В апреле 1609 г. вологодские целовальники, посадские люди Максим Ворошилов и Сила Манойлов повезли в Ярославль к Пожарскому «зелейный наряд». В мае 1609 г. в отписке от усольцев к пермичам содержался призыв послать ратных людей на государеву службу в Ярославль или Вологду. В челобитной игумена Адриановой Пошехонской пустыни Вассиана гетману П. Сапеге под Москву рассказывалось о приходе кн. Дм. Ухтомского с вологодскими мужиками и каргопольцами, которые хотели «всех панов поимати да посадити в воду». 15 мая 1609 г. на Вологду пришла похвальная грамота от царя Шуйского (персонально в ней упоминались воевода Н. М. Пушкин и архиепископ Иоасаф), в которой содержалось обещание за верную службу пожаловать всех жителей города и уезда – дать льготы от налогов на многие годы. Царь призывал также и впредь противостоять воровской смуте.

В августе 1609 г. в Вологду прибыла «соболиная сибирская казна», положенная на сохранение, как то было предписано кн. М. В. Скопиным-Шуйским, в Софийском соборе. В отписке об этом в Верхотурье добавлялось, что «с Москвы на Вологду гонцы гоняют почасту и в иные городы». Действительно, Вологда стала местом координации освободительного движения, охватившего не только Поморье, но и часть Сибири. В отписке костромского воеводы Н. Вельяминова начала мая 1609 г. говорилось о приходе в Вологду «многих людей и детей боярских галичан и нижегородцев, сибирских стрельцов и казаков и многих мужиков, а у них воевода Давыд Жеребцов».

В грамоте из Нижнего Новгорода 11 декабря 1611 г. кн. Д. М. Пожарский призывал вологжан «быти с нами в одном совете и от их совету отступным не быти, быти нам всем православным христианам в любви и в соединении и прежнего междуусобства не счинити, и Московское государство от врагов наших от польских и от литовских людей очищати неослабно до смерти своей, и грабежей и налогу православному християнству отнюдь не чинити, и своим произволом на Московское государство государя без совету всей земли не обирати». В течение 1611 г. на Вологду, как и другие города России, приходили патриотические воззвания и церковных иерархов – патриарха Гермогена, руководителей Троице-Сергиева монастыря (архимандрита Дионисия и келаря Авраамия Палицына): «…Смилуйтеся и умилитеся, незакосненно сотворите дело сие, избавления ради крестьянского, ратными людьми и казной помогите, чтобы ныне собранное множество народу хрестьянского войска здеся на Москве скудости ради не разошлося». Переписываемые в Вологде, эти воодушевляющие воззвания уходили дальше – на Двину, Вятку, Пермь Великую, Соль Камскую, Кайгородок.

В мае 1612 г. кн. Д. М. Пожарский писал из Москвы белозерскому воеводе С. Н. Чепчугову о необходимости обновления крепости: «…на Белеозере город стар и розвалялся, а в нынешнее время для прихода литовских и немецких людей и всяких воров сделати б город новой, в чем бы в приход ратных людей сидети безстрашно. И мы к вам о городовом деле и наперед сего писали, чтобы вам всеми земскими людьми, посадскими и уездными, дворцовыми, чёрными и езовыми и ловецкими волостьми и монастырскими и всем уездом город делати». После разграбления Белозерска литовцами и «ворами» 30 июля 1612 г. кн. Пожарский послал сюда «для обереганья» воеводу Григ. Образцова с отрядом в 600–700 чел. В июне 1612 г. из Вологды в Ярославль к Пожарскому пришли военные силы «со многими людьми» (включавшие ратников из Двинского, Устюжского уездов) под началом воеводы Петра Ивановича Мансурова.

После разгрома польско-литовского войска гетмана Хоткевича под Москвой 20–24 августа 1612 г. разрозненные отряды, включавшие также черкас, казаков и русских воров, дошли до Вологды и взяли её «изгоном и пришед посады пожгли и людей посекли». Был убит один из воевод – Григ. Долгоруков (второй – кн. Ив. Одоевский – находился в уезде) и государев дьяк И. З. Карташов. Архиепископа Сильвестра захватили в плен и четыре дня «приводили к казни» (требуя с него, видимо, денег и драгоценностей). Был замучен преп. Галактион Вологодский, происходивший из княжеского рода Бельских. Это печальное событие, помимо прочего, самую роковую роль сыграло в судьбе вологодских архивов и уже современниками было названо «Вологодским разорением» 22–25 сентября 1612 г. В грамоте воевод кн. Д. Т. Трубецкого и кн. Д. М. Пожарского из Москвы в Соль Вычегодскую от 11 ноября 1612 г. о нём говорилось, что «о том Вологоцком разорении мы, бояре и воеводы и всех чинов и всякие люди, что по грехом крестьянская многая кровь пролилась, много поскорбели…».

