Несторий прибыл в Эфес с шестнадцатью епископами и вооруженным эскортом, как будто отправлялся на войну. На его стороне было императорское влияние, но большинство епископов и народа в Эфесе, как и в Константинополе, было против него. Сам император не мог присутствовать лично, но послал командира своих телохранителей, графа[1583] Кандидиана. Кирилл явился с большой свитой, в которую входили пятьдесят египетских епископов, а также монахи, параболаны, рабы и моряки под знаменем святого Марка и святой Богоматери. На его стороне был архиепископ Мемнон Эфесский вместе с его сорока асийскими суффраганами и двенадцатью епископами из Памфилии; клирики, монахи и народ Малой Азии придерживались того же мнения. Папа Римский — впервые на вселенском соборе — был представлен двумя епископами и священником. Они поддерживали Кирилла, но не вмешивались в дебаты и только судили спорящие стороны, тем самым утверждая авторитет папы. Но эта депутация прибыла уже после начала собора[1584]. Патриарх Иоанн Антиохийский, друг Нестория, тоже задержался со своими епископами, так как путь был долгим.

Кирилл не пожелал ждать и открыл собор в церкви святой Марии в присутствии ста шестидесяти епископов[1585] через шестнадцать дней после Пятидесятницы, 22 июня, несмотря на протесты посланника императора. Нестория трижды призывали явиться, но он отказывался приходить, пока не соберутся все епископы. Поэтому собор рассматривал спорный вопрос без него и осудил Нестория. Епископы единодушно воскликнули: «Кто не произнесет анафему на Нестория, тому самому анафема; истинная вера проклинает его; святой собор проклинает его. Всем, кто общается с Несторием, анафема. Мы все объявляем анафему на букву и учение Нестория. Мы все объявляем анафему на Нестория и на его последователей, на его нечестивую веру и на его нечестивое учение. Мы все объявляем анафему на Нестория», и так далее[1586]. Затем было прочитано множество христологических изречений древних отцов церкви и несколько отрывков из трудов Нестория. В конце первого заседания, которое продолжалось до поздней ночи, было принято следующее постановление о смещении Нестория, подписанное примерно двумя сотнями епископов: «Господь Иисус Христос, Которого он [Несторий] хулит, постановил через этот святой собор сместить Нестория с епископской должности и исключить из общения священников»[1587].

Население Эфеса радостно приветствовало это решение, в городе устроили факельные торжества, Кирилла провожали до дома с зажженными факелами и свечами[1588].

На следующий день Несторию сообщили о его низложении в лаконичном эдикте, в котором он был назван новым Иудой. Но он с возмущением протестовал против этого постановления и пожаловался на него в послании к императору. Императорский посланник объявил постановления недействительными, потому что они были приняты только частью собора, и по мере сил помешал их обнародованию.

Несколько дней спустя, 26 или 27 июня, Иоанн Антиохийский наконец прибыл в Эфес и немедленно с 42 поддерживавшими его епископами, среди которых был знаменитый Феодорит, провел в своем доме, под защитой императорского посланника и телохранителя, альтернативный собор, или conciliabulum, не уступавший первому в поспешности и насилии. Он исключил из священников Кирилла Александрийского и Мемнона Эфесского, объявив их еретиками и виновниками беспорядков, и угрожал отлучением остальным епископам, которые голосовали в их поддержку, если они не объявят анафему еретическим предложениям Кирилла[1589].

Последовали взаимные обвинения, оскорбления, попытки применить церковную дипломатию и политику, интриги и насилие — печальные проявления немилосердного христианства того времени. Но подлинный дух христианства, конечно же, намного выше его недостойных орудий, и он даже худшие человеческие страсти обращает на служение делу истины и правды.

Десятого июля, после прибытия папских легатов, которые выступили в роли судей, Кирилл провел второе заседание, а потом — еще пять (всего семь), то в доме Мемнона, то в церкви святой Марии, и издал ряд циркулярных посланий и шесть канонов против несториан и пелагиан.

Обе партии взывали к слабому императору, который, не понимая сути проблемы, до сих пор принимал сторону Нестория, но позже публичные демонстрации и торжественные процессии народа и монахов в Константинополе под руководством почтенного старца Далмация склонили его к поклонению Богоматери. Наконец он решил согласиться как со смещением Нестория, так и со смещением Кирилла и Мемнона и послал одного из высших гражданских сановников, Иоанна, в Эфес, чтобы объявить об этом решении и, если возможно, примирить враждующие партии. Смещенные епископы были арестованы. Собор, то есть большинство его участников, снова воззвало к императору и его коллеге, жалуясь на свое плачевное положение и прося об освобождении Кирилла и Мемнона, которые не были ими смещены, но, напротив, всегда пользовались высочайшим уважением как лидеры ортодоксального учения. Антиохийцы также постарались привлечь императора на свою сторону и передали ему символ веры, в котором две природы Христа действительно были четко разграничены, но, ради их неслиянного союза (άσυγχμτος ένωσις), по отношению к Марии был использован спорный титул theotokos.