Как и командующий 2-й Западной армией П. И. Багратион, Алексей Петрович тяготился отступлением и планом Барклая, но все же смирял самолюбие «во имя пользы отечества». Сам Барклай-де-Толли в своем «Изображении военных действий» так характеризует Ермолова: «Человек с достоинством, но ложный и интриган». Кстати, столь же нелестен и отзыв о нем Александра I: «Сердце Ермолова было так же черно, как его сапог». Барклай и Ермолов «делывали» друг дружке мелкие неприятности, но последний все же отдал должное командующему как одному из тех, кто спас Россию «своим промедлением».

По личной просьбе Александра I Ермолов (как, впрочем, и Э. Ф. де Сен-При, начальник штаба 2-й армии Багратиона) писал ему обо всем происходившем. Многие считают, что эти «записки» очень смахивали на доносы. Как начальник штаба Петр Алексеевич много сделал для успешного соединения двух армий под Смоленском, но при этом всячески стремился «сподвигнуть» Багратиона на прошение царю о единоначалии в армии. В их переписке Алексей Петрович всячески подталкивал Петра Ивановича к этой «акции». В письмах ближайшим сотрудникам императора Багратион уже давно не выбирал выражений, характеризуя Барклая: «подлец, мерзавец, тварь». В то же время именно Ермолов был свидетелем дикого скандала, который закатил Багратион Барклаю после Смоленска, когда один назвал другого «немцем», получив в ответ прозвище «дурак». Только благодаря Ермолову мало кто узнал о деталях скандала, поскольку Алексей Петрович, по его собственным словам, «стоял у ворот, отгоняя всех, кто близко подходил, говоря, что командующие очень заняты и совещаются между собою». И наконец, именно он не единожды писал императору об острой необходимости назначения единого командующего, поскольку только тогда «дело пойдет». При этом Ермолов признавал, что ни Барклай, ни Багратион в сложившейся обстановке на роль главнокомандующего не годятся. И действительно, первый «был слишком осторожен» и не имел авторитета в армейской среде, а второй – «безрассудно отважен… хотя и имел склонность к принятию разумных решений». Александр I не видел среди своих генералов «человека приличного по обстоятельствам», которого можно было бы назначить главнокомандующим.

Еще под Смоленском Алексей Петрович не исключал оставления Москвы: «…если судьба позволит [французам] овладеть ею, кажется, и то к благу нашего народа: не окончив войны, будем защищаться до последней крайности… » Уже тогда он полагает, что голод и холод довершат то, что не успеют сделать солдаты летом. 7 августа 1812 г. Ермолова представили к званию генерал-лейтенанта, но производство в связи с военным лихолетьем затянулось. А затем грянуло генеральное сражение на поле Бородина, в котором Петр Алексеевич фактически выполнял обязанности начальника штаба Кутузова, находясь при главнокомандующем.

При выборе позиции под Бородином Ермолов, как и положено начальнику штаба, постоянно находился рядом с Кутузовым. В разгар битвы Михаил Илларионович направил его на левый фланг, во 2-ю армию, где был тяжело ранен Багратион. Потеряв командующего, войска пришли в такое расстройство, что некоторые части армии можно было привести в порядок, лишь отведя их на расстояние выстрела. С этой задачей уже справился П. П. Коновницын, успевший отойти за Семеновский овраг. Но и Ермолов, спешивший туда с тремя ротами конной артиллерии, помог в этот критический момент преодолеть смятение. Увидев, что центральная батарея H. Н. Раевского, ставшая после падения Багратионовых флешей главным пунктом русской позиции, тоже взята французами, Алексей Петрович понял, к чему может привести потеря господствующей высоты. С обнаженной саблей он лично повел 3-й батальон Уфимского полка в штыковую атаку. По пути к ним присоединились остатки 18, 19, 40-го Егерских полков. В атаку шли как на параде, браво, не пригибаясь, развернутым фронтом, чтобы линия казалась длиннее и охватывала большее количество неприятеля. Для воодушевления своих бойцов Ермолов стал бросать в сторону Курганной батареи… солдатские Георгиевские кресты, находившиеся у него в кармане. «Кто дойдет, тот возьмет!» – гаркнул Алексей Петрович. Загремело «Ураа-а-а-а!». Все до одного посланные с ним свитские офицеры Барклая с обнаженными саблями мужественно шли по бокам. Зрелище было эпическое: впереди группа офицеров в парадных мундирах и за ними железный лес штыков. Но не все дошли до Курганной батареи, она «дохнула» им в лицо дымом и пламенем, брызнула смертоносным ливнем картечи. Мало кто вернулся из атаки – резня была беспощадная, звенел метал и неслась трехэтажная ругань, но батарею вернули, переколов и порубив всех французов.

Несмотря на сильную контузию ядром, сам Ермолов еще несколько часов руководил обороной этой важнейшей позиции, пока не был ранен картечью в шею и не унесен с поля боя.

Ф. А. Рубо. Бородинская битва. Фрагмент. 1912 г.

Именно с ним в героическую атаку на Курганную батарею пошел начальник всей русской артиллерии граф Кутайсов. Ермолов по-отечески укорял его: «Александр Иванович, ты ведь всегда бросаешься туда, куда тебе не следует, давно ли тебе был выговор от главнокомандующего за то, что тебя нигде отыскать не могли. Я направлен во 2-ю армию… приказывать там именем главнокомандующего, а ты-то что там делать будешь?» Вспыльчивый как порох Кутайсов из принципа увязался с ним в атаку, из которой не вернулся! Его изуродованное тело так и не опознали: нашли лишь орден Св. Георгия 3-й степени и золотую именную наградную саблю «За храбрость». Парадоксально, но вечером в канун битвы Ермолов «напророчил» Кутайсову смерть: «Мне кажется, что завтра тебя убьют». Что это было? Голос судьбы?

Интересна оценка Ермоловым руководства Кутузовым Бородинским сражением. Он потом утверждал, что «князь М. И. Кутузов, пребывавший постоянно на батарее у селения Горки», не понимая, «сколь сомнительно и опасно положение наше, надеялся на благоприятный оборот. Военный министр, обозревая все сам, давал направление действиям, и ни одно обстоятельство не укрывалось от его внимания». По Ермолову, Барклай, а не Кутузов приказал Дохтурову взять гренадерскую дивизию и привести в порядок левый фланг. И опять же Барклай, а не главнокомандующий сменил обескровленные войска Раевского на свежий корпус Остермана-Толстого. Это при том, что до Бородина Ермолов был весьма скептически настроен к «военному министру» во главе армии.

Сам Кутузов высоко ценил боевые качества Ермолова: «Он рожден командовать армиями». Однако Михаил Илларионович справедливо видел в начальнике своего штаба доверенное лицо императора, поэтому не очень благоволил к нему. Так если за Бородино Барклай представил Ермолова к ордену Св. Георгия 2-й степени, то главнокомандующий ограничился лишь орденом Св. Анны 1-й степени. В свою очередь, энергичный Ермолов сетовал на оборонительную стратегию старика Кутузова и вызвал его неудовольствие, когда на военном совете в Филях вместе с генералами Беннигсеном, Дохтуровым, Коновницыным громко высказался против оставления Москвы без нового сражения.