Наиболее оригинальным распоряжением Иэясу было «чередующееся присутствие» в Эдо. Провинциальное дворянство должно было проводить половину каждого года в столице сёгуна под наблюдением его чиновников. Семья каждого даймё должна была оставаться в Эдо во время его отсутствия, а на дороге устанавливались заставы для предотвращения незаконного отъезда женщин или ввоза огнестрельного оружия.

Расходы на путешествие в сопровождении свиты в столицу и обратно были большим бременем для казны феодалов. В Эдо, настоящем Версале, происходил непрерывный вихрь утонченных удовольствий и наслаждений, сосредоточенный вокруг садов и салонов особняков городской знати, или ясики. Каждое общественное излюбленное место отдыха и прогулок — баня, театр, парикмахерская, ресторан или фешенебельный публичный дом — было напичкано шпионами. Почти никакие замыслы не ускользали из поля зрения шпионской сети, охватывавшей всю Японию, начиная с лесистых окрестностей замка Эдо.

Император все еще назывался «тэнно», или «Сыном Неба». Он имел право вводить каждого сёгуна в должность и жаловать почетные титулы. Он продолжал пользоваться огромным престижем, что двумя веками раньше привело к падению регентов Ходзо.

Преемники Иэясу приняли все предосторожности против прямых политических действий императора. Посещение его без разрешения объявлялось преступлением. Киото был закрыт для тех, кто направлялся в Эдо, и за два десятилетия численность города сократилась на три четверти. Члены старой аристократии, или кугэ, посвящали себя сочинению поэзии или пустым церемониям, даже знатнейшие из них носили потрепанную одежду, получая доходы намного меньше офицера стражи сёгуна.[100] По крайней мере, сто фудай даймё владели большим богатством, чем император и весь его двор.

Все, кроме прямых наследников трона, были должны принять монашеские обеты, и отречение навязывалось своевольным императорам, освобождая трон для его детей. В течение двух веков возраст тэнно составлял в среднем только тринадцать лет при наследовании престола, а длительность правления — всего лишь четырнадцать лет.[101] Представитель сёгуна из клана Токугава, который осуществлял наблюдение в замке Нидзё около дворца, получил прозвище «тюремщик императора».

Иезуитские священники примкнули к Нобунаге в войне против буддийской секты Монто. Он вознаградил их высокими должностями и позволил перешедшим в христианство уничтожать местных идолов. К 1580 г. во внутренних провинциях вокруг Киото и на острове Кюсю существовали христианские общины.[102]

Хидэёси ценил христианских посредников в контактах с иностранными державами. К 1587 г. христианство стало модой, но еще до истечения года тайко неожиданно издал приказ всем иностранным учителям покинуть Японию.[103] Запрет не был осуществлен. Во время войны в Корее кюсютская армия во главе с Кониси сражалась под христианскими знаменами. В 1596 г. в Японии насчитывалось 137 иезуитов и 300 тысяч новообращенных христиан. Был принят указ о провозглашении феодов шести даймё христианскими.[104] Однако когда один испанский лоцман похвастался, что его католическое величество всегда сначала посылал священников для того, чтобы те расчистили путь для его армий, Хидэёси пришел в бешенство, и эдикты вновь вошли в силу.

Иэясу оставался сторонником буддийской секты Дзёдо — основной в Японии. Иностранные священники казались полезными как приманка для купцов, но его отношение к ним ухудшилось из-за распущенности европейских моряков и ожесточенных споров между монахами, иезуитами, протестантами. Все секты были допущены в Японию, вероятно чтобы усилить между ними соперничество. В 1609 г. сёгун обещал губернатору Филиппин Веласко[105], что священники смогут вступить в пределы империи, если с ними прибудут также горные инженеры, хотя «религия [его] уважаемой страны никак не связана с чем-либо в Японии».

Три года спустя северный крупный землевладелец Дате Масамуне, сопровождаемый испанцами, отправился в Европу и был принят папскими властями. Однако в 1614 г., согласно эдикту, все священники должны были покинуть пределы Японии. Землевладельцы и купцы могли исповедовать новую веру, но не военное сословие. Никаких новых суровых наказаний христиан не было при Иэясу и его сыне Хидетаде. Третий сёгун из рода Токугава был встревожен заявлением отступившего от христианства местного священника о том, что тот лично слышал в Мадриде о планах вторжения в Японию.

Христиане, хотя и были лишены земли, поддерживали свое военное искусство, в то время как сторонники сёгуна вели праздную жизнь. Так как налоги росли, восстания особенно часто происходили в феодах Кюсю. Наконец, в декабре 1637 г. местные крестьяне во главе с христианскими самураями подняли мятеж и закрепились в замке Симабара около бухты Нагасаки. Хотя их дело было безнадежное, повстанцы побеждали правительственные силы до тех пор, пока сломленные превосходящими силами и выкрикивая боевой клич «Сантьяго!» («Святой Иаков!»), они почти все погибли. Христианство на какое-то время исчезло. Каждый подданный сёгуна должен был топтать крест и записываться в буддийское объединение.

Иэясу никогда не боялся Запада, но трудная победа при Симабаре заставила сёгунат быть настороже. Кроме того, если бы торговля продолжалась, то из этого извлекло бы пользу юго-западное княжество Сацума и укрепилась бы власть «посторонних» крупных землевладельцев. Поэтому, чтобы отвести опасность вредного западного влияния, было приказано разрушить океанские корабли и ограничить водоизмещение новых судов 75 тоннами. Строгий закон запрещал эмиграцию японцев или прибытие иностранцев на Священную землю «до тех пор, пока будет светить солнце». Так выглядел эдикт 1637 г. Голландцы, оказав помощь бомбардировкой Симабары, получили право ежегодно посылать корабль на искусственный остров Дэсима у входа в гавань Нагасаки, состоявший из нескольких акров земли. Контакты с Азией не были полностью прерваны: корейские послы продолжали присутствовать на инаугурациях сёгунов. Сацуме было разрешено захватить крошечные княжества Окинавы. Китайские беженцы, немногочисленные, но влиятельные, прибыли в Японию после падения династии Мин в 1644 г.