А 24 июня на флот доставили высочайший указ от 4 июня 1829 года относительно пленения «Рафаила». В императорском указе адмиралу Грейгу после слов восхищения подвигом экипажа и командира брига «Меркурий» содержались гневные выражения в адрес капитана 2-го ранга Стройникова: «Вместе с донесением вашим о блистательном подвиге брига “Меркурий”, мужественно вступившего в бой с двумя неприятельскими линейными кораблями, предпочитая очевидную погибель бесчестию плена, получил я прилагаемый при сем рапорт командира фрегата “Рафаил” капитана 2-го ранга Стройникова. Вы увидите из сей бумаги, какими обстоятельствами офицер этот оправдывает позорное пленение судна, ему вверенного, выставляя экипаж оного воспротивившимся всякой обороне; он считает это достаточным для прикрытия собственного постыдного малодушия, коим обесславлен в сем случае флаг Российский. Разделяя справедливое негодование, внушенное без сомнения всему Черноморскому флоту поступками, столь недостойными оного, повелеваю вам учредить немедленно комиссию, под личным председательством вашим, для разбора изложенных капитаном Стройниковым обстоятельств, побудивших его к сдаче фрегата. Заключение, которое комиссиею сделано будет, вы имеете представить на Мое усмотрение. Уповая на помощь Всевышнего, пребываю в надежде, что неустрашимый флот Черноморский, горя желанием смыть бесславие фрегата “Рафаил”, не оставит его в руках неприятеля. Но когда он будет возвращен во власть нашу, то почитая фрегат сей впредь недостойным носить флаг русский и служить наряду с прочими судами нашего флота, повелеваю вам предать оный огню».

Адмирал Грейг в приказе по флоту объявил о воле императора Николая I, выраженную в указе от 4 июня, и обязал всех командиров кораблей, и в особенности фрегатов, в случае встречи с неприятельским флотом обратить главное внимание на овладение бывшим фрегатом «Рафаил», чтобы сжечь его, истребив тем самым самую память о нем. С этих пор ни одно новое судно русского флота не должно было носить это имя.

В конце июля на Черноморском флоте были получены переправленные бароном Гишем рапорты Стройникова, Киселева и Полякова. Во всех трех объяснительных было в принципе написано одно и то же. А потому ограничимся рапортом командира «Рафаила», который представляет для нас особый интерес. Итак, что же писал о сдаче в плен своего фрегата капитан 2-го ранга Стройников?

«Фрегат “Рафаил”» снялся с Сизопольского рейда утром 10 мая, при маловетрии между S и W нашел шквал с дождем от WNW, почему в предосторожность, были закреплены все паруса и фрегат оставлен под одним зарифленым фор-марселем и фока-стакселем, ходу было 7,5 узлов, под ветром находился отряд капитана 1-го ранга Скаловского. В 11 часов пополуночи ветер установился и тогда были поставлены все паруса и взят курс на Амасеру; этим курсом шли до 5 часов вечера 11 числа; в это же время, находясь, по счислению в 40 милях от Пендераклии, привели на OtN; в 9 часов ветер перешел к N, и вскоре потом к NO, что вынудило поворотить на правый галс; между тем ветер, усиливаясь постепенно, развел в короткое время большое волнение.

