Туркестанский генерал-губернатор Кауфман неоднократно называл государство Якуб-бека «излюбленным детищем англичан».

Александр II повелел закрыть Якуб-беку и англичанам путь на север. Причем, как и во многих других операциях в Средней Азии, авторство ее было приписано местным властям, в данном случае — Кауфману. В 1870 г. войска генерала Г. А. Колпаковского заняли Музартский перевал на Тянь-Шане, а летом 1871 г. — город Кульджу и весь Илийский край. За эту операцию Колпаковский получил орден Святого Георгия 3-й степени.

Илийский край представлял собой гористую местность, изрезанную долинами реки Или, впадающей в озеро Балхаш. Иногда Илийский край называли Кульджинским по названию главного города Кульджа (Инин).[25]По окончании операции Министерство иностранных дел России уведомило китайское правительство, что эта область будет возвращена Китаю, как только китайское правительство окажется в силах поддерживать в ней свою власть.

Целью оккупации Илийского края было стремление царского правительства подавить восстание и не допустить его распространения на русские владения в Средней Азии, восстановить выгодные торговые отношения с западными частями Китайской империи и предотвратить захват Кульджи Якуб-беком.

Якуб-бек не рискнул начать войну с Россией, и в 1872 г. вступил в переговоры с Кауфманом и даже заключил с ним взаимовыгодный торговый договор.

Оккупационные военные власти пытались придать русскому господству в крае постоянный характер, но получили указание из Петербурга «избегать всяких мер, клонящихся к упрочению нашего владычества в Илийском крае».

В начале 70-х гг. маньчжурские (китайские) войска начали наступление на владения Якуб-бека. Однако продвигались они очень медленно. Но в 1877 г. Якуб-бек умер, в войсках начался разброд, и уже в следующем, 1878 г., маньчжуры окончательно захватили Кашгарию. Во многих местностях маньчжурские войска поголовно истребляли восставших жителей, обращая страну в пустыню, что вызвало протесты туркестанского генерал-губернатора Кауфмана, опасавшегося, что в результате такой резни пострадает в будущем русская торговля в Западном Китае. Свыше четырех тысяч дунган, спасаясь от истребления, в жестокие январские морозы 1878 г. бежали через горные проходы в русские пределы вместе со своим предводителем Биян-ху.

Теперь Россия должна была выполнить свое обещание и вернуть Китаю Илийский край. Для переговоров по этому вопросу в Петербург прибыл китайский посол — сановник Чун Хоу. Однако многие русские администраторы советовали правительству оставить Илийский край за Россией, тем более что тамошнее местное население, состоявшее из различных народностей, и в особенности уйгуров, в подавляющем большинстве с ужасом ожидали возвращения властей и войск маньчжурского правительства. Опасаясь всеобщей резни и полного физического истребления, население края умоляло русские войска не покидать его.

В сентябре 1879 г. Чун Хоу отправился в Ливадию, где отдыхал Александр II с княгиней Юрьевской. Там 20 сентября Чун Хоу и Н. К. Гирс подписали так называемый Ливадийский договор. Договор предусматривал передачу России небольшого западного участка Илийской долины, долины реки Текес и Музартского прохода через Тянь-Шань. Город Кульджа с окрестностями возвращался Китаю. За расходы по оккупации и управлению Илийским краем Китай должен был выплатить России 5 млн рублей, Договор предоставлял русским подданным право беспошлинной торговли в Монголии и застенном Западном Китае, разрешал отправку караванов не только через Калган на Тянь-цзинь, но, кроме того, через Цзяюй-Гуань)[26](Сучжоу) на Ханькоу, а также давал право вести торговлю в нескольких городах Китая, указанных в договоре. В городах Западного Китая и в Монголии учреждалось семь новых русских консульств.

Однако Ливадийский договор не получил в Пекине одобрения. Недовольство китайского правительства было вызвано главным образом содержавшимися в договоре постановлениями об изменении границы в долине реки Текес. Китайское правительство отказалось ратифицировать Ливадийский договор. Дипломат Чун Хоу был осужден к смертной казни посредством отсечения головы. Командующий войсками в Западном Китае Цзо Цзун-тан призывал к войне с Россией. Под началом у Цзун-тана было 70 тыс. солдат, он предлагал собрать еще 200 тыс. и начать вторжение в Россию.

В ответ русское правительство увеличило сухопутные силы у западных границ Китая, а в Печилийский залив была введена эскадра адмирала Лесовского.

Принятые меры несколько отрезвили горячие головы в Пекине. Чун Хоу был прощен, а в Петербург был отправлен новый посланник маркиз Цзен Цзи-цзе. 24 февраля 1881 г. между Россией и Китаем в Петербурге был подписан взамен Ливадийского новый договор. Русские власти отказывались от приобретений в долине Текеса и Сузартского перевала. За Россией остался западный клочок Илийской долины «для поселения в оной тех жителей этого края, которые примут российское подданство», иначе говоря, не пожелают жить под владычеством Цинской династии. Кроме того, во изменение Ливадийского договора, для русских караванов по Петербургскому договору был сохранен лишь один путь, а именно через Калган и Тун-Чжоу в Тяньцзинь, а не два пути, как это предусматривалось Ливадийским договором. Русским подданным предоставлялось право отправляться для торговых дел в Сучжоу, но далее этого пункта русские караваны не могли проходить. В этом состояло одно из отличий Петербургского договора от постановлений Ливадийского договора, согласно которому русским купцам разрешалось направлять караваны вплоть до Ханькоу. По новому договору сохранялась выговоренная Россией по Ливадийскому договору амнистия для участников восстания. Тем не менее большая часть дунган и свыше 80 процентов уйгур при передаче Кульджи Китаю, опасаясь расправы, переселились в русское Семиречье, где русские власти наделили их землей.

В отличие от Ливадийского договора, по Петербургскому договору китайцам пришлось «за издержки» выплатить не пять, а девять миллионов рублей. Как видим, эскадра Лесовского недаром коптила небо.

На том конфликт в Восточном Туркестане был исчерпан.

С конца 50-х гг. XIX в. англичане пытались расширить свои владения на север от Индии. В 1858 г. генерал Сидней Коттон вторгся в Афганистан, но вынужден был ограничиться лишь уничтожением нескольких поселений моджахедов.

8 апреля 1863 г. генерал Невиль Чемберлен с пятитысячным отрядом пехоты при одиннадцати орудиях направился к южному подножию Махабана, но на следующий день повернул к ущелью Амбелах, чтобы через него пройти в долину Чемла, расправиться там с моджахедами и вернуться обратно тем же путем, прежде чем горцы успеют собраться. Утром 20 октября отряд втянулся в ущелье, и его авангард в тот же день достиг выхода в долину Чемла, не встретив нигде сопротивления. Но 22 октября на передовой отряд напали горцы, а главные силы и обоз к этому времени еще не успели достичь долины. Чемберлен с авангардом не решился идти дальше, боясь быть отрезанным от основных сил, но и отступать он не желал. Тогда Чемберлен остался в ущелье и послал в тыл за подкреплением, которое прибыло только через два месяца. За это время англо-индийскому отряду пришлось выдержать несколько упорных боев с горцами. К счастью для англичан, плохо вооруженные и ослабленные раздорами горцы вскоре прекратили свои нападения. В середине декабря в ущелье прибыл генерал Гарвок с девятитысячным отрядом, сменил Чемберлена, вышел в долину Чемла, а затем вернулся в Пешавар.