В отличие от Вологды Устюг в зиму 1613 г. не был взят поляко-литовцами: здесь умелую оборону организовали воеводы М. А. Нагого и Г. Г. Пушкин вместе с городским советом. Таким образом, удалось отбить все штурмы неприятеля, а затем перейти к его преследованию и разгрому в волости Кичменге, когда в плен попало 200 чел. поляко-литовцев.

Вологжане участвовали в освобождении Москвы от поляков и получили земельные пожалования «за подмосковные службы 120–121 гг.». Например, вологодские помещики Г. А. Хвалеевский, кн. И. В. Дябринский участвовали в боях с войсками гетмана П. П. Хоткевича в августе 1612 г. и получили прибавки к своим прежним денежным окладам. В конце октября – начале ноября 1612 г. в своих отписках из Москвы на Белоозеро воеводы кн. Д. Т. Трубецкой и кн. Д. М. Пожарский сообщали, что «ныне они стали в одиначестве и укрепились и им вместе с выборным человеком Кузьмой Мининым Московского государства доступать и Российскому государству во всём добра хотеть безо всякие хитрости».

Представители от Вологды поставили свои подписи на приговоре всей земли 30 июня 1611 г. В апреле 1612 г. из Ярославля в Новгород было отправлено посольство, в состав которого входили и вологжане. В мае 1612 г. из Белоозера в Ярославль «для земского совету» были присланы 1 протопоп, 2 посадских человека и 1 государственный крестьянин. 19 ноября 1612 г. белозерский воевода С. Н. Чепчугов и дьяк Б. Ильин получили от кн. Трубецкого и кн. Пожарского грамоту о посылке выборных на избирательный земский собор в Москву. На грамоте ростовского митрополита Кирилла от 25 февраля 1613 г. о соборном избрании Михаила Фёдоровича имеются подписи архимандрита Спасо-Каменного монастыря Питирима, двух игуменов – Корнильева (Симеона), Николо-Озерского (Филарета) монастырей, посадского человека с Вологды (Т. Несеянцова) и с Устюжны (И. Отрепьева) «с товарищи».

На майской «Утверженной грамоте» по избранию царя Михаила Романова 1613 г. подписались: вологодский воевода Н. М. Пушкин, выборный дворянин М. М. Остолопов[3], епископ Сильвестр («Корельский и Орешский», а печать принадлежит уже следующему вологодскому архиепископу – греку Нектарию, ставшему им 25–26 июня 1613 г.), архимандрит Спасо-Каменного монастыря Питирим, игумены вологодских Спасо-Прилуцкого (Кирилл), Корнильево-Комельского (Симеон), устюженского Николо-Моденского монастыря (Антоний – «в выборных посацких и уездных людей место») монастырей.

В октябре 1612 – мае 1613 г. вологодским монастырям трижды предписывалось послать в войско под Москву ратных людей «с самопалами, чтоб те были молоды и резвы и стреляти были из пищалей горазди, а не воры б и не бражники и не зернщики». И это в условиях разорения самих обителей, например, такого страшного разгрома и сожжения, которому в декабре 1612 г. был подвергнут Спасо-Прилуцкий монастырь поляками пана Голеневского, гетмана Шелковецкого и казачьего атамана Баловня. Борьба за искоренение казаков и воров в Белозерском и Вологодском уездах продолжалась ещё и в 1615–1619 гг. Белозерский и Вологодский уезды оказались в зоне казацкого движения атамана Михаила Баловня. В 1614/15 г. был убит казаками вологодский помещик К. С. Матафтин, находившийся на государевой службе. Сильнейшие потери населения Вологодского уезда из-за казачьего разорения отразили многочисленные частные дозоры 1615 г. и общеуездная дозорная книга 1616/17 г. Защита Вологды и находившихся тогда в ней английских послов была поручена воеводе Г. Л. Валуеву. В 1615 г. устюжане отстояли свой город от захвата войском польского полковника А. Лисовского.