Лежа под зарифленными марселями, фоком и фор-стеньги-стакселем, фрегат имел ходу от 1,5 до 2 узлов, дрейфу 4 румба, течение было по направлению ветра, к проливу. 12 числа, на рассвете, находясь, по счислению, в 45 милях от ближайшего Анатолийского берега усмотрели на N, в расстоянии около 5 миль, сначала одно, а потом несколько судов; вскоре открылось, что то был авангард турецкого флота, состоявший из 3 кораблей, 2 фрегатов и 1 корвета, которые шли полным ветром под зарифленными марселями. Немедленно были поставлены все паруса и взято направление на WNW; фрегат имел ходу 5,5 узлов. Спустя немного усмотрены на NO 58 градусов, в расстоянии 6,5 миль, еще 3 корабля, 5 корветов и 2 брига. В 5 часов суда, составлявшие авангард турецкого флота, поставили все паруса и устремились за фрегатом; в 8 часов ветер сделался тише, но волнение не уменьшилось; в это время авангард неприятеля начал спускаться на пересечку фрегата, который, чтобы не быть окруженным и в намерении продлить время до ночи, переменял курсы, смотря по надобности; последний был SW. Неприятель, имея превосходный ход, при постепенно затихавшем ветре заметно приближался. В 11 часов был составлен совет из всех офицеров, которые положили обороняться до последней крайности и, в случае нужды, приблизиться к неприятелю и взорвать фрегат; но нижние чины, узнав о намерении офицеров, объявили, что сжечь фрегат не позволят. До 2 часов пополудни “Рафаил” имел ходу около 2,5 узлов; сделавшийся же в это время штиль и продолжающаяся зыбь, лишили его Стройникова, и последних способов к защищению и нанесению вреда неприятелю. В исходе 4 часа авангард неприятеля пересек все направления и окружил “Рафаил”: два корабля шли прямо на него, правее их находился 110-пушечный корабль и фрегат, а с левой стороны – фрегат и корвет; остальная часть турецкого флота была назади в расстоянии около 5 кабельтовых; ходу было не более одной четверти узла. Вскоре один из кораблей, подняв флаг, начал палить, и след засим надобно было ожидать нападения и от прочих; ко всему этому большая часть команды от качки не могла быть при своих местах. Тогда, видя себя окруженным неприятельским флотом, и, будучи в столь гибельном положении, он, Стройников, не мог предпринять никаких мер, как только послать парламентеров на ближайший адмиральский корабль с предложением сдать фрегат с тем, чтобы команда в непродолжительном времени была возвращена в Россию. Вследствие такого намерения, приказав поднять переговорный флаг, отправил парламентерами капитан-лейтенанта Киселева и морской артиллерии унтер-офицера Панкевича; задержав их, турки прислали своих чиновников, которые, объявив согласие адмирала на предложение его, Стройникова, изъявили желание, чтобы он со всеми офицерами отправился на адмиральский корабль, что и было исполнено; на фрегате остался с командою только один мичман Измайлов».

В конце своего рапорта Стройников доводит до сведения главного командира, что сигнальные книги, инструкции и все бумаги заблаговременно опущены в море. Капитан-лейтенант Киселев в своем рапорте дополнил командира, что по прибытии на турецкий корабль командира и офицеров он, Киселев, и мичман Карели были отправлены к капудан-паше, который подтвердил все обещанное его адмиралом.

После высочайшего указа и получения рапортов из Константинополя адмирал Грейг учредил комиссию под своим председательством (в комиссию вошли все флагманы, начальник штаба флота и командиры кораблей) для разбора изложенных в рапорте Стройникова обстоятельств. Этот рапорт был передан через того же барона Гибша в Петербург.

Комиссия начала работу, но в рапорте командира «Рафаила» было многое не ясно, так что полную картину событий представить было весьма сложно. Поэтому комиссия ограничилась всего лишь тремя пунктами:

«1. Фрегат сдан неприятелю без сопротивления.

2. Хотя офицеры и положили драться до последней капли крови и потом взорвать фрегат, но ничего этого не исполнили.

3. Нижние чины, узнав о намерении офицеров взорвать фрегат, объявили, что не допустят сжечь его, впрочем, и они не приняли никаких мер для побуждения своего командира к защите».

Вывод же комиссии был следующим: «…Каковы бы ни были обстоятельства, предшествовавшие сдаче, экипаж фрегата должен подлежать действию законов, изображенных: Морского устава, книги 3, главы 1, в артикуле 90 и книги 5, главы 10, в артикуле 73…Обращением внимания на положение нижних чинов, которые… не имели совершенно никакой возможности исполнить поставленного в последнем артикуле правила относительно арестования командира и выбора на его место достойнейшего. Кроме того, что подобного рода действие превышало понятия нижних чинов и не согласовывалось с привычкою их к безотчетному повиновению начальству, оно не могло быть исполнено ими и потому, что на стороне нижних чинов не было ни одного офицера, который мог бы руководить их действиями; что, будучи рассеяны по палубам, марсам, крюйт-камерам и проч. и считая себя не вправе советоваться предварительно между собою насчет использования предписываемой законом меры, которая могла быть приведена в действие только всею командою; наконец, потому, что поступок их легко мог быть принят за возмущение и повести к более строжайшей ответственности. Что касается до объявления нижних чинов, что они не допустят сжечь фрегат, то комиссия полагала, что командир не был вправе и требовать такой жертвы».