Когда вновь созданная 50-тысячная австрийская армия фельдмаршала Й. Альвинци перешла в наступление с целью деблокировать осажденную французами крепость Мантую, Жубер был срочно вызван в действующую армию. Его искусные действия, одержанные им в целом ряде боев победы во многом способствовали срыву наступления противника.

Боевые заслуги Жубера, его военный талант получили высокую оценку со стороны командования армии, — осенью 1796 года он был назначен командиром дивизии и произведен в дивизионные генералы (высшее воинское звание во французской армии того времени).

Громкую боевую славу Жубер стяжал в сражении при Риволи (13—15 января 1797 года). Вместе с Массеной (в годы Империи в память об этой победе Массена получил от Наполеона титул герцога Риволийского) он был главным героем этого сражения. Во время своего второго наступления с целью деблокады Мантуи Альвинци главный удар нанес по дивизии Жубера (около 10 тыс. человек), находившейся в районе севернее Риволи и оказавшейся на пути наступления противника. Более суток Жубер геройски сдерживал мощный натиск втрое превосходящих сил врага. В решающий момент боя, когда, казалось, оборона его дивизии вот-вот будет смята, он, спрыгнув с убитого под ним коня и схватив в руки ружье, встал впереди своих гренадеров и повел их в штыковую атаку. Не выдержав яростного натиска французов, противник дрогнул, смешался, а затем был опрокинут и в беспорядке отступил. Положение на этом участке фронта было восстановлено. Упорное сопротивление дивизии Жубера дало возможность командующему французской армией выиграть время для сосредоточения в районе Риволи значительных сил, а затем перейти в контрнаступление и разгромить противника. Умелые действия Жубера в ходе сражения главных сил сторон также во многом содействовали достижению успеха.

Блестящая победа Наполеона Бонапарта при Риволи предопределила падение Мантуи. 2 февраля 1797 года после 8-месячной осады эта сильнейшая в Европе крепость капитулировала, исчерпав все возможности для дальнейшей обороны и потеряв всякую надежду на помощь извне.

После Риволи Наполеон Бонапарт окончательно уверовал в выдающиеся военные способности Жубера. На завершающем этапе Итальянской кампании, когда Бонапарт задумал нанести удар непосредственно по Австрии в общем направлении на Вену, он доверил Жуберу командование отдельным корпусом (3 дивизии, около 20 тыс. человек), который, составляя левое крыло армии, должен был наступать на Вену через Тироль. Задача эта отличалась чрезвычайной сложностью, так как наступательные действия предстояло вести в суровых горных условиях и при том зимой.

Тирольский поход Жубера начался в начале марта 1797 года. Преодолевая многочисленные ледники, занесенные снегом горные перевалы и упорное сопротивление противника, занимавшего, как правило, наиболее удобные для обороны места, предводимые Жубером французские войска упорно продвигались вперед, в глубь горного края. Положение усугублялось еще и тем, что в Тироле началось восстание местного населения против французов. Главные силы Итальянской армии, возглавляемые генералом Бонапартом, в это время наступали через Тальяменто на Клагенфурт (город в Южной Австрии). В конце марта 1797 года они вступили в пределы собственно Австрии и 29 марта овладели Клагенфуртом. Тем временем Жубер, продвинувшись по горам Тироля на глубину около 90 км, принял решение идти на соединение с главными силами, так как сопротивление противника, располагавшего значительным превосходством в силах, к этому времени резко возросло и, задача завоевания Тироля из-за недостатка сил стала попросту говоря невыполним.

Воспрепятствовав соединению действовавших в Тироле австрийских корпусов генералов И. Лаудона и Г. Керпена, а затем искусно оторвавшись от противника, Жубер совершил смелый и весьма рискованный фланговый марш-маневр. Пройдя по занесенным снегом горам и горным долинам 170 км, корпус Жубера в первых числах апреля присоединился в районе Филлах (40 км западнее Клегенфурта) к главным силам Итальянской армии. За время Тирольского похода он понес большие потери, составившие до 1/3 первоначального состава. К этому времени между генералом Бонапартом и австрийским командованием было заключено 5-дневное перемирие. Когда его срок истек, Бонапарт, чтобы принудить противника к подписанию мира, приказал своим передовым частям возобновить наступление.

Совершив стремительный бросок, они 7 апреля захватили город Леобен, а их авангарды овладели перевалом Земмеринг (около 90 км от Вены). Это произвело отрезвляющее воздействие на австрийцев, которые путем затягивания переговоров старались выиграть время для сосредоточения крупных сил на юге Австрии, чтобы преградить Бонапарту путь на Вену.

Действия Наполеона Бонапарта на венском направлении в апреле 1797 года носили скорее демонстративный характер, так как думать о наступлении на Вену всерьез со своей 50-тысячной армией он, конечно же, не мог. Его расчеты на содействие Рейнско-Мозельской и Самбро-Мааской армий (каждая из них насчитывала по 70 тыс. человек), которые должны были перейти в наступление на Рейне и отвлечь на себя основные силы противника, не оправдались. Их переход в наступление в силу ряда причин не состоялся. Поэтому Бонапарт прекрасно понимал, что, воспользовавшись этим, австрийское командование постарается в самые сжатые сроки создать против него подавляющее превосходство в силах и нанести ему решительное поражение на подступах к Вене или где-то за Дунаем, если даже ему временно придется пожертвовать своей столицей. Пойти на такой риск Бонапарт не мог. В создавшейся обстановке он попытался шантажировать противника своей мнимой активностью и решительностью намерений. И это ему в полной мере удалось. Нервы австрийских министров оказались слабее, чем у их генералов. Жертвовать своей столицей они не пожелали и предпочли заключить мир с Францией, признав свое поражение в многолетней войне.

18 апреля 1797 года было заключено Леобенское перемирие и подписаны предварительные условия будущего мирного договора. Боевые действия прекратились. Переговоры о заключении мира продолжались полгода и завершились 17 октября 1797 года подписанием Кампорформийского мирного договора. Попытка первой антифранцузской коалиции феодально-абсолютистских государств Западной Европы подавить революцию во Франции силой оружия закончилась провалом.

В Итальянской армии Наполеона Бонапарта был заведен такой обычай, когда с личным донесением командующего армией об одержанной им очередной победе в Париж отправлялся наиболее отличившийся в боях генерал или старший офицер. В его задачу входило кратко доложить правительству Республики о достигнутых успехах и вручить ему донесение своего командующего, а также бросить к ногам членов Директории и министров трофейные знамена (если они были). Прием такого вестника победы обычно проходил в Люксембургском дворце (резиденция Директории) и отличался особой торжественностью обстановки.

Как правило, избранный Наполеоном Бонапартом представитель победоносной армии, кроме оказанных ему в ходе приема высших почестей на правительственном уровне получал очередное повышение по службе и приобретал довольно широкую известность в обществе. Поэтому подобная командировка в Париж считалась в Итальянской армии самой почетной наградой. Летом 1797 года такой чести удостоился и Жубер. В официальном письме Директории, представляя своего посланца, Бонапарт писал: «…неустрашимый Жубер по храбрости настоящий гренадер, а по своему знанию дела и военным способностям — от личный генерал». И далее, отмечая достоинства Жубера, он особо подчеркивал: «…неустрашимый, осмотрительный, деятельный генерал, которого всегда можно было видеть во главе атакующих колонн». Этот весьма лестный отзыв командующего армией о своем боевом сподвижнике сыграл большую роль в дальнейшей судьбе Жубера, обеспечив ему быстрое продвижение по служебной лестнице. По возвращении из Парижа он был назначен военным губернатором Венеции.