Во время пребывания Кортеса в Испании в Мехико скончалась его бездетная жена донья Каталина Хуарес, прибывшая к нему туда за несколько лет до этого. Но довольно быстро Кортес женился на дочери графа де Агилара донье Хуане де Суньяга, с которой он прибыл в Веракрус в июле 1530 года. В завоеванной им стране его ждало много накопившихся дел. Во многих частях Мексики происходили восстания индейцев, которые нападали на испанцев и убивали их, что вызвало отъезд поселенцев в более безопасные районы страны и даже в другие колонии. Но в дополнение к этому в Мехико продолжалось разбирательство жалобы Панфило Нарваэса, который за несколько лет до этого обвинил Кортеса в утаивании от королевской казны огромного количества золота и ценностей, а также в нанесении ему увечья копьем в бою в Семпоале. Председатель суда под угрозой ареста запретил Кортесу въезд в столицу до окончательного разрешения дела, и маркиз дель Валье с супругой вынужден был остановиться недалеко от Мехико, в Текскоко, где он организовал пышный, почти королевский двор. Но внутреннее положение страны становилось настолько серьезным, что глава управления был вынужден пригласить Кортеса навести порядок, что он успешно и проделал, но и после этого официальная власть продолжала оставаться в руках председателя и совета аудиторов.

Еще находясь в Испании, Кортес подписал соглашение с королем о проведении им обследования побережья Южного моря, и теперь управляющий совет предложил ему выполнить взятое обязательство. Кортес уже ранее начал строительство двух каравелл в порту Акапулько, а сейчас ускорил проведение работ и приступил к подбору экипажей. 30 июня 1532 года эти каравеллы под командованием двоюродного брата Кортеса Диего Уртадо де Мендоса направились вдоль западного берега Мексики на северо-запад. Через некоторое время очень унылого и однообразного плавания экипаж одного из судов поднял бунт, и тогда Уртадо посадил всех желающих вернуться на одну каравеллу и отправил их в Новую Испанию, продолжив путь дальше. По дороге обратно возвращавшаяся группа сделала остановку для пополнения запасов воды, но подверглась нападению индейцев, которые перебили всех людей кроме двух, которым удалось спастись.

Узнав об этом, Кортес сам отправился на побережье, где были спущены на воду еще две каравеллы, и в октябре 1533 года отправил их по тому же маршруту с задачей отомстить за гибель убитых индейцами испанцев, найти и спасти возможно оставшихся в живых людей первой экспедиции и исследовать побережье. Каравеллы потеряли друг друга в первую же ночь пути. Одна из них ушла на 300 лиг в океан в северо-западном направлении и смогла обнаружить лишь один необитаемый зеленый остров. Другая каравелла довольно скоро пережила бунт ряда членов экипажа, высадила раненых людей с двумя монахами на берег, а затем дошла до залива Санта-Крус в Нижней Калифорнии, где при высадке на берег все, кроме двух моряков, были убиты напавшими на них индейцами. Два выживших моряка приплыли на лодке в северную часть побережья Мексики и сообщили о произошедшей трагедии. «

Неукротимый Кортес посылает в район гибели первой группы испанцев три новые каравеллы, а сам с отрядом конницы и пехоты направляется туда по суше. Дойдя до того места, он переходит на суда и продолжает путь морем. Он дошел до залива Санта-Крус, а затем пересек теперешний Калифорнийский залив, тогда получивший название море Кортеса, попал с каравеллами в плен многочисленных рифов и после многих пережитых трудностей и лишений возвратился с частью судов в Акапулько. Там он узнает, что в Мехико прибыл Дон Антонио де Мендоса, который был назначен вице-королем Мексики, и что его дальний родственник Франсиско Писарро, оказавшийся в осаде крупных сил индейцев в основанном им в Перу городе Лима, просит о скорой помощи для спасения испанцев. Кортес немедленно организовывает такую помощь, направляя в Лиму две каравеллы, а несколько позднее — еще одну. Хотя испанцам в Лиме удалось спастись, Кортес не получил за это никакой компенсации, поскольку Писарро был вскоре убит.

Но в мае 1539 года Кортес снова отправляет экспедицию вдоль побережья во главе с Франсиско де Ульоа, которому удалось дойти до устья реки, которая потом получит название Колорадо, а затем доплыть до мыса Сан-Лукас в самой Калифорнии, но оттуда он вернулся в Новую Испанию. Планы Кортеса, которые стоили очень много сил и средств, открыть богатые острова и земли в намеченном им направлении не увенчались успехом, но привели к открытию новых территорий на западном побережье континента, включая южную оконечность сегодняшней Калифорнии.

Отношения Кортеса с Мендосой не сложились из-за споров в отношении разделения их функций в качестве генерал-капитана и вице-короля Мексики, числа их вассалов и даже проводимых экспедиций в новые земли. Для урегулирования этих проблем Кортес возвращается в Испанию, но короля он там не застает, а прием со стороны властных вельмож и чиновников был далеко не похож на его первое посещение. В 1541 году приехавший из Фландрии Карлос направился на войну с Алжиром, в которой Кортес вместе с двумя юными сыновьями тоже решил принять участие. Но флот императора был разрушен, Кортес потерял при этом бесценные драгоценности, а после этой неудачной попытки начать войну Карлос решил отступить.

В течение целого ряда лет после этих событий Кортес следовал за перемещениями двора в поисках разрешения нескольких судебных дел, одно из которых было все-таки отменено, к его большому облегчению. Вскоре за этим решением Кортес заболел сильным расстройством желудка и долго страдал от этого недуга. 2 декабря 1547 года он умер в небольшом городе Кастильеха де ла Куэста. Этому необыкновенному и талантливому конкистадору было 63 года. Он был похоронен в Испании, но затем его прах был перевезен в Мексику, где он хотел, но не смог умереть. Его потомки живут и в наше время-

В отличие от многих латиноамериканских стран, где испанское завоевание и господство воспевается в памятниках, названиях и истории, в Мексике проявляется определенное неприятие колониального прошлого. Очень любопытно и показательно в этом смысле отношение мексиканцев к завоевателю страны Эрнану Кортесу.

Поразительно, например, что среди всевозможных памятников прошлого в Мексике нигде не существует памятника этому блестящему испанскому конкистадору. Нигде на всей довольно крупной территории Мексики нет ни одного города, ни одной деревни, и даже ни одной улицы или площади, с именем Кортеса. В самой столице лишь в начале 60-х годов прошлого века была открыта скромная мемориальная доска, но только чтобы обозначить место первой встречи конкистадора с императором ацтеков Монтесумой, когда он во всем своем царском великолепии и величии был вынесен из своего дворца на носилках навстречу подходившему по дамбе озера Текскоко отряду испанцев. Даже у останков Кортеса необычная судьба. Их неоднократно перемещали еще во время колониального периода, а после становления независимости их снова тайно под покровом ночи пришлось переместить и безымянно замуровать глубоко в стене церкви Сан-Франциско столицы, чтобы спасти от возможного глумления над ними со стороны патриотов, угрожавших это сделать. До 1946 года место их захоронения оставалось засекреченным, но даже сегодня о нем в Мексике почти никому не известно.