Но, несмотря на уступку церкви в ее имущественных правах, царь добился на Стоглавом соборе многих своих целей. Главное для Ивана IV было заручиться поддержкой его реформ со стороны духовенства, и в этом царь преуспел. Оставив за церковью ее вотчинные права, царь взамен получил от собора согласие с его новым Судебником и признание князьями церкви других его нововведений в области государственного управления. Но идея лишения церкви ее главного источника материальных богатств не оставила царя, она будет преследовать его до тех пор, пока он не возьмет реванш за свой неуспех на соборе 1551 года. Ровно через тридцать лет, в 1581 году, в условиях неудач на западном фронте, после ряда тяжелых поражений на полях сражений Ливонской войны Иван Грозный на очередном соборе добьется приговора, запрещающего церкви приобретать вотчины.

Одним из новшеств царя Ивана первых лет его царствования стала военная реформа. Ее цель — укрепление вооруженных сил, состояние которых во многом определяло успехи или неуспехи во внешней политике. Самым необычным, можно сказать революционным начинанием в военной реформе, стала попытка ограничить местничество, то есть давно утвердившийся и продолжавший существовать на тот момент порядок назначения на командные посты лиц, согласно «породе», когда занимаемую в армии должность определяло происхождение. Лишним будет говорить о том, что в этом направлении реформаторства Грозный добился меньшего, чем в любом другом. Местничество изживется еще очень не скоро, и хотя оно и будет несколько поколеблено в последующие времена, а решение Земского собора 1682 года официально даже совсем его отменит, по-настоящему уйдет в небытие только с реформами Петра I. А до тех пор в течение еще полутора столетий воеводский чин или ранг командира будет определяться знатностью его рода.

Другой особенностью военной реформы было создание первого в российском государстве постоянного воинского соединения. Как известно, в те времена и еще долго потом, войска собирались только на случай войны и распускались после окончания военных действий. Теперь для надежной опоры самодержавной власти было решено разместить для постоянного пребывания, или как тогда говорилось «испоместить», в столичном уезде «избранную тысячу», для чего была отобрана тысяча человек дворянского звания, которым предоставлялись поместья в окрестностях Москвы. Эта тысяча стала чем-то вроде личной царской гвардии и была призвана стать ядром дворянского ополчения, которое также на постоянной основе планировалось создать в будущем.

Для всех других относившихся к служилому классу людей предусматривалось две формы прохождения воинской службы: «по отечеству» и «по прибору».

Службе «по отечеству» подлежали дворяне и дети боярские. Служба регламентировалась специальным уставом, или как он назывался Уложением. Служба начиналась с 15 лет, продолжалась до смерти и переходила по наследству. Лица, относившиеся к этой категории, составляли большинство во всем служилом сословии, следовательно, были основной частью вооруженных сил. Постоянного прохождения службы, как известно, не было, а потому в мирное время служащие «по отечеству» могли заниматься любыми своими делами, для чего они обеспечивались государством земельными наделами и денежным жалованьем. По первому требованию правительства служащие обязаны были явиться в указанное место и в указанный срок не только сами, но и с определенным числом людей, проживающих на отведенных землях. Причем служивый «по отчеству» был обязан вооружить себя и всех приведенных с собой слуг и обеспечить их на случай похода всем необходимым, в первую очередь, лошадьми.

Служба «по прибору», наряду с давно практикуемым набором в войска так называемых даточных людей, предусматривала создание в московском государстве принципиально новой разновидности войск — стрельцов.

Учреждение стрелецкого войска относится к 1550 году, когда в Москве для постоянного нахождения в столице был сформирован первый стрелецкий полк численностью в три тысячи человек. А далее следует отметить быстрый рост численности стрелецкого войска, так что к концу царствования Грозного в нем насчитывалось уже до 25 тысяч человек. В первые же годы после создания московского полка можно было наблюдать появление стрелецких полков и в других крупных городах. Буквально с самой своей первой военной кампании — казанской войны 1552 года, то есть всего через два года после своего рождения, стрелецкие войска становятся мощной боевой силой Московского государства.

Стрелецкое войско, как и «избранную тысячу», несмотря на их постоянное пребывание на службе, нельзя назвать прообразом регулярной армии и не только потому, что ни те, ни другие не были обучены регулярному строю. Главная особенность тех и других, отличающая их от регулярных частей войск, состояла в том, что военное занятие было не главным в их жизни, отсюда и их военный профессионализм зачастую мог уступать их профессионализму в другой сфере деятельности. Так, если представители «избранной тысячи», как, впрочем, и служащие «по отечеству», вели образ жизни привилегированного феодала-вотчинника, изредка, в торжественных случаях являясь ко двору в основном для участия в почетных ритуалах, то стрельцы по роду занятий больше сроднились с торгово-ремесленным классом, став составной частью городского посадского населения.

В службу «по прибору» в отличие от службы «по отечеству» мог поступить любой человек, не связанный кабальной зависимостью. Служба эта была не наследственной, а потому считалась менее почетной. К «приборным» служилым людям, помимо стрельцов, относились казаки, пушкари и другие работники пушечных и всех прочих оружейных дворов, а также несущие караульную службу в городах, так называемые воротники и пр. Наиболее распространенной формой их содержания были земельные пожалованья, но не индивидуальные, а коллективные, дележ которых на участки личного пользования осуществлялся самими «приборными». Предусматривалось для «приборных» хлебное и денежное жалованье.

Содержание и вооружение большого по численности войска требовали больших средств, единственной формой добычи которых оставались налоги. Для упорядочивания их взимания в первые же годы царствования Ивана Грозного заново были переписаны земли и установлена единая мера получения с земли дохода — «соха». В сельской местности под «сохой» понималась земельная единица, размеры которой зависели от качества земли. В городах «соху» составляли несколько дворов, принадлежавших представителям торгово-ремесленного класса. «Соха» облагалась определенным налогом, на нее же производился расчет различных повинностей.

Первые же проведенные молодым царем реформы высветили противоречия не только между новой командой реформаторов, окружавшей царя, и княжеско-боярской оппозицией, не хотевшей мириться с утратой многих своих привилегий, а также противостоящими реформам высшими церковными иерархами, но и противоречия внутри самой Избранной рады. Новый кабинет молодых советников царя не отличался единством по многим вопросам, и уже в первые годы своей работы он стал давать сбои. Царь вдруг стал замечать многие недостатки в деятельности своего ближайшего окружения. Так, в своем поражении на Стоглавом соборе, когда пришлось уступить церковникам в вопросе их имущественных прав, Иван Грозный имел все основания обвинить за провал своего сподвижника Сильвестра, отвечавшего на соборе за проведение идеи отчуждения от церкви земельных владений. Были у Грозного и другие как объективные, так и надуманные причины недовольства. В особенности к серьезным противоречиям царя с его ближайшим окружением, как и к противоречиям в самом окружении между отдельными его членами, привела внезапная болезнь царя, случившаяся в 1553 году. Недуг оказался настолько тяжелым, что несколько дней царь находился при смерти, и когда на случай его кончины было велено присягать его сыну Дмитрию, часть московской знати отказалась присягать младенцу и принесла присягу двоюродному брату царя, князю Владимиру Андреевичу. Среди изменивших царю оказались и некоторые члены Избранной рады. Впрочем, правильно ли будет называть случившееся изменой?