация: теперь уже Генеральный штаб вошел в состав Военного министерства на правах департамента. Департамент организационно включал в себя три отделения. Второе отделение (военно-учетное) выполняло разведывательные функции, которые по-прежнему заключались в обработке информации, поступающей из Министерства иностранных дел.

10 июля 1856 г. Александр II утвердил первую инструкцию о работе военных агентов. Объектами пристального внимания агентурной разведки определены:

— организация, дислокация, боевой и численный состав сухопутных и морских сил;

— мобилизационные возможности государств, пути их реализации, планы всестороннего обеспечения войск и флота;

— передислокация войск и ее цели;

— состояние крепостных сооружений, ведущиеся фортификационные работы на побережье и в других местах;

— лагерные сборы и маневры войск;

— моральное состояние войск, настроения в среде офицерства и генералитета;

— уровень и состояние всех ветвей системы военного управления: артиллерийского, инженерного, комплектования (комиссариатского) и тылового;

— реорганизация войск, новые виды вооружений, формы одежды, изменения в уставах и наставлениях;

— развитие военной мысли, военной науки;

— карты-планы местности;

— система подготовки военных кадров, состояние военно-учебных заведений, методы преподавания военных наук, морально-психологическое состояние в курсантской среде;

— организация Генерального штаба или структуры ему аналогичной, качественный уровень его офицерского состава (списочный состав, уровень подготовки и способностей каждого офицера, перспективы служебного роста);

— передвижение войск железнодорожным транспортом: способы, численность, временные нормативы;

— военное управление, деловодство, временные показатели передачи приказаний, пути их сокращения.

Агентам предписывалось скрывать свою связь с разведкой, строго соблюдать меры бдительности и конспирации.

О принадлежности того или иного сотрудника дипломатической миссии к военной разведке знали лишь ее руководитель и заместитель руководителя. Офицер в полном объеме выполнял обязанности, предписанные ему штатным расписанием дипломатического органа и параллельно скрыто выполнял поставленные ему задачи, от степени исполнения которых зависели перспективы его дальнейшего служебного роста в армии. Агенту запрещалось без ведома начальника миссии предпринимать что-либо особенное, выходящее за рамки повседневной деятельности ее сотрудников. Офицеру рекомендовалось в точности выполнять его указания, советоваться с ним по общим вопросам.

Агент имел определенные подотчетные ему денежные суммы для оплаты работы источников информации. В случае необходимости экстренного увеличения расходов он мог истребовать недостающие финансовые средства у начальника дипломатического представительства. Добытые офицером сведения по политическим вопросам прежде докладывались «крышевому» руководителю, а затем отправлялись в Центр. Специфическая военная информация сразу же конвертовалась к пересылке в Военное министерство.

Сотрудники военной разведки того времени подразделялись на следующие категории:

а) генералы и офицеры управленческого звена:

— генерал-квартирмейстеры генерал-квартирмейстерской части Генерального штаба Военного министерства;

— офицеры генерал-квартирмейстерской части Генерального штаба Военного министерства;

— генерал-квартирмейстеры штабов военных округов;

— офицеры генерал-квартирмейстерских частей штабов военных округов;

б) генералы и офицеры, непосредственно занимающиеся вопросами организации и ведения стратегической агентурной разведки и оперативной агентурной разведки за границей:

— гласные военные агенты за рубежом;

— агенты-ходоки (офицеры Генштаба, отправляемые с секретной миссией за рубеж в мирное время);

в) переменный состав агентурной разведки (агентура):

— негласные военные агенты за рубежом;

— конфиденты;

— агенты-ходоки (лазутчики, засылаемые в тыл противника накануне войны и с началом боевых действий).

По состоянию на конец 1856 г. за границей работали следующие офицеры:

— флигель-адъютант полковник Альбединский П.П. - в Париже;

— флигель-адъютант полковник Игнатьев Н.П. - в Лондоне;

— полковник барон фон Торнау Ф.Ф. - в Вене;

— штабс-капитан Франкини — в Константинополе;

— генерал-майор граф Штакельберг — в Турине (до этого находился в Вене);

— полковник Гасфорт В.Г. - в Неаполе.

В первой половине 1863 г. Военное министерство пережило очередную реорганизацию. Департамент Генерального штаба (по сути дела, Генеральный штаб в нынешнем понимании) стал Главным управлением Генерального штаба (ГУГШ) Военного министерства. Теперь разведкой занимались:

— 2-е азиатское отделение — «Азиатская часть»;

— 7-е военно-учетное отделение (бывшее 3-е) — начальник полковник Ф.А. Фельдман.

В этот период увеличилась общая численность военных агентов, находящихся за границей. Среди прочих офицеров за рубежом работали:

— флигель-адъютант полковник Витгенштейн — в Париже;

— генерал-майор барон фон Торнау Ф.Ф. - в Вене;

— генерал-адъютант граф Адленберг 3-й Н.В. - в Берлине;

— генерал-майор Гасфорт — во Флоренции (ранее был в Неаполе);

— полковник Новицкий — в Лондоне;

— полковник Франкини — в Константинополе.

В сентябре 1863 г. император Александр II в качестве эксперимента на два года утвердил Положение и Штаты Главного управления Генерального штаба. Новая структура включала в себя среди прочих подразделений:

— 2-е разведывательное отделение (азиатское);

— 3-є разведывательное отделение (военно-учетное).

Разведывательные отделения подчинялись вице-директору разведывательной части ГШ.

Азиатское отделение в составе 8 человек выполняло те же задачи, но сфера его интересов ограничивалась странами Азии, непосредственно примыкающими к российским рубежам.